Verification based on unfoldings of Petri nets with read arcs

173 Pages·2017·2.25 MB·English

by  César Rodríguez

Verification based on unfoldings of Petri nets with read
arcs
César Rodríguez
To cite this version:
César Rodríguez. Verification based on unfoldings of Petri nets with read arcs. Other [cs.OH].
École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan, 2013. English. ￿NNT: 2013DENS0062￿. ￿tel-
00927064v2￿
HAL Id: tel-00927064
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abroad, or from public or private research centers. publics ou privés.
Verification Based on Unfoldings of
Petri Nets with Read Arcs
Thèse de doctorat
présentée par
César Rodríguez
à
École Normale Supérieure de Cachan
l’
en vue de l’obtention du grade de
Docteur en Informatique
et soutenue à Cachan le 12 décembre 2013 devant le jury composé de :
Keijo Heljanko Stefan Haar Fabrice Kordon Stefan Schwoon
Maciej Koutny Jiri Srba
Rapporteurs Examinateurs Président Directeurdethèse
LaboratoireSpécificationetVérification(LSV);ÉcoleNormaleSupérieuredeCachan,CNRS&INRIA
61,avenueduPrésidentWilson;94235CACHANCedex,France

ABSTRACT
Humans make mistakes, especially when faced to complex tasks, such as
the construction of modern hardware or software. This thesis focuses on
machine-assistedtechniquestoguaranteethatcomputersbehavecorrectly.
Moderncomputersystemsarelargeandcomplex.Automatedformalver-
ification stands as an alternative to testing or simulation to ensuring their
reliability.Itessentiallyproposestoemploycomputerstoexhaustivelycheck
thesystembehavior.Unfortunately,automatedverificationsuffersfromthe
state-space explosion problem: even relatively small systems can reach a
hugenumberofstates.Usingtherightrepresentationforthesystembehav-
iorseemstobeakeysteptotackletheinherentcomplexityoftheproblems
thatautomatedverificationsolves.
The verification of concurrent systems poses additional issues, as their
analysis requires to evaluate, conceptually, all possible execution orders of
their concurrent actions. Petri net unfoldings are a well-established verifi-
cationtechniqueforconcurrentsystems.Theyrepresentbehaviorbypartial
orders,whichnotonlyisnaturalbutalsoefficientforautomaticverification.
This dissertation focuses on the verification of concurrent systems, em-
ployingPetrinetstoformalizethem,andstudiestwoprominentverification
techniques:modelcheckingandfaultdiagnosis.
We investigate the unfoldings of Petri nets extended with read arcs. The
unfoldingsoftheseso-calledcontextualnetsseemtobeabetterrepresenta-
tionforsystemsexhibitingconcurrentreadaccesstosharedresources:they
canbeexponentiallysmallerthanconventionalunfoldingsonthesecases.
Theoretical and practical contributions are made. We first study the con-
struction of contextual unfoldings, introducing algorithms and data struc-
tures that enable their efficient computation. We integrate contextual un-
foldingswithmergedprocesses,anotherrepresentationofconcurrentbehav-
ior that alleviates the explosion caused by non-determinism. The resulting
structure, called contextual merged processes, is often orders of magnitude
smallerthanunfoldings,asweexperimentallydemonstrate.
Next, we develop verification techniques based on unfoldings. We de-
fine SAT encodings for the reachability problem in contextual unfoldings,
thus solving the problem of detecting cycles of asymmetric conflict. Also,
an unfolding-based decision procedure for fault diagnosis under fairness
constraintsispresented,inthiscaseonlyforconventionalunfoldings.
Finally, we implement our verification algorithms, aiming at producing
a competitive model checker intended to handle realistic benchmarks. We
subsequently evaluate our methods over a standard set of benchmarks and
compare them with existing unfolding-based techniques. The experiments
demonstratethat reachabilitycheckingbasedon contextualunfoldingsout-
performsexistingtechniquesonawidenumberofcases.
Thissuggeststhatcontextualunfoldings,andasymmetriceventstructures
in general, have a rightful place in research on concurrency, also from an
efficiencypointofview.
iii
RÉSUMÉ
L’être humain fait des erreurs, en particulier dans la réalisation de taches
complexes comme la construction des systèmes informatiques modernes.
Nous nous intéresserons dans cette thèse à la vérification assistée par ordi-
nateurdubonfonctionnementdessystèmesinformatiques.
Les systèmes informatiques actuels sont de grande complexité. Afin de
garantir leur fiabilité, la vérification automatique est une alternative au
testing et à la simulation. Elle propose d’utiliser des ordinateurs pour ex-
plorerexhaustivementl’ensembledesétatsdusystème,cequiestprobléma-
tique:mêmedessystèmesassezsimplespeuventatteindreungrandnombre
d’états. L’utilisation des bonnes représentations des espaces d’états est es-
sentielle pour surmonter la complexité des problèmes posés en vérification
automatique.
La vérification des systèmes concurrents amène des difficultés addition-
nelles, car l’analyse doit, en principe, examiner tous les ordres possibles
d’exécution des actions concurrentes. Le dépliage des réseaux de Petri est
une technique largement étudiée pour la vérification des systèmes concur-
rents.Ilreprésententl’espaced’étatsdusystèmeparunordrepartiel,cequi
serévèleaussinaturelqu’efficacepourlavérificationautomatique.
Nous nous intéressons à la vérification des systèmes concurrents mod-
élisés par des réseaux de Petri, en étudiant deux techniques remarquables
devérification:lemodelcheckingetlediagnostic.
Nous étudions les dépliages des réseaux de Petri étendus avec des arcs
delecture.Cesdépliages,aussiappelésdépliagescontextuels,semblentêtre
une meilleure représentation des systèmes contenant des actions concur-
rentes qui lisent des ressources partagées : ils peuvent être exponentielle-
mentpluscompactsdanscescas.
Ce travail contient des contributions théoriques et pratiques. Dans un
premier temps, nous étudions la construction des dépliages contextuels,
en proposant des algorithmes et des structures de données pour leur con-
structionefficace.Nouscombinonslesdépliagescontextuelsaveclesmerged
process, une autre représentation des systèmes concurrents qui contourne
l’explosion d’états dérivée du non-déterminisme. Cette nouvelle structure,
appelée contextual merged process, est souvent exponentiellement plus com-
pacte,cequenousmontronsexpérimentalement.
Ensuite, nous nous intéressons à la vérification à l’aide des dépliages
contextuels. Nous traduisons vers SAT le problème d’atteignabilité des dé-
pliages contextuels, en abordant les problèmes issus des cycles de conflit
asymétrique.Nousintroduisonségalementuneméthodedediagnosticavec
deshypothèsesd’équité,cettefoispourdesdépliagesordinaires.
Enfin, nous implémentons ces algorithmes dans le but de produire un
outil de vérification compétitif et robuste. L’évaluation de nos méthodes
sur un ensemble d’exemples standards, et leur comparaison avec des tech-
niquesissuesdesdépliagesordinaires,montrentquelavérificationavecdes
dépliagescontextuelsestplusefficacequelestechniquesexistantesdansde
nombreuxcas.
Cecisuggèrequelesdépliagescontextuels,etlesstructuresd’évènements
asymétriques en général, méritent une place légitime dans la recherche en
concurrence,égalementdupointdevudeleurefficacité.
iv
ACKNOWLEDGMENTS
IamindebtedwithStefanSchwoon,whokindlyacceptedtobemyadvisor
during both my Ph.D and Master thesis. For his generous time and ded-
ication, for the many insights about unfoldings I learnt from him, and for
thepatience,support,enthusiasm,freedom,andpedagogyheappliedinhis
guidance,Iexpresstohimmydeepestgratitude.Iextendthisacknowledge-
menttoStefanHaar,whoeitherasthegarantofthisthesisorasaco-author,
playedanessentialrôleinmakingthisresearchpossible,proposinginterest-
ingquestionsandofferinghelpwheneveritwasnecessary.
I sincerely thank the reviewers and jury members: Keijo Heljanko and
Maciej Koutny for accepting reviewing this manuscript and for their com-
mentsonit;andFabriceKordonandJiriSrbaforthetimetheyhavekindly
employedforme.
ENSdeCachan,FundaciónCajaMadrid,andINRIAgenerouslyprovided
thenecessaryfinancialsupport,andtheyaregratefullyacknowledged.
I am particularly thankful to Paolo Baldan and Victor Khomenko, who
always found time for replying mail and collaborated in many ways with
me. Working with you was a pleasure. Victor hosted me during a visit to
Newcastle University in February 2013, this was a very profitable time and
I heartedly thank him. I am also thankful to Thomas Chatain for many dis-
cussions about research or teaching, and Javier Esparza for some inspiring
conversations.
MyinterestinformalmethodsoriginatesfrompreviousworkintheSpace
Research Group (SRG) at University of Alcalá (Spain). There, I had the luck
of collaborating in the actual development of embedded software for the
satelliteNanosat1B,nowinorbit.IwarmlythankmyadvisoratSRG,Óscar
R.Polo,forthefreedomandsupportheofferedmetopursuemyowngoals.
I also thank Paul Gastin for having wisely guided my first steps in formal
verification;OcanSankurandAiswaryaCyriacwerealsoimportantpersons
thosedays.
Many people from LSV (and LSV groupies) contributed to making these
last three years a wonderful experience. I want to thank Hernán Ponce de
León for helping to cope with the rainy weather of Paris... and for many
discussionsaboutunfoldings.MahsaShirmohammadi,VincentCheval,and
Sinem Kavak always managed to propose a gathering around some east-
ern delights, they will be much missed. Guillaume Scerri kindly revised
fragments of this document. I also thank Benoît Barbot for the many good
moments we shared while teaching the course on network programming;
BenediktBolligandErwingFangforallthosecoffeetalks;ChristophHaase
forhisgoodadviceswhenapplyingformypost-doc;andtheadministrative
andsystemsteamformakingmylifesomucheasier.
Outside LSV, I was very lucky to count on many friends to make these
years enriching and worth remembering. They know who they are, and I
thank all of them. Here it goes an incomplete list: Etienne Boisseau, Tong
Bu, Normann Decker, Estíbaliz Fraca, Aina Frau, He Huang, Lue Huang,
Jakub Kallas, Yusuke Kawamoto, Polyvios Kosmatos, Feifei Liang, Jiagui
Liu,SergeyLozenko,SosukeMizusaki,DavidMontoya,ElieRached,Martín
Rais,ZhongweiTang,MarioVega,YaoWang,andTiborZavadil.Ialsothank
CROUSforprovidingfoodandhousing.
v
My warmest appreciation goes to my parents, Esteban and Esperanza,
my sister Tamara, my uncles Evariste, Vitoria, Dori and Henri, and all my
cousinsforbeingaconstantsourceofencouragement,inspiration,andlove
allacrossthisperiod.
Finally, my love and gratitude goes to Xiaoju, because of all the uncount-
ably many ways in which you supported me during these three years, and
forrememberingmeeverydayhowwonderfullifeis. 谢谢。
Oxford,November25,2013
CésarRodríguez
vi
CONTENTS
1 introduction 1
1.1 AutomatedVerificationofConcurrentSystems . . . . . . . . . 3
1.2 PetriNetsandNon-SequentialSemantics . . . . . . . . . . . . 4
1.3 UnfoldingsforVerification. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.4 ContextualNetUnfoldings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.5 ContributionsandOutline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.6 Publications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2 preliminaries 15
2.1 OrdersandMultisets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.2 ContextualNets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.3 EncodingContextualNetsintoOrdinaryPetriNets . . . . . . 20
2.3.1 PlainEncoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.3.2 Place-ReplicationEncoding . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.4 Unfoldings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.4.1 OccurrenceNets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.4.2 BranchingProcesses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3 contextual unfolding construction 29
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.2 PruningtheUnfolding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.3 AdequateStrategiesandCompleteness . . . . . . . . . . . . . 36
3.4 UnfoldingProcedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.5 PossibleExtensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
3.6 AConcurrencyRelationforEfficientConstruction . . . . . . . 41
3.7 CharacterizingPossibleExtensionsConcurrency . . . . . . . . 43
3.7.1 LazyApproach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.7.2 EagerApproach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.8 UpdatingtheConcurrencyRelation . . . . . . . . . . . . . . . 48
3.9 UniquePossibleExtensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
3.9.1 LazyApproach:Subsumption . . . . . . . . . . . . . . 51
3.9.2 EagerApproach:AsymmetricConcurrency . . . . . . 54
3.10 Discussion:LazyvsEagerApproach . . . . . . . . . . . . . . . 55
3.11 MemoryUsage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
3.12 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
4 reachability and deadlock checking 59
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
4.2 Usingc-netUnfoldingsforVerification . . . . . . . . . . . . . 60
4.3 SAT-Encodingsofc-netUnfoldings. . . . . . . . . . . . . . . . 63
4.4 AsymmetricConflictLoops . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
4.5 EncodingSize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
4.6 ReductionofStubbornEventsforDeadlockChecking . . . . . 67
4.7 AdditionalSimplification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
4.8 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
5 contextual merged processes 73
5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
5.2 ContextualMergedProcesses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
5.3 InterplayBetweenRead-ArcsandChoice . . . . . . . . . . . . 78
5.4 CharacterizingReachability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
5.5 EncodingReachabilityintoSAT. . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
5.5.1 ReachabilityviaArbitraryRuns . . . . . . . . . . . . . 84
vii
viii contents
5.5.2 ReachabilityviaMp-Configurations . . . . . . . . . . . 86
5.6 ConstructingCompleteCMPs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
5.7 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
6 diagnosis 89
6.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
6.2 BasicNotions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
6.3 RevealsandDiagnosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
6.3.1 RevealsRelations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
6.3.2 DiagnosisfromPartialObservation . . . . . . . . . . . 95
6.4 ASolutionUsingExtendedReveals . . . . . . . . . . . . . . . 97
6.4.1 SuccinctExplanations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
6.4.2 CharacterizingWeaklyFairConfigurations . . . . . . . 100
6.5 ADecisionProcedurefordiagnosis . . . . . . . . . . . . . . . 105
6.5.1 Preparation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
6.5.2 ConstructingthePrefixes . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
6.5.3 EncodingDiagnosisintoSAT . . . . . . . . . . . . . . . 107
6.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
7 tools and experiments 111
7.1 PrefixConstruction:theCunfUnfolder . . . . . . . . . . . . . 111
7.1.1 TheHistoryGraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
7.1.2 PossibleExtensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
7.1.3 ConcurrencyRelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
7.1.4 SplittingtheConcurrencyRelation. . . . . . . . . . . . 114
7.1.5 Strategies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
7.2 PrefixAnalysis:theToolCna . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
7.2.1 StubbornEventEliminationandSubsetReduction . . 116
7.2.2 AMOConstraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
7.2.3 AcyclicityChecking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
7.2.4 SAT-solverSettings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
7.3 Benchmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
7.4 ExperimentswithCunf. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
7.5 ExperimentswithCna . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
7.6 ExperimentswithContextualMergedProcesses . . . . . . . . 125
7.7 ACaseStudy:Dijkstra’sMutualExclusionAlgorithm. . . . . 128
8 conclusion and perspectives 131
a the cunf tool user’s manual, v1.6 135
a.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
a.2 AuthorandContact. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
a.3 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
a.3.1 FromPrecompiledBinaries . . . . . . . . . . . . . . . . 137
a.3.2 CompilationandInstallationfromtheSourceCode . . 137
a.4 GettingStarted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
a.4.1 ConstructingUnfoldingswithCunf . . . . . . . . . . . 139
a.4.2 DeadlockandCoverabilityAnalysiswithCna . . . . . 140
a.4.3 MoreonDekker’sAlgorithm . . . . . . . . . . . . . . . 141
a.4.4 ProducingGraphicsofC-netsandUnfoldings . . . . . 141
a.4.5 FindingMoreExamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
a.5 Command-lineSyntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
a.5.1 Cunf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
a.5.2 Cna . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
a.6 FileFormats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
a.6.1 Thell_netFormat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
a.6.2 UnfoldingFormats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
contents ix
a.7 ProducingInputforCunf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
a.7.1 Graphically . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
a.7.2 Programmatically. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
bibliography 151