TESIS DOCTORAL Detección y caracterización de Campylobacter procedentes de animales

160 Pages·2015·21.43 MB·Spanish

UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID
FACULTAD DE VETERINARIA

DEPARTAMENTO DE SANIDAD ANIMAL

TESIS DOCTORAL

Detección y caracterización de Campylobacter procedentes de
animales, alimentos y agua residual

MEMORIA PARA OPTAR AL GRADO DE DOCTORA

PRESENTADA POR
María Ugarte Ruiz

Directores
Lucas Domínguez Rodríguez
M. Concepción Porrero Calonge
Trudy M. Wassenaar

Madrid, 2015

© María Ugarte Ruiz, 2015
UNIVERSIDAD COMPLUTENSE MADRID
Facultad de Veterinaria
Departamento de Sanidad Animal

Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria (VISAVET)
Servicio de Zoonosis de Transmisión Alimentaria y Resistencia a Antimicrobianos

TESIS DOCTORAL
Detección y caracterización de Campylobacter
procedentes de animales, alimentos y agua residual

Memoria para optar al grado de Doctor con Mención Europea presentada por
María Ugarte Ruiz

Bajo la dirección de los doctores: Lucas Domínguez Rodríguez, M. Concepción
Porrero Calonge y Trudy M. Wassenaar

Madrid, junio de 2015

D. Lucas Domínguez Rodríguez, director del Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria
(VISAVET) y catedrático del departamento de Sanidad Animal de la Facultad de Veterinaria,
Dña. M. Concepción Porrero Calonge, doctora del Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria
(VISAVET), y Dña. Trudy M. Wassenaar, doctora y directora de Molecular Microbiology and
Genomics Consultants (MMGC).

CERTIFICAN:

Que la tesis doctoral que lleva por título “Detección y caracterización de Campylobacter
procedentes de animales, alimentos y agua residual” ha sido realizada por la licenciada
en Veterinaria Dña. María Ugarte Ruiz en el Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria
(VISAVET) de la Universidad Complutense bajo nuestra dirección, y estimamos que reúne
los requisitos exigidos para optar al título de Doctor con Mención Europea por la
Universidad Complutense.

Madrid, a 1 de junio de 2015

Fdo. Lucas Domínguez Fdo. M. Concepción Fdo. Trudy M.
Rodríguez Porrero Calonge Wassenaar

PROYECTOS, CONTRATOS Y BECAS DE INVESTIGACIÓN

El trabajo de tesis doctoral que se presenta a continuación se ha llevado a cabo gracias
a los siguientes proyectos, contratos y becas de investigación:
 Beca de Formación del Profesorado Universitario (FPU) del Ministerio de
Educación, Cultura y Deporte (AP2009-1747, convocatoria 2009).
 Proyectos del Ministerio de Economía y Competitividad:
‐ Impacto Sanitario entre animales domésticos, hombre y fauna
salvaje/silvestre. Subproyecto: Caracterización de bacterias zoonósicas
aisladas a partir de animales salvajes, silvestres y domésticos (FAU2008-
00021-C01).
‐ Campylobacter: detección y caracterización molecular. Análisis genotípico de
virulencia y posibles estrategias para su control (AGL2009-07550).
‐ MALDI TOF Campylobacter: genotipado y caracterización molecular
(AGL2012-39028).
 Programa de actividades de I+D entre grupos de investigación de la Comunidad
de Madrid:
‐ Programa Vigilancia Sanitaria (S0505/AGR-0265).
‐ Programa Vigilancia Sanitaria (S2009/AGR-1489).
‐ Tecnologías Avanzadas en Vigilancia Sanitaria (S2013/ABI-2747).

ÍNDICE
1. RESUMEN 15
2. SUMMARY 19
3. INTRODUCCIÓN 23
3.1. Campylobacter 23
3.1.1.  Antecedentes históricos 23
3.1.2.  Características generales 23
3.1.3.  Especies incluidas 24
3.1.4.  Características relacionadas con el crecimiento 24
3.1.5.  Características relacionadas con la supervivencia 25
3.1.6.  Detección y caracterización 25
3.2. Patogénesis de las infecciones por Campylobacter 26
3.2.1.  Flagelo 27
3.2.2.  Adhesinas 27
3.2.3.  Cápsula y lipopolisacárido/lipoligosacárido 27
3.2.4.  Sistema de secreción de proteínas 28
3.2.5.  Toxina CDT 29
3.3. Aspectos clínicos de la infección 29
3.4. Resistencia a antimicrobianos 31
3.5. Epidemiología 33
3.5.1.  Estacionalidad 34
3.5.2.  Distribución de los casos 34
3.5.3.  Incidencia 34
3.5.4.  Prevalencia 35
3.5.5.  Principales hospedadores 35
3.5.5.1.  Animales domésticos 35
3.5.5.2.  Animales salvajes 37
3.5.6.  Vías de transmisión 38
3.5.6.1.  Transmisión alimentaria 38
3.5.6.1.1.  Carne de pollo 39
3.5.6.1.2.  Otros alimentos 39
3.5.6.2.  Transmisión a través del agua 40
3.5.6.3.  Otras vías de transmisión 40
4. OBJETIVOS 43
4.1. Objetivo I. Detección y aislamiento de Campylobacter termófilos en diferentes
matrices: comparación de métodos de detección 44
4.2. Objetivo II. Caracterización de Campylobacter termófilos a lo largo de la cadena
alimentaria 44
4.3. Objetivo III. Análisis de la presencia del sistema de secreción tipo VI en aislados
de Campylobacter jejuni 45
4.4. Objetivo IV. Detección de Campylobacter en muestras de animales de vida libre
(domésticos y salvajes) 45
5. OBJECTIVES 47
5.1. Objective I. Detection and isolation of thermophilic Campylobacter from
different matrices: comparison of detection protocols 47
5.2. Objective II. Characterization of thermophilic Campylobacter from the food
chain 48
5.3. Objective III. Analysis of the presence of type VI secretion system in C. jejuni
isolates 48
5.4. Objective IV. Detection of Campylobacter from free-living animals (domestic and
wild animals) 49
6. TRABAJOS PUBLICADOS 51
6.1. Estudio I. Evaluación de métodos para la detección de Campylobacter termófilos
en la cadena alimentaria 51
6.2. Estudio II. Evaluación de métodos para la detección de Campylobacter e
identificación del perfil de resistencia a antimicrobianos en efluentes urbanos 63
6.3. Estudio III. Efecto del protocolo de aislamiento en la detección y caracterización
genética de Campylobacter termófilos en la cadena alimentaria 81
6.4. Estudio IV. Prevalencia del sistema de secreción tipo VI en cepas de
Campylobacter jejuni procedentes de España 93
6.5. Estudio V. Identificación e importancia de la transmisión de Campylobacter entre
animales salvajes y domésticos de vida libre 99
6.6. Estudio VI. Perspectiva europea sobre la transmisión de Campylobacter spp.
entre animales salvajes, domésticos y personas 111
7. DISCUSIÓN 119
7.1. Detección de Campylobacter en las diferentes matrices 119
7.2. Especies de Campylobacter detectadas en las diferentes matrices 123
7.3. Caracterización de los aislados obtenidos a partir de la cadena alimentaria y los
efluentes urbanos 126
7.3.1.  Caracterización genética de los aislados de la cadena alimentaria 126
7.3.2.  Análisis de la resistencia a antimicrobianos de los aislados de efluentes
urbanos 135
7.3.3.  Análisis de la presencia del sistema de secreción tipo VI 136
8. CONCLUSIONES 139
9. CONCLUSIONS 141
10.OTROS TRABAJOS RELACIONADOS 143
11.BIBLIOGRAFÍA 145