Package 'igraph' - The Comprehensive R Archive Network

462 Pages·2015·1.33 MB·English

Package ‘igraph’
February10,2023
Version 1.4.0
Title NetworkAnalysisandVisualization
Author SeeAUTHORSfile.
Maintainer TamásNepusz<[email protected]>
Description Routinesforsimplegraphsandnetworkanalysis.Itcan
handlelargegraphsverywellandprovidesfunctionsforgeneratingrandom
andregulargraphs,graphvisualization,centralitymethodsandmuchmore.
Depends methods
Imports graphics,grDevices,magrittr,Matrix,pkgconfig(>=2.0.0),
rlang,stats,utils
Suggests ape,digest,graph,igraphdata,rgl,scales,stats4,tcltk,
testthat,withr,vdiffr,knitr,rmarkdown
License GPL(>=2)
URL https://igraph.org,https://igraph.discourse.group/
SystemRequirements gmp(optional),libxml2(optional),glpk(>=4.57,
optional)
BugReports https://github.com/igraph/rigraph/issues
Encoding UTF-8
Config/Needs/build roxygen2,devtools,irlba,pkgconfig
Config/Needs/coverage covr
Config/testthat/edition 3
Config/testthat/parallel true
Config/testthat/start-first vs-es,scan,vs-operators,weakref,
watts.strogatz.game
RoxygenNote 7.2.3
VignetteBuilder knitr
NeedsCompilation yes
Repository CRAN
Date/Publication 2023-02-1009:50:07UTC
1
2 Rtopicsdocumented:
R topics documented:
igraph-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
+.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
.apply_modifiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
.extract_constructor_and_modifiers. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
add_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
add_layout_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
add_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
adjacent_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
all_simple_paths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
alpha_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
are_adjacent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
arpack_defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
articulation_points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
as.directed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
as.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
as.matrix.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
assortativity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
as_adjacency_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
as_adj_list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
as_data_frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
as_edgelist. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
as_graphnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
as_ids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
as_incidence_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
as_long_data_frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
as_membership . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
authority_score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
automorphism_group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
bfs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
biconnected_components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
bipartite_mapping . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
bipartite_projection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
c.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
c.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
canonical_permutation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
categorical_pal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
centralize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
centr_betw. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
centr_betw_tmax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
centr_clo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
centr_clo_tmax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
centr_degree. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
centr_degree_tmax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
centr_eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
centr_eigen_tmax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
cliques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
Rtopicsdocumented: 3
closeness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
cluster_edge_betweenness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
cluster_fast_greedy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
cluster_fluid_communities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
cluster_infomap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
cluster_label_prop. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
cluster_leading_eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
cluster_leiden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
cluster_louvain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
cluster_optimal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
cluster_spinglass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
cluster_walktrap. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
cocitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
cohesive_blocks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
compare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
complementer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
component_distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
component_wise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
compose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
connect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
consensus_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
console . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
constraint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
contract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
convex_hull . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
coreness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
count_automorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
count_isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
count_motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
count_subgraph_isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
count_triangles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
curve_multiple . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
decompose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
degree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
delete_edges. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
delete_edge_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
delete_graph_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
delete_vertex_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
delete_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
dfs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
diameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
difference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
difference.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
difference.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
difference.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
dim_select . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
disjoint_union . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
distance_table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
4 Rtopicsdocumented:
diverging_pal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
diversity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
dominator_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
dot-data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
Drawinggraphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
dyad_census . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
each_edge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
eccentricity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
edge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
edge_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
edge_attr<- . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
edge_attr_names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
edge_connectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
edge_density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165
eigen_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
embed_adjacency_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
embed_laplacian_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
ends . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172
erdos.renyi.game . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
estimate_betweenness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
feedback_arc_set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
fit_hrg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
fit_power_law . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
get.edge.ids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
girth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
global_efficiency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
gorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
graphlet_basis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
graph_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
graph_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
graph_attr<- . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
graph_attr_names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
graph_from_adjacency_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
graph_from_adj_list. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 196
graph_from_atlas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
graph_from_edgelist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
graph_from_graphdb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
graph_from_graphnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
graph_from_incidence_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
graph_from_isomorphism_class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
graph_from_lcf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
graph_from_literal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
graph_id . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
graph_version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208
greedy_vertex_coloring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
gsize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Rtopicsdocumented: 5
harmonic_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
has_eulerian_path . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
head_of . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
head_print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
hrg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
hrg-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
hrg_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
hub_score . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
identical_graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
igraph-attribute-combination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
igraph-dollar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
igraph-es-attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
igraph-es-indexing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
igraph-es-indexing2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
igraph-minus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
igraph-vs-attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228
igraph-vs-indexing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230
igraph-vs-indexing2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232
igraph_demo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234
igraph_options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235
igraph_test. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
igraph_version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
incident . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
incident_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239
indent_print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239
intersection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240
intersection.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240
intersection.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
intersection.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243
isomorphic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244
isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246
isomorphism_class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
is_bipartite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
is_chordal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
is_dag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251
is_degseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
is_directed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
is_graphical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
is_igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
is_matching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
is_min_separator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
is_named . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
is_printer_callback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
is_separator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
is_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
is_weighted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
ivs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
keeping_degseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
6 Rtopicsdocumented:
knn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265
laplacian_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267
layout.fruchterman.reingold.grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269
layout.reingold.tilford . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269
layout.spring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
layout.svd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
layout_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271
layout_as_bipartite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272
layout_as_star . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
layout_as_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
layout_in_circle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277
layout_nicely . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278
layout_on_grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279
layout_on_sphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
layout_randomly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282
layout_with_dh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
layout_with_drl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285
layout_with_fr. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288
layout_with_gem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290
layout_with_graphopt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292
layout_with_kk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293
layout_with_lgl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295
layout_with_mds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 297
layout_with_sugiyama . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298
local_scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303
make_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305
make_chordal_ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306
make_clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307
make_de_bruijn_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
make_empty_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
make_from_prufer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
make_full_bipartite_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311
make_full_citation_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
make_full_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
make_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
make_kautz_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
make_lattice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318
make_line_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 319
make_ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320
make_star . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321
make_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322
match_vertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323
max_cardinality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324
max_flow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326
membership . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327
merge_coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333
min_cut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 335
min_separators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336
Rtopicsdocumented: 7
min_st_separators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 338
modularity.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339
motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 341
mst. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342
neighbors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343
normalize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344
norm_coords . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345
page_rank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 346
path . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348
permute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349
Piechartsasvertices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 350
plot.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351
plot.sir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353
plot_dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355
plot_dendrogram.igraphHRG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357
power_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359
predict_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361
print.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
print.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365
print.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366
print.igraphHRG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367
print.igraphHRGConsensus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
print.nexusDatasetInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 369
printer_callback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373
printr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374
radius . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 374
random_walk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 375
read_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377
realize_degseq. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378
reciprocity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380
rep.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381
rev.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381
rev.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382
reverse_edges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383
rewire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384
rglplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384
running_mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385
r_pal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386
sample_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387
sample_bipartite. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 388
sample_correlated_gnp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389
sample_correlated_gnp_pair . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
sample_degseq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 392
sample_dirichlet. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 394
sample_dot_product. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 395
sample_fitness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 396
sample_fitness_pl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398
sample_forestfire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399
8 Rtopicsdocumented:
sample_gnm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401
sample_gnp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402
sample_grg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403
sample_growing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405
sample_hierarchical_sbm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406
sample_hrg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407
sample_islands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 408
sample_k_regular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409
sample_last_cit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410
sample_motifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 412
sample_pa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413
sample_pa_age . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 416
sample_pref . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 418
sample_sbm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 420
sample_seq . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422
sample_smallworld . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 423
sample_spanning_tree. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424
sample_sphere_surface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425
sample_sphere_volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 426
sample_traits_callaway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 427
sample_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 429
scan_stat. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 430
scg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431
scg-method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 435
scg_eps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 436
scg_group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 437
scg_semi_proj . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 440
sequential_pal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 442
set_edge_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443
set_graph_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 444
set_vertex_attr. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 445
shapes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 446
similarity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 449
simplified . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 451
simplify . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 451
spectrum. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 453
split_join_distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454
srand. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 455
stochastic_matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 456
strength . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457
st_cuts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 458
st_min_cuts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 460
subcomponent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461
subgraph. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 462
subgraph_centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 464
subgraph_isomorphic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465
subgraph_isomorphisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467
tail_of . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 468
igraph-package 9
time_bins.sir. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 469
tkigraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 471
tkplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472
topo_sort . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 475
to_prufer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 476
transitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 477
triad_census . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479
unfold_tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 481
union . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 482
union.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 482
union.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 483
union.igraph.vs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484
unique.igraph.es . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 485
unique.igraph.vs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 486
upgrade_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487
V . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487
vertex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 489
vertex_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490
vertex_attr<-. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 491
vertex_attr_names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 492
vertex_connectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 492
weighted_cliques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 494
which_multiple . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496
which_mutual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497
without_attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 498
without_loops . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499
without_multiples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499
with_edge_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500
with_graph_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501
with_igraph_opt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501
with_vertex_ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502
write_graph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503
[.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 504
[[.igraph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507
%>% . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 508
Index 509
igraph-package Theigraphpackage
Description
igraphisalibraryandRpackagefornetworkanalysis.
10 igraph-package
Introduction
Themaingoalsoftheigraphlibraryistoprovideasetofdatatypesandfunctionsfor1)pain-free
implementationofgraphalgorithms,2)fasthandlingoflargegraphs,withmillionsofverticesand
edges,3)allowingrapidprototypingviahighlevellanguageslikeR.
igraphgraphs
igraphgraphshaveaclass‘igraph’. Theyareprintedtothescreeninaspecialformat,hereisan
example,aringgraphcreatedusingmake_ring():
IGRAPH U--- 10 10 -- Ring graph
+ attr: name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x)
‘IGRAPH’ denotes that this is an igraph graph. Then come four bits that denote the kind of the
graph: thefirstis‘U’forundirectedand‘D’fordirectedgraphs. Thesecondis‘N’fornamedgraph
(i.e. if the graph has the ‘name’ vertex attribute set). The third is ‘W’ for weighted graphs (i.e. if
the ‘weight’ edge attribute is set). The fourth is ‘B’ for bipartite graphs (i.e. if the ‘type’ vertex
attributeisset).
Thencometwonumbers,thenumberofverticesandthenumberofedgesinthegraph,andaftera
doubledash,thenameofthegraph(the‘name’graphattribute)isprintedifpresent.Thesecondline
is optional and it contains all the attributes of the graph. This graph has a ‘name’ graph attribute,
of type character, and two other graph attributes called ‘mutual’ and ‘circular’, of a complex
type. Acomplextypeissimplyanythingthatisnotnumericorcharacter. Seethedocumentationof
print.igraph()fordetails.
Ifyouwanttoseetheedgesofthegraphaswell,thenusetheprint_all()function:
> print_all(g)
IGRAPH badcafe U--- 10 10 -- Ring graph
+ attr: name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x)
+ edges:
[1] 1-- 2 2-- 3 3-- 4 4-- 5 5-- 6 6-- 7 7-- 8 8-- 9 9--10 1--10
Creatinggraphs
Therearemanyfunctionsinigraphforcreatinggraphs,bothdeterministicandstochastic;stochastic
graphconstructorsarecalled‘games’.
To create small graphs with a given structure probably the graph_from_literal() function is
easiest. ItusesR’sformulainterface,itsmanualpagecontainsmanyexamples. Anotheroptionis
graph(), which takes numeric vertex ids directly. graph_from_atlas() creates graph from the
GraphAtlas,make_graph()cancreatesomespecialgraphs.
Tocreategraphsfromfielddata,graph_from_edgelist(),graph_from_data_frame()andgraph_from_adjacency_matrix()
areprobablythebestchoices.
The igraph package includes some classic random graphs like the Erdos-Renyi GNP and GNM
graphs(sample_gnp(),sample_gnm())andsomerecentpopularmodels,likepreferentialattach-
ment(sample_pa())andthesmall-worldmodel(sample_smallworld()).