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Université Claude-Bernard Lyon 1 Nicolas Joly-Tonetti – 2012 Thèse de doctorat
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C’est par la peau principalement que nous sommes devenus des êtres aimants.
Harlow (The maternal affectional system of rhesus monkeys)
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Remerciements 5
Remerciements
Mes premiers remerciements vont au Pr Jérôme Lamartine, mon directeur de thèse, pour m'avoir accueilli
dans son laboratoire, ainsi qu'aux autres membres permanents de l'équipe : Odile Berthier-Vergnes, Ingrid
Masse et Laetitia Barbollat-Boutrand.
Merci aux membres du jury chargés d'évaluer ma thèse. Tout d'abord, Pr Carole Kretz, qui me fait l'honneur
de présider son premier jury de thèse. Merci à Michel Simon et Roger Rezzonico pour leur rapport de thèse
et leurs critiques. Merci àWalid Rachidi, qui a par ailleurs été présent à mes deux comités de suivi de thèse.
Je remercie également les deux directeurs du CGMC durant ma présence au sein de ce laboratoire : Pierre
Couble puis Guy Mouchiroud.
Un grand merci aux membres du CGMC pour leur accueil, leur écoute, leurs conseils et leur soutien.
Je remercie particulièrement José Viñuelas : d'abord, pour son caractère sympathique, sa gentillesse, sa
disponibilité, qui sont des valeurs humaines essentielles pour survivre dans un laboratoire ; ensuite, pour son
savoir-faire, ses compétences et ses conseils sur la RT-PCRq et en statistiques sans quoi toutes les études du
miRnome entreprises auraient été difficilement interprétables. Merci à Olivier Gandrillon qui a permis cette
fructueuse collaboration.
Merci à Muriel Bozon avec qui j'ai eu des discussions très constructives sur l'hybridation in situ, ce qui a
permis la mise au point de cette technique sur coupe de peau dans notre laboratoire.
Merci à Julien Falk et Frédéric Moret pour leur aide et leurs conseils sur l'utilisation des microscopes et des
logiciels afférents.
Merci à Boris Guyot, qui a activement participé à mes deux comités de suivi de thèse et relu le manuscrit de
mon chapitre de livre sur les microARN et l'irradiation ionisante.
Merci aux anciens stagiaires de l'équipe : Flore-Anne Poujade, Tamara Ducry, Anna Lavayssière et Lara
Jobelli. Un grand merci à Chloé Mengardi, qui a travaillé sur le projet microARN pour son travail et sa
sympathie. Merci à Clément Robert pour sa sympathie et pour m'avoir ouvert les yeux sur un certain nombre
de choses. Merci également à Alexandra Bondaz que j'ai eu l'honneur d'encadrer sur mon projet avec une
contribution de haute qualité à la partie miR-23b – TGF-(cid:1).
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Remerciements 6
Merci aux secrétaires successives du laboratoire et aux gestionnaires pour leur travail, leur aide dans les
démarches quotidiennes au laboratoire et les missions.
Merci à l'ensemble du personnel d'entretien pour leur travail trop souvent méconnu ou dénigré.
Merci à toutes celles et ceux qui ont participé au « ciné-club » du laboratoire, avec la projection mensuelle
clandestine d'un film à la bibliothèque du laboratoire autour de pizzas, chips et bières. Parmi eux, un
remerciement particulier aux chercheurs passés par ce laboratoire et partis avant moi : Guillaume « Guille »
Orsi, Sébastien Sagnol, l'auteur-compositeur-interprète Yohann Chaix, Francis Ramond, Camille Enjolras,
Ann-Thu Lefebvre, Mathieu Nivon, Romain Lefebvre et à ceux toujours présents : Nicolas Brouilly, Laura
Pierson, Laure Sapey-Triomphe, Laetitia Delabaere, Julie Gerber, Gaël Kaneko, Azza Chaabouni, le
chanteur Jhonny El Maalouf, Sabine Lotteau et Gaëlle Robin. Et tous les autres que j'aurais pu oublier ici
mais pas dans mon cœur.
Merci à mes tuteurs de stages successifs : Geneviève Nguyen au Collège de France et Dominique Ledoux
à l'Université Paris-13.
Merci à la Compagnie Hélios de Bobigny qui m'a permis de me produire dans une adaptation du Songe
d'une nuit d'été sur la scène d'un théâtre parisien (2011) et à l'atelier théâtre d'Hervé Daguin qui a conduit à
une adaptation de la « Mastication des morts » sur la scène du théâtre de l'Astrée à l'Université (2012).
Merci à mes instituteurs et professeurs qui ont déployé beaucoup d'efforts pour enseigner à un enfant
intellectuellement précoce et ont su cultiver et structurer ma curiosité, ma démarche scientifique et mon sens
artistique.
Merci à mes amies proches Aline Charron, Angélique Ledieu et Marie Pomme Delay.
Merci àAnne Latzko qui m'a soutenu et qui remplit ma vie de bonheur.
Merci à ma mère qui m'a toujours poussé, à ma famille qui m'aime et que j'aime et qui m'a toujours soutenu.
Une forte pensée pour ma grand-mère qui est décédée cette année.
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Sommaire 9
Sommaire
Remerciements.....................................................................................................................................................5
Sommaire..............................................................................................................................................................9
Table des matières.............................................................................................................................................10
Liste des abréviations........................................................................................................................................17
Introduction.........................................................................................................................................................19
1. La peau humaine.........................................................................................................................................19
2. L'irradiation ionisante et la peau.................................................................................................................53
3. Les microARN dans la peau et la réponse aux rayonnements ionisants...................................................73
Objectifs et stratégies......................................................................................................................................115
Matériels et méthodes......................................................................................................................................116
Résultats............................................................................................................................................................125
1. L'analyse globale du miRnome : les étapes initiales.................................................................................125
2. L'étude des microARN lors de la différenciation épidermique..................................................................131
3. Les microARN dans la réponse à l'irradiation ionisante...........................................................................144
Discussion et Perspectives.............................................................................................................................186
1. L'analyse globale par TLDA.......................................................................................................................186
2. Les microARN dans la différenciation épidermique..................................................................................189
3. Les microARN et l'irradiation ionisante dans les kératinocytes................................................................198
Conclusion........................................................................................................................................................207
Références........................................................................................................................................................210
Annexes.............................................................................................................................................................244
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Table des matières 10
Table des matières
Remerciements.....................................................................................................................................................5
Sommaire..............................................................................................................................................................9
Table des matières.............................................................................................................................................10
Liste des abréviations........................................................................................................................................17
Introduction.........................................................................................................................................................19
1. La peau humaine.........................................................................................................................................19
1.1. La structure de la peau........................................................................................................................23
1.1.1. Le microbiome cutané..................................................................................................................23
1.1.2. L'épiderme et ses annexes..........................................................................................................25
1.1.2.1. L'épiderme interfolliculaire (IFE)..........................................................................................25
1.1.2.1.1. Le Stratum basale ou germinativum............................................................................27
1.1.2.1.2. Le Stratum spinosum...................................................................................................29
1.1.2.1.3. Le Stratum granulosum...............................................................................................31
1.1.2.1.4. Le Stratum corneum....................................................................................................33
1.1.2.2. Le follicule pilo-sébacé........................................................................................................35
1.1.3. La jonction dermo-épidermique (JDE)........................................................................................37
1.1.4. Le derme......................................................................................................................................37
1.1.5. L'hypoderme................................................................................................................................39
1.2. L'homéostasie de l'épiderme..............................................................................................................39
1.2.1. L'autorenouvellement de la couche basale – les cellules souches............................................39
1.2.2. La desquamation........................................................................................................................44
1.3. Les modèles d'études de l'épiderme..................................................................................................44
1.3.1. Les premières cultures de kératinocytes.....................................................................................45
1.3.2. Les modèles immergés...............................................................................................................45
1.3.2.1. Le modèle de Green...........................................................................................................45
1.3.2.2. Le modèle de Boyce et Ham..............................................................................................48
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Description:Mes premiers remerciements vont au Pr Jérôme Lamartine, mon directeur de thèse, pour m'avoir accueilli dans son laboratoire, ainsi qu'aux autres
