Table Of ContentAndreasStallmach,MariaJ.G.T.Vehreschild(Hrsg.)
Mikrobiom
Andreas Stallmach,
Maria J.G.T. Vehreschild (Hrsg.)
Mikrobiom
|
Wissensstand und Perspektiven
Herausgeber
Prof.Dr.med.AndreasStallmach
KlinikfürInnereMedizinIV
(Gastroenterologie,HepatologieundInfektiologie)
UniversitätsklinikumJena
07747Jena
E-Mail:[email protected]
PDDr.med.MariaJ.G.T.Vehreschild
KlinikIfürInnereMedizin
KlinischesStudienzentrum2fürInfektiologie
AGKlinischeMikrobiomforschung
UniversitätsklinikumKöln
50924Köln
E-Mail:[email protected]
ISBN978-3-11-045249-5
e-ISBN(PDF)978-3-11-045435-2
e-ISBN(EPUB)978-3-11-045333-1
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InDankbarkeitmeinenakademischenLehrernProf.Dr.Ernst-OttoRieckenund
Prof.Dr.MartinZeitz†gewidmet.
AndreasStallmach
GewidmetJanne,CarlottaundEdgarVehreschild.
MariaVehreschild
Inhalt
Autorenverzeichnis|XIII
AndreasStallmachundMariaVehreschild
1 Einleitung|1
SilkePeter
2 MikrobiomundMetagenom–Präanalytik,DNA-Extraktionund
Next-Generation-SequencingausStuhlproben|7
2.1 Einführung|7
2.2 TechnischeAspekte|8
2.3 Amplikon-basierte16S-rDNA-versus
Metagenom-Shotgun-Sequenzierung|12
2.4 GenerelleEmpfehlungenfüreineStudiendurchführung|16
2.5 Literatur|16
FedjaFarowskiundMariusVital
3 BioinformatischeundstatistischeGrundlagen|21
3.1 Einleitung|21
3.2 MethodenzurBestimmungderZusammensetzungmikrobieller
Gemeinschaften|21
3.3 Shotgun-Metagenomic-Sequencing|23
3.4 AnalysedermikrobiellenGemeinschaft|25
3.5 α-Diversität|25
3.6 β-Diversität|27
3.7 VergleichendeBetrachtungmittelsdifferentieller
Abundanz-Analyse|28
3.8 Fazit|31
3.9 Literatur|31
DanielStößel
4 Metabolomics|35
4.1 Einleitung|35
4.2 TechnischeAspekte|36
4.3 StandardszurIdentifizierungvonMetaboliten|39
4.4 PlanungderAnalyse|40
4.5 StatistischeAuswertung|44
4.6 Literatur|45
VIII | Inhalt
HansProquitté
5 EntwicklungdesMikrobiomsbeimNeugeborenenundKleinkind|49
5.1 Einleitung|49
5.2 ErnährungunddieneuronaleAchse|51
5.3 Nahrungszusammensetzung|52
5.4 MikrobiomundAntibiotika|53
5.5 Pro-undPräbiotika|53
5.6 EinsatzvonPrä-/Probiotika|54
5.7 PräventiverEinsatzvonProbiotika|54
5.8 TherapeutischerEinsatzvonProbiotika|55
5.9 MikrobiomundWachstum|56
5.10 Zusammenfassung|56
5.11 Literatur|57
SebastianZeißig
6 DiephysiologischeStandortflora|61
6.1 Einleitung|61
6.2 DieKompositiondergastrointestinalenMikrobiota|62
6.3 DieBiogeographiederbakteriellenMikrobiotaim
Gastrointestinaltrakt|63
6.4 DieRegulationderKompositionundFunktionderbakteriellen
Mikrobiota|69
6.5 Viren,EukaryontenundArchaeenimGastrointestinaltrakt|74
6.6 Zusammenfassung|77
6.7 Literatur|77
MartinBürgerundKathleenLange
7 EinflussvonAntibiotikaaufdasgastrointestinaleMikrobiom|83
7.1 Einleitung|83
7.2 Antibiotika-spezifischeEffekteaufdietaxonomische
Zusammensetzung|85
7.3 IndirekteFolgeneinerAntibiotikatherapie:Immunmodulationund
EffekteeinesverändertenintestinalenMetaboloms|86
7.4 Literatur|90
TonyBruns,ElkeRoebundFelixGoeser
8 MikrobiomundLebererkrankungen|93
8.1 DieDarm-Leber-Achse|93
8.2 BakterielleTranslokationundLebererkrankungen|97
8.3 MikrobiotaundNASH|102
8.4 MikrobiotaundandereLebererkrankungen|109
8.5 Literatur|115
Inhalt | IX
ChristianSchulzundPeterMalfertheiner
9 HelicobacterpyloriundandereMikrobiotaimMagen|127
9.1 Einleitung|127
9.2 MikrobiologischeCharakterisierungvonHelicobacterplyori|127
9.3 DerMagenalsökologischeNische|129
9.4 HelicobacterpylorialsobligathumanpathogenerKeim|130
9.5 KlinischeBedeutungderHelicobacterpylori-Infektion|131
9.6 AndereBakterienalsHelicobacterpylori|133
9.7 EinflussdesgastralenMilieusaufdieZusammensetzungder
bakteriellenCommunity|134
9.8 Literatur|135
WolfgangHoltmeier
10 ZöliakieundMikrobiom|139
10.1 Einleitung|139
10.2 PathogenesederZöliakie|139
10.3 MikrobiombeiPatientenmitZöliakie|140
10.4 EinflussdesMikrobiomsaufdiemukosaleBarriere|144
10.5 UrsachenfürdieBeschwerdepersistenzunterglutenfreier
Ernährung|145
10.6 MöglicheTherapiederZöliakiedurchModulationdes
Mikrobioms?|145
10.7 WeizensensitivitätundMikrobiom|147
10.8 Zusammenfassung|148
10.9 Literatur|148
WolfgangReindl
11 ChronischentzündlicheDarmerkrankungenundgastrointestinale
Mikrobiota|155
11.1 VeränderungendesMikrobiomsbeichronisch-entzündlichen
Darmerkrankungen|156
11.2 FunktionelleVeränderungenderMikrobiotabeiCED|158
11.3 TherapeutischeAnsätzedurchModulationdesMikrobiomsbei
PatientenmitCED|159
11.4 WelcheNebenwirkungentretennachFMTbeiCED-Patienten
auf?|162
11.5 Literatur|163
OliverBachmannundPhilippSolbach
12 ClostridiumdifficileundanderegastrointestinaleInfektionen|167
12.1 Einleitung|167
12.2 Clostridiumdifficile:EpidemiologieundPathogenitätsfaktoren|167
