interactions of transmembrane peptides and proteins with lipid membranes

137 Pages·2005·4.12 MB·English

by  jeroen adrianus antonius demmers

Interactions of transmembrane peptides
and proteins with lipid membranes
studied by mass spectrometry

Interactions of transmembrane peptides
and proteins with lipid membranes
studied by mass spectrometry
Interacties van transmembraan peptiden en eiwitten met
lipide membranen bestudeerd met behulp van
massaspectrometrie
(met een samenvatting in het Nederlands)
Proefschrift
ter verkrijging van de graad van doctor aan de Universiteit Utrecht op
gezag van de Rector Magnificus, prof. dr. W. H. Gispen, ingevolge het
besluit van het College voor Promoties in het openbaar te verdedigen op
woensdag 27 november 2002 des middags te 12.45 uur
door
Jeroen Adrianus Antonius Demmers
geboren op 7 september 1975, te Bergen op Zoom
Promotoren:
Prof. dr. J. A. Killian
Prof. dr. A. J. R. Heck
Prof. dr. J. Haverkamp
verbonden aan de Faculteit Scheikunde der Universiteit Utrecht
ISBN: 90-393-3170-7
Omslag: Fragment van ‘Buste d’homme’, door Pablo Picasso (1969)
Druk: Ridderprint Offsetdrukkerij B.V., Ridderkerk
Het in dit proefschrift beschreven onderzoek werd gefinancierd door het gebied Chemische
Wetenschappen (CW) van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek
(NWO).
“Human life occurs only once, and the reason we cannot determine
which of our decisions are good and which are bad is that in a given
situation we can make only one decision; we are not granted a second,
third, or fourth life in which to compare various decisions.”
(cid:1)
Milan Kundera in The Unbearable Lightness of Being (1984)

Aan mijn ouders

Table of contents
Chapter 1 General introduction 9
Chapter 2 Electrospray ionization mass spectrometry as a novel tool to analyze
hydrogen/deuterium exchange kinetics of transmembrane peptides in
lipid bilayers 41
Chapter 3 Interfacial positioning and stability of transmembrane peptides in lipid
bilayers studied by combining hydrogen/deuterium exchange and mass
spectrometry 57
Chapter 4 Factors affecting gas-phase deuterium scrambling in peptide ions and
their implications for protein structure determination 77
Chapter 5 Interaction of the K+ channel KcsA with membrane phospholipids
studied by electrospray ionization mass spectrometry 97
Chapter 6 Summarizing discussion 109
List of abbreviations 125
Nederlandse samenvatting 127
Curriculum vitae 132
List of publications 133
Dankwoord 134

CHAPTER 1
General introduction
Chapter 1
10