Integration of Modern Taxonomic Methods For Penicillium and Aspergillus Classification

524 Pages·2000·7.058 MB·English

by  Robert A. Samson, J I Pitt

Cover
Page a­2 
This page intentionally left blank.
Page i
INTEGRATION OF MODERN TAXONOMIC METHODS FOR PENICILLIUM 
AND ASPERGILLUS CLASSIFICATION
Page ii
This page intentionally left blank.
Page iii
INTEGRATION OF MODERN TAXONOMIC METHODS FOR 
PENICILLIUM AND ASPERGILLUS CLASSIFICATION
Edited by
Robert A.Samson 
Centraalbureau voor Schimmelcultures 
Baarn, The Netherlands
and
John I.Pitt 
CSIRO Division of Food Science 
North Ryde, Australia

harwood academic publishers 
Australia • Canada • France • Germany • India • Japan • Luxembourg 
Malaysia • The Netherlands • Russia • Singapore • Switzerland
Page iv
Copyright © 2000 OPA (Overseas Publishers Association) N.V.
Published by license under the Harwood Academic Publishers imprint 
part of The Gordon and Breach Publishing Group.
This edition published in the Taylor & Francis e­Library, 2005. 
To purchase your own copy of this or any of Taylor & Francis or Routledge’s collection of thousands of eBooks please go to www.eBookstore.tandf.co.uk. 
All rights reserved.
No part of this book may be reproduced or utilized in any form or by 
any means, electronic or mechanical, including photocopying and 
recording, or by any information storage or retrieval system, without 
permission in writing from the publisher. Printed in Singapore.
Amsteldijk 166 
1st Floor 
1079 LH Amsterdam 
The Netherlands
British Library Cataloguing in Publication Data
A catalogue record for this book is available from the British Library.
ISBN 0­203­30475­6 Master e­book ISBN 
ISBN 0­203­35304­8 (OEB Format) 
ISBN: 90­5823­159­3 (Print Edition)
Page v
CONTENTS

 Preface   ix
 Corresponding Contributors   xi

Chapter 1. Nomenclature of Penicillium and Aspergillus and their teleomorphs  
  Databanking of names 3

W.Gams and G.J.Stegehuis
  List of accepted species and their synonyms in the family Trichocomaceae 9

J.I.Pitt, R.A.Samson and J.C.Frisvad
  Types of Aspergillus and Penicillium and their teleomorphs in current use 51

J.I.Pitt and R.A.Samson
  List of names of Trichocomaceae published between 1992 and 1999 73

R.A.Samson
Chapter 2. Methods for identification of Penicillium and Aspergillus  
  Media and incubation effects on morphological characteristics of Penicillium and Aspergillus 83

T.Okuda, M.A.Klich, K.A.Seifert and K.Ando
  The use of primary metabolism for identification of Penicillium species 101

I.Ahmad and D.Malloch
  Collaborative study on stipe roughness and conidium form in some terverticillate Penicillia 113

J.C.Frisvad, O.Filtenborg, U.Thrane, R.A.Samson and K.A.Seifert
Chapter 3. Taxonomic and digital information on Penicillium and Aspergillus  
  Taxonomic initiatives, taxonomic tools and the information age 129

K.A.Seifert and L.Speers
  ASP45, a synoptic key to common species of Aspergillus 139

K.A.Seifert
Chapter 4. Phylogeny and molecular taxonomy of Penicillium  
  Evolutionary relationships of the cleistothecial genera with Penicillium, Geosmithia, Merimbla and Sarophorum anamorphs as inferred  149
    from 18S rDNA sequence divergence  
H.Ogawa and J.Sugiyama
Page vi
  Phylogenetic analysis of Penicillium species based on ITS and lsu­rDNA nucleotide sequences  163

S.W.Peterson
  Molecular methods for differentiation of closely related Penicillium species 179

P.Skouboe, J.W.Taylor, J.C.Frisvad, D.Lauritsen, L.Larsen, C.Alboek, M.Boysen and L.Rossen
  Phylogeny and species concepts in the Penicillium aurantiogriseum complex as inferred from partial β­tubulin gene DNA sequences 189

K.A.Seifert and G.Louis­Seize 
  Development of genetic markers for population studies of Penicillium spp 199

S.Banke and S.Rosendahl
  A review of current methods in DNA fingerprinting 209

J.Scott and N.Straus
  DNA heteroduplex fingerprinting in Penicillium 225

J.Scott, D.Malloch, B.Wong, T.Sawa and N.Straus
Chapter 5. Classification and identification of Penicillium  
  Substrate utilization patterns as identification aids in Penicillium 239

K.A.Seifert, J.Bissett, S.Giuseppin and G.Louis­Seize 
  Characterization of Penicillium by the use of Biolog 251

H.Kiil and M.Sasa
  Cycloheximide tolerance as a taxonomic character in Penicillium 259

K.A.Seifert and S.Giuseppin
  The homogeneous species and series in subgenus Penicillium are related to mammal nutrition and excretion 265

J.C.Frisvad, O.Filtenborg, F.Lund and R.A.Samson
  Penicillium on solid wood products 285

K.A.Seifert and J.C.Frisvad
  Neglected Penicillium spp. associated with declining trees 299

A.Kubátová
  Penicillium species diversity in soil and some taxonomic and ecological notes 309

M.Christensen, J.C.Frisvad and D.E.Tuthill
Chapter 6. Molecular taxonomy of Aspergillus  
  Phylogenetic relationships in Aspergillus based on rDNA sequence analysis 323

S.W.Peterson
Page vii
  Molecular phylogeny of Aspergillus and associated teleomorphs in the Trichocomaceae (Eurotiales) 357

M.Tamura, K.Kawahara and J.Sugiyama
  Factors affecting the use of sequence diversity of the ribosomal RNA gene complex in the taxonomy of Aspergillus 373

B.W.Bainbridge
  Molecular and analytical tools for characterizing Aspergillus and Penicillium species at the intra­ and interspecific levels  381

D.M.Geiser, F.M.Harbinski and J.W.Taylor
Chapter 7. Taxonomy of Aspergillus section Nigri and section Flavi  
  Genotypic and phenotypic variability among black Aspergilli 397

J.Varga, F.Kevei, Z.Hamari, B.Tóth, J.Téren, J.H.Croft and Z.Kozakiewicz
  Molecular tools for the classification of black Aspergilli 413

L.Parenicova, P.Skouboe, R.A.Samson, L.Rossen and J.Visser
  Aspergillus systematics and the molecular genetics of mycotoxin biosynthesis 425

M.A.Klich and T.E.Cleveland
  Analysis of the molecular and evolutionary basis of toxigenicity and nontoxigenicity in Aspergillus flavus and A. parasiticus 435

N.Tran­Dinh, S.Kumar, J.I.Pitt and D.A.Carter 
  Genetic variation and aflatoxin production in Aspergillus tamarii and A. caelatus 447

S.W.Peterson, B.W.Horn, Y.Ito and T.Goto
  Tolerance and stability of major chromosomal rearrangements in an industrial Aspergillus oryzae strain 459

W.T.Yoder and D.C.Lin
Chapter 8. Pathogenic Aspergilli and Penicillia  
  Molecular typing of Aspergillus fumigatus 471

J.P.Latgé, P.E.Verweij and S.Bretagne
  Phenotypic and genotypic variability within Aspergillus section Fumigati 483

E.Rinyu, J.Varga, L.Ferenczy and Z.Kozakiewicz
Chapter 9. The potential of Penicillium and Aspergillus in drug lead discovery  
  The potential of Penicillium and Aspergillus in drug lead discovery 495

B.Rømer­Rassing and H.Gürtler

 Index  501
Page viii
This page intentionally left blank.