Identification, antimicrobial susceptibility and functionality of

272 Pages·2006·3.68 MB·English

by  Dirk Gevers

Faculty of Sciences

Department of Biochemistry, Physiology and Microbiology
Laboratory of Microbiology
I , A S
DENTIFICATION NTIMICROBIAL USCEPTIBILITY AND
F P P
UNCTIONALITY OF OTENTIALLY ROBIOTIC
B
IFIDOBACTERIA
Liesbeth Masco
Dissertation
submitted in fulfillment of the
requirements for the degree of
Doctor (Ph.D.) in Sciences, Biotechnology
Academic year 2005-2006
Promotor: Prof. Dr. Peter Vandamme
Co-promotors: Prof. Dr. Johan Grooten and Dr. Geert Huys
all rights reserved.
 2006 Liesbeth Masco.
No part of this thesis protected by this copyright notice may be reproduced or utilized in
any form or by any means, electronic or mechanical, including photocopying, recording or
by any information storage or retrieval system without written permission of the author.
L. Masco - Identification , antimicrobial susceptibility and functionality of potentially
probiotic bifidobacteria.
Ph. D. thesis, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium.
Publicly defended in Ghent, April 24th, 2006.
This Ph.D. work was financially supported by a grant from the Institute for the Promotion
of Innovation through Science and Technology in Flanders (IWT-Vlaanderen).
EXAMINATION COMMITTEE
PROF. DR. ERIK REMAUT (Chairman)
Laboratory of Applied Molecular Bacteriology
Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium
PROF. DR. PETER VANDAMME (Promotor)
Laboratory of Microbiology
Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium
PROF. DR. JOHAN GROOTEN (Co-promotor)
Laboratory of Molecular Immunology
Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium
DR. GEERT HUYS (Co-promotor)
Laboratory of Microbiology
Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium
PROF. DR. IR. JEAN SWINGS
Laboratory of Microbiology
Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, Belgium
DR. BRUNO POT
Laboratoire de Bactériologie des Ecosystèmes
Institut Pasteur de Lille, Lille, France
DR. FABRIZIO ARIGONI
Nestlé Research Center, Lausanne, Switzerland
DR. JAN KNOL
Numico Research, Wageningen, The Netherlands

MERCIEKES...
Vier jaar en drie verhuizen, twee verbouwingen, een huwelijk, het verlies van een zeer
gewaardeerde vriend, een zwangerschap en geboorte, en een doctoraat verder... Kortom,
een bewogen periode waarin plaats was voor zeer veel leuke momenten en af en toe een
traan. Zo ook is dit doctoraat een bron geweest van ervaring, gelach, spanning - die zich bij
mij meestal heeft geuit in tranen-, kennis, en misschien het allerbelangrijkste, vriendschap.
Heel wat mensen hebben hieraan op hun manier een steentje bijgedragen en mij een eeuwige
indruk nagelaten...
We schrijven augustus 2001, net uit vakantie na een thesisjaar op het labo voor
microbiologie. Met twee artikels op zak die me net voordien het concept ‘probiotica’ uit de
doeken hadden gedaan, pen, papier en de nodige kriebels in de buik begeef ik mij opnieuw
richting Ledeganck. Ze zien het daar precies zitten dat ik nog wat blijf. Er komt een project tot
stand met Bifidobacterium als lijdend voorwerp en Jean, Johan en Geert als begeleidende
onderwerpen. En daar waar de eerstgenoemden me de nodige vrijheid hebben gegeven om
de wetenschapper in mezelf te exploreren, waarvoor mijn oprechte dank, was de
laatstgenoemde er steeds om deze ontdekkingsreis in goede banen te leiden. Geert, van
totale euforie tot perte totale... je hebt het allemaal meegemaakt en me steeds op de
juiste manier weten aan te pakken. Ik heb je kennis, raad en steun enorm weten te
appreciëren!
Ik krijg een zitje in de 2de fase, mijn vaste computerstek tijdens dit doctoraat, omringd door
drie voorbeelden van een contradictio in terminis, namelijk... intelligente mannen! Robin,
vermoedelijk weergalmt mijn lach nog steeds in je oren. Bedankt voor de plezante tijd
samen, het delen van gedachten, emoties en uiteraard koekies. Dirk, moest mijn jaartje
thesissen bij jou niet zo zijn meegevallen, was ik waarschijnlijk nooit gebleven. Je
kriebels voor het onderzoek bleken besmettelijk te zijn. Bedankt voor je steun, blijvend
vertrouwen en vriendschap op de werkvloer en daarbuiten. Doorheen de jaren wordt elk
van deze zitjes ingenomen door nieuwe gezichten, ik word een ancien...
Al gauw is duidelijk dat de werkzaamheden op onze fase vlot verlopen dankzij de kennis en
kunde van enkele spilfiguren: Margo, Evie, Klaas en later ook Ann. Margo’tje, dank je om
steeds mijn lach te willen delen. Life on the lab wouldn’t be the same without you! Evie,
niettegenstaande we vrij explosief uit de startblokken zijn geschoten, blijken we
naderhand toch meer gemeen te hebben dan we initieel dachten. Bedankt voor je hulp
bij het praktische werk en voor je steun en vriendschap in moeilijke tijden. Klaas,
bedankt voor het helpen bij de laatste loodjes.
Het begin van dit doctoraat luidt meteen ook een nieuwe periode in op persoonlijk vlak,
namelijk het verlaten van het ouderlijk nest. En ik zou ik niet zijn, moest dit niet gepaard gaan
met enige traantjes. Gelukkig weet Leen, mijn nieuwe huisgenote en tevens collega te zorgen
voor een nieuwe geborgen thuishaven. In dit doctoraal avontuur word ik ondertussen vergezeld
door Tom, mijn serene rechterzijde, de perfecte tegenpool. Eens op weg, worden mij drie
thesisstudenten toevertrouwd. Marcy, Koenraad en Charlotte, bedankt voor jullie
belangrijke bijdrage aan dit proefschrift. Koenraad, je gevoel voor humor is
ongeëvenaard! Bedankt om me jouw versie van ‘statistics for dummies’ uit de doeken
te doen.
Naar het einde toe krijgt het verloop van dit doctoraat een nieuwe wending. Ik word ingewijd
in de complexe wereld van de immunologie en de Franse wetenschappelijke terminologie.
Bruno, hartelijk dank om jouw kennis met mij te willen delen. Un nouveau labo, un
nouveau défi, de nouvelles personnes, de nouvelles habitudes... merci... Benoit, Corinne,
Véronique et Joelle de m’avoir aussi bien guidée. Auprès de vous, je me suis aussitôt
sentie chez moi.
Deze 4 jaar zijn voorbij gevlogen en hebben niet alleen geresulteerd in dit proefschrift, maar
belangrijker nog, in een verrijkt persoon. Ik heb het verblijf op dit labo als enorm aangenaam
ervaren en dit is zonder meer te danken aan iedereen op het labo. Dank aan alle collega’s en
in het bijzonder aan Marc voor je interesse en aangenaam gezelschap op reis, Peetse
voor de rust die je slaagde te bewaren bij het uitleggen van de basisprincipes van
BioNumerics, Karen voor de hulp bij de pulsed-field gellekes, Renata voor de 16S
sequenties en de ondersteuning van Geert tijdens deze 4 jaar, Annemie voor de
aangename babbel van tijd tot tijd en het in orde brengen van de vele paperassen,
Jeannine om de boel hier draaiende te houden, Fernand voor de vele bestellingen,
Paul voor je belangstelling en buitengewoon gevoel voor kunst en Peter voor het
begeleiden van de laatste meters.
Bijna aan de eindmeet... en enkele vriendschappen rijker waaronder deze van drie wel heel
bijzondere dames: Ilse, mijn vrolijke partner in crime, uniek in haar ‘nonchalance’;
Ilsekesemesel, mijn vaste schouder op donderdagmiddag, en Kim, grenzeloos zorgzaam...
Dames, jullie vriendschap is onbetaalbaar!
Mams en papa, bedankt voor het onvoorwaardelijke liefhebben, de continue steun en
interesse. Bedankt om mij de belangrijke dingen des levens te leren waarderen. Ik kan
alleen maar hopen dat ik ooit jullie prestatie als ouder evenaar.
Negen jaar, lief en leed, door ‘dik’ en dun... Frederik, mijn steun en toeverlaat. Wat mij
betreft, mag je gerust Jacob Van Artevelde vervangen op de Vrijdagsmarkt!
En dan, last but not least en zonder al te veel woorden: mijn lieveling, mijn kleine meid, mijn
moppie, mijn kapoentje, mijn alles...
merciekes,
Liesbeth.