Guide pour les analyses systématiques dans le domaine de la santé publique agroalimentaire

87 Pages·2005·0.39 MB·French

Guide pour les analyses systématiques dans le
domaine de la santé publique agroalimentaire

1,2 1,2
Jan M. Sargeant , Maria Del Rocio Amezcua ,
2 2
Andrijana Rajić , Lisa Waddell

1
Département d’épidémiologie clinique et de biostatistique,
McMaster University, Hamilton (Ontario) Canada
et
2
Laboratoire de lutte contre les zoonoses d’origine alimentaire,
Agence de santé publique du Canada, Guelph (Ontario) Canada

© J.M. Sargeant, 2005
Table des matières

Introduction
1. Élaboration d’une question d’étude précise
1.1 Formuler une question pertinente
1.2 Formuler une question précise
1.3 Plans d’étude et niveaux de données
2. Détermination de l’ensemble de la recherche primaire potentiellement
pertinente
2.1 Création de termes de recherche
2.2 Bases de données électroniques
2.3 Recherche manuelle
2.4 Vérification des listes de références
2.5 Trouver des études non publiées
3. Sélection des résumés fondée sur la pertinence par rapport à la question
étudiée
3.1. Création de l’outil de sélection fondée sur la pertinence
3.2. Utilisation de l’outil de sélection fondée sur la pertinence
4. Évaluation de la qualité des publications pertinentes
4.1 Création de l’outil d’évaluation de la qualité
4.2 Utilisation de l’outil d’évaluation de la qualité
5. Extraction de données
5.1 Création du formulaire d’extraction de données
5.2 Utilisation du formulaire d’extraction de données
6. Synthèse des données
6.1 Synthèse descriptive des résultats
6.2 Synthèse des résultats de l’étude
6.3 Hétérogénéité
Références
Annexes
Formulaires d’analyse systématique

Le placement pour ce manuel a été obtenu à partir du réseau de recherches et de réponse de
sûreté de nourriture (USDA-CREES) et du laboratoire pour les zoonoses portées par les
aliments, agence de santé publique du Canada.
2
Introduction

Les responsables de politiques publiques et autres décideurs en matière de salubrité des
aliments dans le continuum de la production alimentaire sont de plus en plus souvent
confrontés à des problèmes de santé publique multifactoriels complexes parmi lesquels les
maladies d’origine alimentaire, les pathogènes zoonotiques existants et émergents, et la
résistance aux antimicrobiens. Aux États-Unis, par exemple, on estime que 76 millions des
cas de maladies d’origine alimentaire surviennent chaque année, entraînant 5 000 décès
(Mead, 1999). De nombreux organismes se sont attaqués à ce problème en intensifiant leurs
efforts de surveillance, en développant et en mettant en œuvre des stratégies d’intervention
d’un bout à l’autre de la chaîne de production alimentaire, en intégrant l’évaluation du risque
dans l’élaboration des politiques et en augmentant le financement de la recherche en
salubrité alimentaire.

Il est désormais impératif de commencer à identifier, à évaluer et à résumer les résultats de la
recherche en santé publique dans le secteur agroalimentaire – résultats autrement ingérables
à l’état brut – pour permettre aux décideurs d’accéder rapidement à l’information sur les
publications scientifiques les plus pertinentes. Cela est possible par des méthodes d’analyses
systématiques fondées sur des données; ces méthodes sont déjà employées avec succès dans
d’autres disciplines de la santé.

Les analyses systématiques fournissent une méthode rigoureuse et reproductible
d’identification, d’évaluation et de synthèse de l’information scientifique permettant
d’aborder les questions relatives à la santé telles que le traitement, la prévention, le
diagnostic et l’évaluation des facteurs de risque des maladies (AHRQ, 2002). Une analyse
systématique se déroule en plusieurs étapes : 1) élaboration d’une question d’étude précise;
2) détermination de l’ensemble des recherches primaires potentiellement pertinentes à l’aide
d’une stratégie de recherche structurée; 3) tri des résumés en fonction de leur pertinence
pour la question à l’étude; 4) évaluation de la qualité des publications pertinente; 5)
extraction de données des articles de qualité acceptable; 6) synthèse des données de ces
études à l’aide de méthodes qualitatives ou quantitatives (NHMRC, 1999; CRD, 2001;
Glasziou et al., 2001; Cochrane, 2004).

L’analyse systématique se distingue sur plusieurs points de l’analyse classique. Le procédé
de l’analyse systématique réduit le degré de subjectivité dans la sélection des études de
recherche par l’exhaustivité et la reproductibilité de la stratégie de recherche et la sélection
transparente des articles inclus dans l’analyse. Les analyses systématiques évaluent la qualité
méthodologique des études incluses (c’est-à-dire la qualité du plan, du déroulement et de
l’analyse de l’étude) et évaluent la validité globale de l’ensemble des données. Dans les
analyses systématiques, l’accent est mis sur les résultats d’études de plus haute qualité aux
dépens des études de moins bonne qualité. En règle générale, cette étape analytique
supplémentaire n’est pas utilisée dans les analyses narratives. Un tableau récapitulatif des
différences entre analyse systématique et analyse narrative est présenté à l’Annexe 1.

Les analyses systématiques ont un autre avantage : en identifiant toutes les données
pertinentes et valides sur le plan méthodologique, elles améliorent la capacité de synthétiser
3
les résultats de plusieurs études et augmentent donc leur force. Des résultats similaires
observés dans divers plans et contextes d’études apportent la preuve de la solidité et de la
transposabilité des résultats à d’autres contextes. En cas de divergence entre les études selon
le contexte, les sources de divergence peuvent être examinées (NHMRC, 1999; Glasziou et
al., 2001).

Les analyses systématiques ont été conçues avant tout à l’intention des professionnels qui
souhaitent prendre des décisions plus éclairées dans l’exercice clinique, les études de
recherche en santé humaine et les politiques de santé publique. C’est ainsi que de nombreux
groupes et organismes se spécialisent dans l’élaboration de méthodologies et la conduite
d’analyses systématiques dans le domaine de la santé humaine. Exemples de groupes
spécialisés dans la méthodologie et la conduite d’analyses systématiques :

1) Le modèle d’analyse de la Collaboration Cochrane est un modèle mondialement
reconnu pour les analyses systématiques (voir le site Web : http://www.update-
software.com/ccweb/cochrane/hbook.htm).
2) L’Agency for Healthcare Research and Quality (AHRQ), antérieurement Agency
for Health Care Policy and Research (AHCPR), fournit un soutien à la recherche et
des guides de politique dans la recherche et les analyses systématiques sur les
services de santé (consulter le site Web : http://www.ahrq.gov). Dans cette optique,
l’AHRQ met un accent particulier sur la qualité des soins, les guides de pratique
clinique et la pratique fondée sur les données probantes. Cela inclut notamment
l’évaluation de la qualité des données publiées par des méthodes ou des systèmes
permettant de noter la validité des données scientifiques pour la pratique sous-jacente
de la santé, des recommandations figurant dans les publications spécialisées et des
technologies de la santé.
3) Le Programme de recherche, d’éducation et de développement en santé
publique (REDSP) mène des recherches pertinentes sur le plan clinique dans les
domaines de la santé publique, de la promotion de la santé et des soins primaires, et
encourage la pratique factuelle et l’élaboration de politiques (consulter le site Web :
http://www.phred-redsp.on.ca/).
4) Le NHS Centre of Reviews and Dissemination (CRD) a publié un document
original fournissant le cadre conceptuel et pratique pour la conduite d’analyses
systématiques de l’efficacité (consulter le site Web :
http://www.york.ac.uk/inst/crd/srinfo.htm). Ce document propose de nouvelles lignes
directrices sur l’évaluation de la recherche portant sur les tests diagnostiques, les
études d’étiologie et de facteurs de risques, la recherche qualitative et l’économie de
la santé.

Les ressources fournies par ces groupes ont été déterminantes pour la rédaction du présent
manuel. Parmi les autres ressources utilisées, il convient également de mentionner
Systematic Reviews in Health Care: A Practical Guide de Glasziou et al., (2001). Cet
ouvrage offre une présentation claire et structurée des analyses systématiques. Il a le mérite
de proposer des descriptions brèves et concises des diverses méthodes à utiliser en fonction
des types de questions de santé, notamment la fréquence des maladies, le pronostic, le
diagnostic, le risque et la prise en charge.
4
Malgré le recours fréquent aux analyses systématiques dans les domaines de la santé
humaine, les analyses systématiques formelles sont rarement utilisées dans le domaine de la
salubrité agricole et agroalimentaire. À titre d’exemple, on peut citer des chercheurs
australiens qui ont utilisé cette démarche pour évaluer les données probantes justifiant ou
condamnant l’usage des antimicrobiens chez les animaux comme facteur favorisant
l’apparition de maladies cliniquement significatives chez l’humain (Ferguson et al., 1998).

Les protocoles d’élaboration d’analyses systématiques en santé humaine sont bien
développés. Toutefois, les protocoles d’analyse systématique élaborés pour les études sur la
santé humaine ne sont pas toujours directement applicables pour évaluer les questions de
salubrité à la ferme dans le secteur agricole et agro-alimentaire. Par exemple, de nombreuses
études d’intervention à la ferme utilisent un plan d’étude observationnelle par rapport aux
essais contrôlés et randomisés, lesquels sont souvent employés pour les analyses
systématiques dans le domaine de la santé humaine. En règle générale, les études de
provocation utilisées dans la recherche vétérinaire ne sont pas prises en compte dans les
analyses de la santé humaine. Dans le domaine de la santé humaine, les études de
provocation sont réalisées sur des espèces non humaines, alors qu’en recherche vétérinaire,
ce type d’essai est réalisé sur l’espèce étudiée. Il faut également tenir compte du fait que les
populations de bétail sont groupées très différemment des populations humaines. Cela
signifie que les questions statistiques reliées à la non-indépendance des sujets étudiés au sein
des groupes revêtent une importance considérable dans de nombreuses études de recherche
agroalimentaire. Il est donc nécessaire de modifier les protocoles existants qui sont utilisés
pour les analyses systématiques en santé humaine afin de pouvoir les utiliser pour
l’évaluation systématique en recherche agroalimentaire.

Le recours aux analyses systématiques permettra aux chercheurs de résumer l’ensemble des
connaissances existantes sur des questions ciblées de salubrité alimentaire et augmentera la
crédibilité des résultats de la recherche dans ce domaine. Les résultats de telles analyses
indépendantes peuvent offrir des informations précieuses sur les meilleures interventions et
fournir des données utilisables dans les modèles d’évaluation des risques. Les analyses
systématiques peuvent aussi mettre en évidence les domaines où les données probantes sur
l’efficacité des interventions sont insuffisantes ou les domaines comportant des lacunes
méthodologiques communes dans la recherche existante, fournissant ainsi l’orientation et la
dynamique nécessaires pour l’avenir de la recherche fondamentale et de la recherche
appliquée dans un domaine donné de la salubrité des aliments.

Le but du présent manuel est de fournir des recommandations et des lignes directrices afin de
mener des analyses systématiques dans le domaine de la salubrité agroalimentaire. Bien que
les analyses systématiques puissent s’appliquer à un vaste éventail de questions de recherche
– interventions, estimations d’incidence/de prévalence des maladies, comparaison de tests
diagnostiques, évaluations de programmes et questions d’associations – le présent manuel
porte principalement sur l’évaluation de la recherche sur les interventions. Il s’intéresse
également à l’élément de salubrité des aliments pré-récolte (à la ferme) de la santé publique
dans le domaine agroalimentaire. Le présent manuel est organisé de manière à examiner en
détail les différentes étapes d’une analyse systématique :
5
1) Élaboration d’une question d’étude précise
2) Détermination de l’ensemble de la recherche primaire potentiellement pertinente
3) Sélection fondée sur la pertinence
4) Évaluation de la qualité
5) Extraction de données
6) Synthèse des données

Chaque étape est illustrée par des exemples; des détails supplémentaires sont inclus sous
forme d’annexes. Les concepts abordés dans le présent manuel sont illustrés par un exemple
pratique d’analyse systématique – « The use of probiotics to reduce E. coli O157 in the feces
of beef and dairy cattle » (Recours aux probiotiques pour réduire l’incidence d’E. coli O157
dans les fèces de bovins de boucherie et de bovins laitiers). Notre groupe de recherche s’est
servi du logiciel d’analyse systématique sur le Web « Electronic Systematic Review » (ERS)
(www.trialstat.com, O’Blenis and Garritty, 2004) pour la gestion des projets d’analyse
systématique. Les commentaires concernant l’utilisation du logiciel seront inclus dans le
présent manuel.

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1. Élaboration d’une question d’étude précise

POINTS CLÉS
• La question doit être clairement définie a priori.
• La question doit être structurée en termes de population(s),
d’intervention(s) et de paramètre(s).
• La question doit être suffisamment générale pour permettre l’examen
des variations dans le facteur de l’étude et les échantillons de
population.
• Le niveau du système ou le secteur agricole dans lequel l’analyse sera
conduite doit être précisé.
• Si les publications existantes sur le sujet sont suffisantes, l’analyse
pourra être structurée de manière à incorporer uniquement les plans
d’étude offrant un niveau de données probantes plus élevé.

Il est fondamental de définir la question d’une analyse systématique dans la mesure où tous
les autres aspects de l’analyse découlent de cette question (CRD, 2001). Plus précisément, la
question inspire la stratégie de recherche permettant d’identifier les études potentiellement
pertinentes, de déterminer la pertinence des études repérées grâce à la stratégie de recherche,
d’effectuer une évaluation critique des études et d’analyser les variations entre les résultats
(Cochrane, 2004).

1.1. Formuler une question pertinente

Formuler des questions précises exige de prendre en compte plusieurs éléments importants :
• Population(s)
• Intervention(s)
• Paramètre(s)
• Niveau de système ou secteur agricole

Les différences au niveau de ces caractéristiques auront une incidence sur l’efficacité des
interventions qui sont analysées. C’est pourquoi il importe de préciser a priori les
importantes caractéristiques de population, les stratégies d’intervention acceptables pour
l’inclusion dans l’analyse et les paramètres les plus pertinents sur le plan clinique pour
mesurer l’effet d’une intervention donnée (CRD, 2001).

1.1.1. Population
Les principales caractéristiques de population susceptibles de varier d’une étude à l’autre
dans la recherche en santé publique liée au secteur agroalimentaire sont l’espèce, l’âge des
animaux, le système de production et le pays. La définition de la question d’analyse
relativement à ces caractéristiques de population aidera le lecteur à déterminer la pertinence
des résultats de l’analyse systématique au regard de la population à laquelle il extrapolerait
les résultats.
7
1.1.2. Intervention
Il existe de nombreux types d’intervention pouvant faire l’objet d’une analyse systématique
dans la santé publique liée au secteur agroalimentaire, par exemple :

• Traitements de certaines maladies ou agents pathogènes touchant les animaux
• Prévention de certaines maladies animales ou contamination d’un produit
• Interventions de gestion pour réduire l’exposition à un ou à plusieurs agents
pathogènes

L’intervention se définit comme une activité donnée effectuée dans le but
d’améliorer ou de prévenir des effets indésirables sur la santé.

1.1.3. Paramètre
L’analyse devrait examiner les paramètres pertinents et significatifs qui intéressent les
décideurs pour ce qui a trait aux interventions de santé publique dans le secteur
agroalimentaire. Les recherches bibliographiques initiales permettent d’identifier les types
de paramètres utilisés dans les études primaires pour mesurer la réponse à une intervention
(CDR, 2001). Les paramètres peuvent être :
● qualitatifs,
● quantitatifs,
● économiques.

1.1.4. Niveau de système ou secteur agricole
Il est important de déterminer et de tenir compte du niveau de système ou du secteur agricole
dans lequel l’analyse systématique doit être effectuée. Il peut s’agir d’un groupe de denrées
de bétail (niveau animaux, ferme ou troupeau), de transformation, de vente au détail ou
d’études de consommation, ou même de plusieurs niveaux du continuum de la production
alimentaire (« ferme à la table »). S’il s’agit de denrées animales, l’intervention peut cibler
un groupe de production donné (animaux pas encore sevrés, animaux de finition, animaux de
réforme).

1.2. Formuler une question précise

L’objectif général de l’analyse systématique peut consister à évaluer l’ensemble des
interventions effectuées pour réduire un pathogène spécifique. Dans ce cas, l’examinateur
pourra préciser des questions de recherche multiples et effectuer une analyse systématique
pour chacune d’elles. Par exemple, si l’objectif global consiste à identifier les interventions
visant à réduire l’excrétion fécale d’E. coli O157 chez les bovins de boucherie et les bovins
laitiers, une simple question risque de n’être pas suffisamment ciblée pour l’analyse. Par
conséquent, l’objectif doit d’abord être intégré aux éléments constituants. Dans cet exemple,
le problème pourrait être réparti : 1) en facteurs qui augmentent la résistance des animaux
(vaccination, bactériophages, plantes médicinales ou autres additifs dans l’alimentation
animale) et 2) en interventions de gestion visant à réduire l’exposition ou la transmission
(nettoyage des enclos, chloration de l’eau). Il sera alors possible d’élaborer des questions
précises pour chaque élément constituant. Dans notre exemple de l’utilisation des
8
probiotiques pour réduire l’incidence d’E. coli O157 chez les bovins, une question d’analyse
se rapportant à l’utilisation des probiotiques ferait partie de l’élément « résistance animale ».

Lorsque nous définissons notre question, nous devons également déterminer sa portée
(générale ou pointue?). La question doit être suffisamment générale pour permettre l’examen
des variations au niveau des effets des interventions sur un éventail de populations
pertinentes. Voici une question portant sur le recours aux probiotiques chez les bovins :

Quel est l’effet de l’emploi de L. acidophilus sur l’incidence d’E. coli O157 dans
les fèces de ruminants en post-sevrage?

Cette question aborde tous les éléments clés d’une question d’analyse appropriée. La
population est composée de bovins laitiers et de bovins de boucherie en post-sevrage,
l’intervention est définie comme le recours à L. acidophilus, le paramètre est
l’excrétion fécale d’E. coli O157 (bien que la question ne précise pas s’il s’agit de
prévalence, d’incidence ou de charge bactérienne), et le secteur, à la ferme, est
implicite. Cependant, cette question est peut-être trop précise pour une question
d’analyse initiale; en effet, elle ne contient pas beaucoup d’informations sur le
recours à des probiotiques précis pour réduire E. coli O157. Dans ce cas, il faudrait
formuler la question comme ceci :

Quel est l’effet de l’emploi des probiotiques sur E. coli O157 dans les fèces de
ruminants en post-sevrage?

Si la terminologie de la question est ambiguë ou si tous les membres de l’équipe de
recherche ne connaissent pas la signification exacte des termes employés, on peut ajouter des
éclaircissements. Par exemple :

Quel est l’effet de l’emploi des probiotiques sur E. coli O157 dans les fèces de
bovins de boucherie et de bovins laitiers en post-sevrage?
Dans ce cas, les « probiotiques » englobent les bactéries commensales
(inoffensives ou bénéfiques) qui sont administrées pour réduire les bactéries
pathogènes présentes dans l’intestin. Il s’agit notamment d’espèces
appartenant aux genres Lactobacillus, Streptococcus, Enterococcus,
Bifidobacterium et Saccharomyces. Les termes « inhibition compétitive » et
« mélange de souches » devraient être inclus dans l’étude,
Dans ce cas, E. coli O157 inclut les termes E. coli O157:H7, E. coli
entérohémorragique (EHEC), E. coli vérotoxigène (VTEC) et E. coli
producteur de shiga-toxines (STEC);
Les ruminants englobent bovins laitiers et bovins de boucherie, moutons ou
chèvres.

1.3. Plans d’étude et niveaux de données

Les questions de recherche peuvent être abordées à l’aide de plusieurs plans d’étude. Les
différents plans d’étude ont des avantages et des inconvénients mais, dans le contexte de
9
l’exploitation de données provenant de plans d’études différents, il est important de tenir
compte du niveau de données probantes inhérent à chaque plan d’étude.

Les essais contrôlés et randomisés constituent un plan d’étude expérimental où les individus
(ou unités d’étude) sont aléatoirement assignés à des groupes de traitement. La provocation
de la maladie survient naturellement et les essais sont menés dans un milieu naturel.

Les études observationnelles considèrent les caractéristiques individuelles, les
comportements personnels, les conditions environnementales et les traitements comme des
« expositions » susceptibles de modifier le risque de maladie. Contrairement aux essais
randomisés, les études observationnelles concernent des expositions naturelles à une maladie
et une provocation naturelle de la maladie. Les études observationnelles se différencient par
la méthode de sélection des populations étudiées. Elles peuvent être 1) des études de cohorte,
2) des études cas-témoins et 3) des études transversales. Les études de cohorte associent
l’exposition à l’apparition subséquente d’une maladie, et comparent l’incidence d’une
maladie entre des populations exposées et des populations non exposées. Les études cas-
témoins comparent les antécédents d’exposition d’un groupe de cas (malades) à ceux d’un
groupe de témoins (non-malades). Les études transversales évaluent le statut d’exposition et
des effets (maladies) des sujets étudiés à un moment donné. Le « moment donné » peut aller
d’un instant (p. ex., « moment de l’échantillonnage ») à de longues périodes (p. ex., « au
cours de l’année écoulée » – études longitudinales et transversales) même si tous les
moments sont traités comme des événements fixes dans le temps.

Dans le domaine de l’étiologie, les études de cohorte fournissent des données plus solides
que les études cas-témoins pour vérifier des hypothèses. Les études transversales servent à
générer des hypothèses (et non pas à vérifier des hypothèses). Elles revêtent donc moins
d’importance dans une analyse systématique, ce qui ne les empêche pas d’être utiles dans
certaines analyses.

Un plan d’étude fréquemment utilisé dans la recherche en salubrité des aliments pré-récolte
est l’étude de provocation (ou inoculation). Les études de provocation sont caractérisées par
un plan expérimental qui comporte l’inoculation volontaire de l’agent pathogène d’intérêt à
des animaux répartis au hasard en groupes d’exposition. Ces études fournissent des données
probantes liées à l’efficacité d’une intervention dans des conditions contrôlées. Toutefois,
elles ne sont pas toujours représentatives de l’efficacité de cette intervention dans des
conditions commerciales et avec une exposition naturelle à la maladie.

En règle générale, les études descriptives ne sont pas incluses dans les analyses
systématiques car elles servent à fournir les données préliminaires ou initiales et ne se
prêtent donc pas à la vérification d’hypothèses.

Le Tableau 1 récapitule les niveaux de données probantes correspondant à différents plans
d’étude en réponse à des questions scientifiques précises. Le tableau comprend un système
de classement, où le niveau I représente le niveau de données probantes le plus élevé.

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