Genes and Genomics

445 Pages·2005·29.46 MB·English

by  Dilip K. Arora and Randy M. Berka (Eds.)

ELSEVIER
AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY
AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY
VVOOLLUUMMEE 55
GGEENNEESS AANNDD GGEENNOOMMIICCSS
This Page is Intentionally Left Blank
AAPPPPLLIIEEDD MMYYCCOOLLOOGGYY
AANNDD BBIIOOTTEECCHHNNOOLLOOGGYY
VVOOLLUUMMEE 55
GGEENNEESS AANNDD GGEENNOOMMIICCSS
EEddiitteedd bbyy
DDiilliipp KK.. AArroorraa
CCeennttrree ooff AAddvvaanncceedd SSttuuddyy iinn BBoottaannyy
BBaannaarraass HHiinndduu UUnniivveerrssiittyy
VVaarraannaassii,, IInnddiiaa
RRaannddyy MM.. BBeerrkkaa
NNoovvoozzyymmeess BBiiootteecchh,, IInncc..,,
11444455 DDrreeww AAvveennuuee,,
DDaavviiss,, CCAA 9955661166--44888800,, UUSSAA
.-
ELSEVIER
22000055
AAmmsstteerrddaamm –- BBoossttoonn –- HHeeiiddeellbbeerrgg –- LLoonnddoonn –- NNeeww YYoorrkk –- OOxxffoorrdd
PPaarriiss –- SSaann DDiieeggoo –- SSaann FFrraanncciissccoo –- SSiinnggaappoorree –- SSyyddnneeyy –- TTookkyyoo
EELLSSEEVVIIEERR BB..VV.. EELLSSEEVVIIEERR IInncc.. EELLSSEEVVIIEERR LLttdd.. EELLSSEEVVIIEERR LLttdd..
RRaaddaarrwweegg 2299 552255 BB SSttrreeeett,, SSuuiittee 11990000 TThhee BBoouulleevvaarrdd,, LLaannggffoorrdd LLaannee 8844 TThheeoobbaallddss RRooaadd
PP..OO.. BBooxx 221111,, 11000000 AAEE AAmmsstteerrddaamm SSaann DDiieeggoo,, CCAA 9922110011--44449955 KKiiddlliinnggttoonn,, OOxxffoorrdd OOXX55 11GGBB LLoonnddoonn WWCC11XX 88RRRR
TThhee NNeetthheerrllaannddss UUSSAA UUKK UUKK
©© 22000055 EEllsseevviieerr BB..VV.. AAllll rriigghhttss rreesseerrvveedd..
TThhiiss wwoorrkk iiss pprrootteecctteedd uunnddeerr ccooppyyrriigghhtt bbyy EEllsseevviieerr BB.. VV..,, aanndd tthhee ffoolllloowwiinngg tteerrmmss aanndd ccoonnddiittiioonnss aappppllyy ttoo iittss uussee::
PPhhoottooccooppyyiinngg
SSiinnggllee pphhoottooccooppiieess ooff ssiinnggllee cchhaapptteerrss mmaayy bbee mmaaddee ffoorr ppeerrssoonnaall uussee aass aalllloowweedd bbyy nnaattiioonnaall ccooppyyrriigghhtt llaawwss.. PPeerrmmiissssiioonn ooff
tthhee PPuubblliisshheerr aanndd ppaayymmeenntt ooff aa ffeeee iiss rreeqquuiirreedd ffoorr aallll ootthheerr pphhoottooccooppyyiinngg,, iinncclluuddiinngg mmuullttiippllee oorr ssyysstteemmaattiicc ccooppyyiinngg,,
ccooppyyiinngg ffoorr aaddvveerrttiissiinngg oorr pprroommoottiioonnaall ppuurrppoosseess,, rreessaallee,, aanndd aallll ffoorrmmss oof fd dooccuummeenntt ddeelilviveerryy. . SSppeecciaiall rraatetess aarere a avvaailialabblele
ffoorr eedduuccaattiioonnaall iinnssttiittuuttiioonnss tthhaatt wwiisshh ttoo mmaakkee pphhoottooccooppiieess ffoorr nnoonn--pprrooffiitt eedduuccaattiioonnaall ccllaassssrroooomm uussee..
PPeerrmmiissssiioonnss mmaayy bbee ssoouugghhtt ddiirreeccttllyy ffrroomm EEllsseevviieerr’'ss RRiigghhttss DDeeppaarrttmmeenntt iinn OOxxffoorrdd,, UUKK:: pphhoonnee ((++4444)) 11886655 884433883300,,
ffaaxx ((++4444)) 11886655 885533333333,, ee--mmaaiill:: ppeerrmmiissssiioonnss@@eellsseevviieerr..ccoomm.. RReeqquueessttss mmaayy aallssoo bbee ccoommpplleetteedd oonn--lliinnee vviiaa tthhee EEllsseevviieerr
hhoommeeppaaggee ((hhttttpp::////wwwwww..eellsseevviieerr..ccoomm//llooccaattee//ppeerrmmiissssiioonnss))..
IInn tthhee UUSSAA,, uusseerrss mmaayy cclleeaarr ppeerrmmiissssiioonnss aanndd mmaakkee ppaayymmeennttss tthhrroouugghh tthhee CCooppyyrriigghhtt CClleeaarraannccee CCeenntteerr,, IInncc..,, 222222
RRoosseewwoooodd DDrriivvee,, DDaannvveerrss,, MMAA 0011992233,, UUSSAA;; pphhoonnee:: ((++11)) ((997788)) 77550088440000,, ffaaxx:: ((++11)) ((997788)) 77550044774444,, aanndd iinn tthhee UUKK tthhrroouugghh
tthhee CCooppyyrriigghhtt LLiicceennssiinngg AAggeennccyy RRaappiidd CClleeaarraannccee SSeerrvviiccee ((CCLLAARRCCSS)),, 9900 TTootttteennhhaamm CCoouurrtt RRooaadd,, LLoonnddoonn WW11PP 00LLPP,, UUKK;;
pphhoonnee:: ((++4444)) 2200 77663311 55555555;; ffaaxx:: ((++4444)) 2200 77663311 55550000.. OOtthheerr ccoouunnttrriieess mmaayy hhaavvee aa llooccaall rreepprrooggrraapphhiicc rriigghhttss aaggeennccyy ffoorr
ppaayymmeennttss..
DDeerriivvaattiivvee WWoorrkkss
TTaabblleess ooff ccoonntteennttss mmaayy bbee rreepprroodduucceedd ffoorr iinntteerrnnaall cciirrccuullaattiioonn,, bbuutt ppeerrmmiissssiioonn ooff tthhee PPuubblliisshheerr iiss rreeqquuiirreedd ffoorr eexxtteerrnnaall
rreessaallee oorr ddiissttrriibbuuttiioonn ooff ssuucchh mmaatteerriiaall.. PPeerrmmiissssiioonn ooff tthhee PPuubblliisshheerr iiss rreeqquuiirreedd ffoorr aallll ootthheerr ddeerriivvaattiivvee wwoorrkkss,, iinncclluuddiinngg
ccoommppiillaattiioonnss aanndd ttrraannssllaattiioonnss..
EElleeccttrroonniicc SSttoorraaggee oorr UUssaaggee
PPeerrmmiissssiioonn ooff tthhee PPuubblliisshheerr iiss rreeqquuiirreedd ttoo ssttoorree oorr uussee eelleeccttrroonniiccaallllyy aannyy mmaatteerriiaall ccoonnttaaiinneedd iinn tthhiiss wwoorrkk,, iinncclluuddiinngg aannyy
cchhaapptteerr oorr ppaarrtt ooff a a cchhaapptteerr..
EExxcceepptt aass oouuttlliinneedd aabboovvee,, nnoo ppaarrtt ooff tthhiiss wwoorrkk mmaayy bbee rreepprroodduucceedd,, ssttoorreedd iinn aa rreettrriieevvaall ssyysstteemm oorr ttrraannssmmiitttteedd iinn aannyy ffoorrmm
oorr bbyy aannyy mmeeaannss,, eelleeccttrroonniicc,, mmeecchhaanniiccaall,, pphhoottooccooppyyiinngg,, rreeccoorrddiinngg oorr ootthheerrwwiissee,, wwiitthhoouutt pprriioorr wwrriitttteenn ppeerrmmiissssiioonn ooff tthhee
PPuubblliisshheerr..
AAddddrreessss ppeerrmmiissssiioonnss rreeqquueessttss ttoo:: EEllsseevviieerr’'ss RRiigghhttss DDeeppaarrttmmeenntt,, aatt tthhee ffaaxx aanndd ee--mmaaiill aaddddrreesssseess nnootteedd aabboovvee..
NNoottiiccee
NNoo rreessppoonnssiibbiilliittyy iiss aassssuummeedd bbyy tthhee PPuubblliisshheerr ffoorr aannyy iinnjjuurryy aanndd//oorr ddaammaaggee ttoo ppeerrssoonnss oorr pprrooppeerrttyy aass aa mmaatttteerr ooff pprroodduuccttss
lliiaabbiilliittyy,, nneegglliiggeennccee oorr ootthheerrwwiissee,, oorr ffrroomm aannyy uussee oorr ooppeerraattiioonn ooff aannyy mmeetthhooddss,, pprroodduuccttss,, iinnssttrruuccttiioonnss oorr iiddeeaass ccoonnttaaiinneedd
iinn tthhee mmaatteerriiaall hheerreeiinn.. BBeeccaauussee ooff rraappiidd aaddvvaanncceess iinn tthhee mmeeddiiccaall sscciieenncceess,, iinn ppaarrttiiccuullaarr,, iinnddeeppeennddeenntt vveerriiffiiccaattiioonn ooff
ddiiaaggnnoosseess aanndd ddrruugg ddoossaaggeess sshhoouulldd bbee mmaaddee..
FFiirrsstt eeddiittiioonn 22000055
LLiibbrraarryy ooff CCoonnggrreessss CCaattaallooggiinngg iinn PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa
AA ccaattaalloogg rreeccoorrdd iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee LLiibbrraarryy ooff CCoonnggrreessss..
BBrriittiisshh LLiibbrraarryy CCaattaalloogguuiinngg iinn PPuubblliiccaattiioonn DDaattaa
AA ccaattaalloogguuee rreeccoorrdd iiss aavvaaiillaabbllee ffrroomm tthhee BBrriittiisshh LLiibbrraarryy..
IISSBBNN:: 00--444444--5511880088--88
@ TThhee ppaappeerr uusseedd iinn tthhiiss ppuubblliiccaattiioonn mmeeeettss tthhee rreeqquuiirreemmeennttss ooff AANNSSII//NNIISSOO ZZ3399..4488--11999922 ((PPeerrmmaanneennccee ooff PPaappeerr))..
PPrriinntteedd iinn TThhee NNeetthheerrllaannddss..
Working together to grow
libraries in developing countries
•ww.elsevier.com www.bookaid.org www.sabre.org
ELSEVIER BOOK AID Sabre Foundation
International
v
Editors
Dilip K. Arora
Centre of Advanced Study in Botany
Banaras Hindu University
Varanasi, 221005 India
E-mail: [email protected]
Randy M. Berka
Novozymes Biotech, Inc.
1445 Drew Avenue
Davis, CA 95616-4880, USA
E-mail: [email protected]
Editorial Board
Frank Kcmpken Christian-Albrechts-Universitat zuKiel, Germany
George G Khachatourians University of Saskatchewan, Canada
B. Franz Lang Universite de Montreal, Canada
Yong Hawn Lee Seoul National University, South Korea
Brendan Loftus Eukaryotic Genomics, TIGR, USA
Giuseppe Macino Molecolare Policlinico Umberto Roma Italy
Gregory S. May Anderson Cancer Center, USA
Mary Anne Nelson University of New Mexico, USA
Helena Nevalainen Macquarie University, Australia
Gary A. Payne North Carolina State University, U.S.A.
Merja Penttila VTT Biotechnology, Finland
R. Prade Okalhoma State Univesrity, USA
Alberto Luis Rosa Instituto de Investigacion Medica, Argentina
TsugeTakashi Nagoya University, Japan
Johannes WBstemeyer Friedrich-Schiller-Universitaet Jena, Germany
Oded Yarden The Hebrew Universtiy of Jerusalem, Israel
Debbie Sue Yaver Novozymes Biotech, Inc., USA
'Present affiliation: National Bureau of Agriculturally Important Microorganisms, Kusmaur (Post: Kaithauli),
Post Bag No. - 06, Mau Nath Bhanjan, Uttar Pradesh 275 101, INDIA
This Page is Intentionally Left Blank
vVilli
Contents
Editorial Board for Volume 5 v
Contents vii-viii
Contributors ix-xiv
Preface xv-xvi
Recombination in Filamentous Fungi 1
Frederick ]. Bowring, P. Jane Yeadon and David E. A. Catcheside
EST Data Mining and Applications in Fungal Genomics 33
Peijun Zhang and Xiang ]ia Min
Fungal Intervening Sequences 71
Stefanie Poggeler
Gene Silencing as a Tool for the Identification of Gene 93
Function in Fungi
Annette Pickford and Giuseppe Macino
The DNA Damage Response of Filamentous Fungi: Novel 117
Features Associated with a Multicellular Lifestyle
Camile P. Semighini, Gustavo H. Goldman and Steven D. Harris
The cfp Genes (cfp-1 and cfp-2) of Neurospom crassa: A Tale 141
of a Bunch of Filaments, One Enzyme, and Two Genes
Esteban D. Temporini, Hernan D. Folco and Alberto L.Rosa
A Search for Developmental Gene Sequences in 169
the Genomes of Filamentous Fungi
David Moore, Conor Walsh and Geoffrey D. Robson
Applications of Fungal Site-specific Recombination as a Tool 189
in Biotechnology and Basic Biology
Yuri Voziyanov, Ian Grainge and Makkuni Jayaram
viii
Vlll
Heterologous Gene Expression in Filamentous Fungi: 211
A Holistic View
Helena Nevalainen, Valentino Te'o, Merja Penttila and Tiina Pakula
Expression and Engineering of Fungal Hydrophobins 239
Karin Scholtmeijer, Rick Rink, Harm ] Hektor and Han AB Wosten
Genetic Regulation of Carotenoid Biosynthesis in Fungi 257
Johannes Wostemeyer, Anke Grunler, Christine Schimek and Kerstin Voigt
Combination of Suppression Subtractive Hybridization and 275
Microarray Technologies to Enumerate Biomass - Induced
Genes in the Cellulolytic Fungus Trichoderma reesei
Elena V. Bashkirova, Michael W. Rey, and Randy M. Berka
Genomics of Some Human Dimorphic Fungus 301
Andre Rodrigues Lopes, Luciano Angelo, Everaldo dos Reis Marques,
Maria Helena de S. Goldman and Gustavo H. Goldman
Phanerochaete chrysosporium Genomics 315
Luis F. Larrondo, Rafael Vicuna and Dan Cullen
Genetics of Morphogenesis in Basidiomycetes 353
/. Stephen Horton, Guus Bakkeren, Steven J. Klosterman,
Maria Garcia-Pedrajas and Scott E. Gold
Keyword Index 423
iIxX
Contributors
Keietsu Abe Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University,
1-1 Tsutsumidori-Amamiyamachi Aoba-ku, Sendai, 981-8555,
Japan.
Luciano Angelo Faculdade de Ciencias Farmaceuticas de Ribeirao Preto,
Universidade de Sao Paulo, Sao Paulo, Brazil.
Kiyoshi Asia Computional Biology Research Center, Natl. Inst. Of
Advanced Ind. Sci. and Technol (AIST), Aomi Frontier
Building 17F, 2-43 Aomi, Koto-ku, Tokyo 135-0064, Japan.
Guus Bakkeren Agriculture and Agri-food Canada, Pacific Agri-food
Research Center, 4200 Highway 94, Summerland, B.C.
Canada VOZ1Z0.
Randy M. Berka Novozymes Biotech, Inc., 1445 Drew Avenue, Davis,
California 95616-4880, USA.
Elena V. Bashkirova Novozymes Biotech, Inc., 1445 Drew Avenue, Davis,
California 95616-4880, USA.
Frederick J. Bowring School of Biological Sciences, Flinders University, PO Box
2100, Adelaide, South Australia 5001.
David E.A. Catcheside School of Biological Sciences, Flinders University, PO Box
2100, Adelaide, South Australia 5001.
Dan Cullen USDA Forest Products Laboratory, Madison, Wisconsin
53705, USA.