For Peer Review

419 Pages·2016·13.78 MB·French

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Remerciements

Professeur Jean-Christophe Farges et Professeur Hervé Petite,
Nous vous remercions chaleureusement d’avoir accepté d’être rapporteurs de ce travail et de
siéger à notre jury de thèse. Vos conseils ont permis, je l’espère, d’améliorer
significativement ce manuscrit. Veuillez trouver ici l’expression de notre sincère
reconnaissance.

Professeur Louis Casteilla,
Nous vous remercions infiniment pour la chance que nous avons eu de travailler au sein de
votre laboratoire. Sachez que votre aide scientifique inestimable, votre écoute attentive et
votre disponibilité, nous ont touché au plus haut degré. J’espère que transparaissent dans ce
travail, notre profonde gratitude et notre plus grand respect, en cet exemple de modèle
d’intelligence scientifique et de mentor que vous incarnez. Nous espérons avoir la chance de
pouvoir continuer auprès de votre équipe.

Docteur Valérie Planat-Bénard,
Nous vous remercions pour l’honneur que vous nous avez fait en acceptant de co-diriger cette
thèse. Merci pour votre disponibilité, votre gentillesse et votre bonne humeur en toutes
circonstances. Votre rigueur scientifique, les conseils que vous nous avez transmis, nous ont
profondément inspiré, et jalonnerons ainsi notre parcours. Nous espérons pouvoir bénéficier
encore de vos lumières, et continuer à travailler avec vous.

Professeur Philippe Kémoun,
Que ce soit votre rigueur dans la recherche, votre passion, vos enseignements et vos qualités
humaines en général, vous êtes un exemple pour nous. Merci d’avoir été un œil bienveillant
durant ces années, de nous avoir donné notre chance et fourni un cadre, d’avoir su nous
transmettre également beaucoup de votre amour de la recherche. Nous espérons que ce travail
témoigne de notre profonde reconnaissance et de notre haute considération.

A tout le laboratoire STROMALab,
Pour son accueil chaleureux, ses conseils, son aide inestimable et tous les bons moments
partagés.

A mes collègues et mentors des 5x.03,
Pour leur soutien indéfectible, leurs conseils inestimables, la joie de travailler en équipe.
ii
iii
A ma Famille,
Merci d’avoir toujours cru en moi,
De m’avoir accompagné et soutenu tout au long de mes années d’étude.

A Lucie,
Pour ton amour et ta patience.

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Table des matières

Introduction

Partie I
Big Data, Big Science & Stem Cells

I.1 Les enjeux de « Big Data » ............................................... Erreur ! Signet non défini.
I.1.1 Définition .................................................................. Erreur ! Signet non défini.
I.1.2 Les lobbies industriels ............................................... Erreur ! Signet non défini.
I.2 Les grands volumes de données publiques en sciences médicales ...... Erreur ! Signet
non défini.
I.2.1 Les futurs enjeux de ces bases de données ................ Erreur ! Signet non défini.
I.2.2 Structuration .............................................................. Erreur ! Signet non défini.
I.2.3 Base de données PubMed .......................................... Erreur ! Signet non défini.
I.2.4 Base de données ClinicalTrials.gov .......................... Erreur ! Signet non défini.
I.2.5 Le processus de découverte de données .................... Erreur ! Signet non défini.
I.3 Cellules souches et médecine régénérative ...................... Erreur ! Signet non défini.
I.3.1 Article 1: “An innovative, comprehensive mapping and multi-scale analysis of
registered trials for stem cell based regenerative medicine”.... Erreur ! Signet non défini.
I.3.2 Principaux éléments de discussion et perspectives ... Erreur ! Signet non défini.
I.4 Structuration de la recherche sur les CSMs ...................... Erreur ! Signet non défini.
I.4.1 Article 2: “Mesenchymal stem cell based therapy: a network analysis of the
clinical trials” ........................................................................... Erreur ! Signet non défini.
I.4.2 Introduction ............................................................... Erreur ! Signet non défini.
I.4.3 Matériels et méthodes ................................................ Erreur ! Signet non défini.
I.4.4 Résultats et discussion ............................................... Erreur ! Signet non défini.
I.4.1 Conclusion ................................................................. Erreur ! Signet non défini.
I.5 Protocole de MultiRevue de la littérature ......................... Erreur ! Signet non défini.
I.6 Création d’un programme ad hoc ..................................... Erreur ! Signet non défini.
I.7 Conclusion ........................................................................ Erreur ! Signet non défini.
I.8 Bibliographie .................................................................... Erreur ! Signet non défini.

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Partie II
Parodontite et régénération par l’utilisation des CSMs

II.1 La parodontite ................................................................... Erreur ! Signet non défini.
II.1.1 Définition et épidémiologie ....................................... Erreur ! Signet non défini.
II.1.2 Biofilms bactériens .................................................... Erreur ! Signet non défini.
II.1.3 Parodontite et écologie bactérienne ........................... Erreur ! Signet non défini.
II.1.4 Parodontites et immunité ........................................... Erreur ! Signet non défini.
II.1.5 Une cartographie des essais cliniques en médecine parodontale . Erreur ! Signet
non défini.
II.1.6 Parodontite et CSMs endogènes : hypothèses ........... Erreur ! Signet non défini.
II.1.7 Thérapeutique parodontale ........................................ Erreur ! Signet non défini.
II.1.8 La régénération du parodonte profond ...................... Erreur ! Signet non défini.
II.2 Régénération parodontale chez l’animal .......................... Erreur ! Signet non défini.
II.2.1 Article 4: “Mesenchymal stromal cells used for periodontal regeneration: a
systematic review”, Article 5: “Cell therapy of periodontium: from animal to human?”
Erreur ! Signet non défini.
II.2.2 Principaux éléments de discussion et perspectives ... Erreur ! Signet non défini.
II.2.3 Article 6: “Periodontal tissue regeneration using syngeneic adipose-derived
mesenchymal stromal cells in a mouse model” ....................... Erreur ! Signet non défini.
II.3 Effet antibactérien des CSMs ........................................... Erreur ! Signet non défini.
II.3.1 Article 7: « Broad spectrum antibacterial effects of human adipose-derived
stromal cells” ........................................................................... Erreur ! Signet non défini.
II.3.2 Introduction ............................................................... Erreur ! Signet non défini.
II.3.3 Matériel et méthodes ................................................. Erreur ! Signet non défini.
II.3.4 Résultats .................................................................... Erreur ! Signet non défini.
II.3.5 Discussion et perspectives ......................................... Erreur ! Signet non défini.
II.3.6 Conclusion ................................................................. Erreur ! Signet non défini.
II.4 Bibliographie .................................................................... Erreur ! Signet non défini.

Conclusion

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ix