Estudo da influência de elementos transponíveis nos genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri

151 Pages·2014·4.61 MB·Portuguese

UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO
INSTITUTO DE FÍSICA DE SÃO CARLOS
Gisele Strieder Philippsen
Estudo da influência de elementos transponíveis nos
genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri
São Carlos
2014

Gisele Strieder Philippsen
Estudo da influência de elementos transponíveis nos
genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri
Tese apresentada ao Programa de Pós-
Graduação em Física do Instituto de Física
de São Carlos da Universidade de São Paulo,
para obtenção do título de Doutor em Ciên-
cias.
Área de concentração: Física Aplicada
Opção: Física Computacional
Orientador: Prof. Dr. Ricardo De Marco
Versão corrigida
(Versão original disponível na Unidade que aloja o Programa)
teste
São Carlos
2014
AUTORIZO A REPRODUÇÃO E DIVULGAÇÃO TOTAL OU PARCIAL DESTE
TRABALHO, POR QUALQUER MEIO CONVENCIONAL OU ELETRÔNICO PARA
FINS DE ESTUDO E PESQUISA, DESDE QUE CITADA A FONTE.
Ficha catalográfica elaborada pelo Serviço de Biblioteca e Informação do IFSC,
com os dados fornecidos pelo(a) autor(a)
Philippsen, Gisele Strieder
Estudo da influência de elementos transponíveis
nos genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri /
Gisele Strieder Philippsen; orientador Ricardo De
Marco - versão corrigida -- São Carlos, 2014.
151 p.
Tese (Doutorado - Programa de Pós-Graduação em
Física Aplicada Computacional) -- Instituto de Física
de São Carlos, Universidade de São Paulo, 2014.
1. Elementos transponíveis. 2. C. reinhardtii. 3.
V. carteri. 4. Evolução de genes. I. De Marco,
Ricardo, orient. II. Título.
Aos meus pais, Carlito e Melita.

Agradecimentos
Ao professor Ricardo De Marco, pela oportunidade concedida e pela orientação sempre
presente no decorrer deste trabalho. Agradeço também pelos ensinamentos correlatos à
Biologia Molecular e à pesquisa científica.
Ao Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq - pelo
suporte financeiro deste trabalho.
À Ana Eliza Zeraik, Débora Orcia e Natália O. Alves, pela convivência enriquecedora
e pelas conversas sobre a área experimental da Biologia Molecular.
À professora Ana Paula Ulian de Araújo e à Juliana Sposto Avaca Crusca, pela
realização do experimento relacionado à validação do gene Cre06.g262800.
Aos funcionários do Instituto de Física de São Carlos, que de forma direta ou indireta,
contribuíram para a realização deste projeto.
Aos meus pais, Carlito e Melita, pelo apoio e incentivo ao estudo e, principalmente,
pelo amor que fortalece em todos os momentos da vida. Às manas, Adriana e Juliana,
pela alegria de tê-las como irmãs e por estarem sempre presentes, apesar da distância;
agradeço também pelas discussões acerca da Estatística. Ao meu sobrinho Gabriel, por
continuar trazendo tamanha alegria a este mundo.
Aos amigos Cláudia Weber, Fernanda Mônego, Elizandra Sehn, Francielle Sato, Kelly
C. da Silva, Maria J. N. Amaral, Manoel M. A. de Jesus, Ivan Laczkowski, Simone F.
Rodrigues, Andreza Beezão, Mayron Moreira, Jéssica Santos, Rafael Viegas, Ingrid Esteves,
Renata Batista, Carolina Menezes Silvério e Moussa Mansour, pela amizade que segue
com o tempo. Em especial, à Débora C. Corrêa e Daniele Jacinto, pelos momentos de
risos soltos, de fortalecimento e de discussões científicas no transcorrer deste estudo.
Ao Arthur, pela ternura do seu companheirismo em todos os momentos.
A Deus, por ter tornado tudo isso possível.

“Transposable elements should not be viewed as genomic parasites, but
rather as genomic symbionts that create a ‘genomic scrap yard’, the
source of ‘junk’ that natural selection utilizes in its evolutionary
experiments.”
Wojciech Makałowski (2000)