Table Of ContentDynamique évolutive de Ralstonia solanacearum en
réponse aux pressions de sélection de l’aubergine
résistante: approche populationnelle, de génétique
évolutive et fonctionnelle de la durabilité de la résistance
Jérémy Guinard
To cite this version:
Jérémy Guinard. Dynamique évolutive de Ralstonia solanacearum en réponse aux pressions de sélec-
tion de l’aubergine résistante: approche populationnelle, de génétique évolutive et fonctionnelle de
la durabilité de la résistance. Sciences agricoles. Université de la Réunion, 2015. Français. NNT:
2015LARE0032. tel-01379540
HAL Id: tel-01379540
https://theses.hal.science/tel-01379540
Submitted on 11 Oct 2016
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abroad, or from public or private research centers. publics ou privés.
UNIVERSITÉ DE LA RÉUNION
Ecole Doctorale des Sciences, Technologies et Santé E.D. n°542
UMR Peuplements Végétaux et Bio-agresseurs en Milieu Tropical
CIRAD – Université de la Réunion
THÈSE
Présentée par
Jérémy GUINARD
Pour obtenir le diplôme de Doctorat en Sciences
Spécialité : Génétique des populations, phytopathologie, bactériologie, épidémiologie moléculaire
Dynamique évolutive de Ralstonia solanacearum en
réponse aux pressions de sélection de l’aubergine
résistante : approche populationnelle, de génétique
évolutive et fonctionnelle de la durabilité de la
résistance
Soutenue le 14 Décembre 2015 devant le jury composé de
Mme Pascale BESSE Professeure, Université de la Réunion Présidente
Mme Claire NEEMA Professeure, Montpellier SupAgro Rapporteur
Mme Marie-Agnès JACQUES Directrice de recherche, INRA Rapporteur
M.Benoit MOURY Directeur de recherche, INRA Examinateur
Encadrée par :
M.Stéphane POUSSIER Professeur, Université de la Réunion Directeur de thèse
M.Emmanuel WICKER Chercheur, CIRAD Encadrant de la thèse
UNIVERSITÉ DE LA RÉUNION
Ecole Doctorale des Sciences, Technologies et Santé E.D. n°542
UMR Peuplements Végétaux et Bio-agresseurs en Milieu Tropical
CIRAD – Université de la Réunion
THÈSE
Présentée par
Jérémy GUINARD
Pour obtenir le diplôme de Doctorat en Sciences
Spécialité : Génétique des populations, phytopathologie, bactériologie, épidémiologie moléculaire
Dynamique évolutive de Ralstonia solanacearum en
réponse aux pressions de sélection de l’aubergine
résistante : approche populationnelle, de génétique
évolutive et fonctionnelle de la durabilité de la
résistance
Soutenue le 14 Décembre 2015 devant le jury composé de
Mme Pascale BESSE Professeure, Université de la Réunion Présidente
Mme Claire NEEMA Professeure, Montpellier SupAgro Rapporteur
Mme Marie-Agnès JACQUES Directrice de recherche, INRA Rapporteur
M. Benoit MOURY Directeur de recherche, INRA Examinateur
Encadrée par :
M. Stéphane POUSSIER Professeur, Université de la Réunion Directeur de thèse
M. Emmanuel WICKER Chercheur, CIRAD Encadrant de la thèse
POLE RECHERCHE
Ecoles Doctorales
LETTRE D’ENGAGEMENT DE NON-PLAGIAT
Je, soussigné(e) Jérémy GUINARD………………………………………………………, en
ma qualité de doctorant(e) de l’Université de La Réunion, déclare être conscient(e) que le
plagiat est un acte délictueux passible de sanctions disciplinaires. Aussi, dans le respect de la
propriété intellectuelle et du droit d’auteur, je m’engage à systématiquement citer mes
sources, quelle qu’en soit la forme (textes, images, audiovisuel, internet), dans le cadre de la
rédaction de ma thèse et de toute autre production scientifique, sachant que l’établissement est
susceptible de soumettre le texte de ma thèse à un logiciel anti-plagiat.
Fait à Saint Pierre, le 10/03/2016
Signature :
Extrait du Règlement intérieur de l'Université de La Réunion
(validé par le Conseil d’Administration en date du 11 décembre 2014)
Article 9. Protection de la propriété intellectuelle – Faux et usage de faux, contrefaçon, plagiat
L’utilisation des ressources informatiques de l’Université implique le respect de ses droits de propriété intellectuelle ainsi que
ceux de ses partenaires et plus généralement, de tous tiers titulaires de tes droits.
En conséquence, chaque utilisateur doit :
- utiliser les logiciels dans les conditions de licences souscrites ;
- ne pas reproduire, copier, diffuser, modifier ou utiliser des logiciels, bases de données, pages Web, textes, images,
photographies ou autres créations protégées par le droit d’auteur ou un droit privatif, sans avoir obtenu préalablement
l’autorisation des titulaires de ces droits.
La contrefaçon et le faux
Conformément aux dispositions du code de la propriété intellectuelle, toute représentation ou reproduction intégrale ou
partielle d’une œuvre de l’esprit faite ans le consentement de son auteur est illicite et constitue un délit pénal.
L’article 444-1 du code pénal dispose : « Constitue un faux toute altération frauduleuse de la vérité, de nature à cause un
préjudice et accomplie par quelque moyen que ce soit, dans un écrit ou tout autre support d’expression de la pensée qui a pour
objet ou qui peut avoir pour effet d’établir la preuve d’un droit ou d’un fait ayant des conséquences juridiques ».
L’article L335_3 du code de la propriété intellectuelle précise que : « Est également un délit de contrefaçon toute reproduction,
représentation ou diffusion, par quelque moyen que ce soit, d’une œuvre de l’esprit en violation des droits de l’auteur, tels
qu’ils sont définis et réglementés par la loi. Est également un délit de contrefaçon la violation de l’un des droits de l’auteur
d’un logiciel (…) ».
Le plagiat est constitué par la copie, totale ou partielle d’un travail réalisé par autrui, lorsque la source empruntée n’est pas
citée, quel que soit le moyen utilisé. Le plagiat constitue une violation du droit d’auteur (au sens des articles L 335-2 et L 335-
3 du code de la propriété intellectuelle). Il peut être assimilé à un délit de contrefaçon. C’est aussi une faute disciplinaire,
susceptible d’entraîner une sanction.
Les sources et les références utilisées dans le cadre des travaux (préparations, devoirs, mémoires, thèses, rapports de stage…)
doivent être clairement citées. Des citations intégrales peuvent figurer dans les documents rendus, si elles sont assorties de leur
référence (nom d’auteur, publication, date, éditeur…) et identifiées comme telles par des guillemets ou des italiques.
Les délits de contrefaçon, de plagiat et d’usage de faux peuvent donner lieu à une sanction disciplinaire indépendante de la
mise en œuvre de poursuites pénales.
REMERCIEMENTS
Voilà maintenant la partie la plus difficile de cette thèse, les remerciements… Par qui commencer
lorsque l’on n’a tant de personne à remercier ? Le dépôt de ce manuscrit et la soutenance associée est
l’aboutissement de 8 années d’études, d’un rêve d’étudiant qui se concrétise enfin. Faire une thèse était
pour moi un objectif à atteindre depuis le début de mes études supérieures, autant dire que cela
représente beaucoup pour moi. À l’écriture de ces mots, je suis traversé par une ambivalence de
sentiments : je tremble de joie mais aussi de peur de voir ce rêve enfin accompli. Alors ça y est, je
soutiens ma thèse ? Difficile de réaliser…
Ce travail a été financé par le Centre de Coopération International en Recherche Agronomique pour le
Développement (CIRAD), l’université de la Réunion, la Région Réunion, l’Union Européen (Projet
FEDER), Agreenium (Programme EIR-A) ainsi que par le Ministère de l’Agriculture (Projet
CASDAR). Cette thèse a été réalisée au Pôle de Protection des Plantes (3P), à la station Ligne Paradis
du CIRAD de Saint-Pierre, Ile de la Réunion.
J’exprime toute ma reconnaissance à Bernard Reynaud pour m’avoir accueilli au sein de son UMR et à
Jacques Dintinger pour m’avoir accueilli dans son équipe. Je tiens à remercier Stéphane Poussier et
Emmanuel Wicker, respectivement directeur de thèse et encadrant. Ils ont su faire preuve d’une grande
patience envers moi. Merci pour toutes les connaissances qu’ils ont pu m’apporter, pour m’avoir
permis de faire mes propres erreurs comme mes réussites, en étant relativement présents pour me
conseiller et me guider. Merci d’avoir tenu bon jusqu’à la fin de cette thèse malgré les innombrables
problèmes rencontrés durant cette thèse, que ce soit d’un point de vue humain comme d’un point de
vue scientifique. Malgré tout, je n’oublierai jamais le brame de 18h… Merci aussi à l’ensemble du
personnel administratif et scientifique du 3P qui a contribué de près ou de loin à cette thèse.
Je remercie Mmes Claire Neema et Marie-Agnès Jacques pour avoir accepté d’être les rapportrices de
mes travaux de thèse ainsi que M. Benoît Moury pour sa participation au jury de thèse et aux comités
de thèse. Je tiens également à remercier Virginie Ravigné, Pierre Lefeuvre et Alice Guidot pour avoir
participé à mes comités de thèse, pour leurs critiques toujours constructives et leurs encouragements.
Merci aussi à Fred, Sandrine et Agathe sans qui les statistiques seraient restées un monde obscure. Je
remercie aussi Phillipe, Olivier, Virginie, Christian, Pierre, Rodolphe et Gilles pour les discussions
enrichissantes en génétique moléculaire et en génétique des populations.
Merci à mes collaborateurs de Toulouse : Stéphane Génin, Némo Peeters et Keke Wang. Travailler
avec vous était très formateur et vraiement très intéressant. Bien sûr, par extension je remerci toute la
SG-Team avec qui j’ai passé de très bons moments! I want to thank Boris Vinatzer who welcomed me
in his lab, I really appreciated working with you boss. Thanks Marco for performing experiment.
Thanks also to Chris Clarke and Caroline Monteil for countless explaination in science. I also wanted
to thank Kevin and Hannah for their daily good mood. Thanks for the self-defence training and, I
know, I am a mess. I had great time with all of you guys.
Je pense très souvent aux gens qui n’ont jamais cru en moi et qui m’ont toujours sermonné avec des
phrases du type « tu n’y arriveras jamais ». Ces bâtons dans les roues ont aussi été très formateurs et
m’ont donné suffisamment de hargne et de pugnacité pour leur montrer qu’ils avaient tort, que je
valais finalement quelque chose. Je n’ai pas la prétention de dire que je suis devenu un bon
scientifique ou que je mérite des éloges dithyrambiques, loin de moi cette idée, well…here I am folks !
J’ai tant de gens à remercier de m’avoir suivi, épaulé, aidé, soutenu, remonté le moral, boosté, motivé,
qui m’ont fait partager tant d’instants qui ont de près ou de loin contribué au bon déroulement de cette
thèse et (surtout) de ses à-côtés…
I want to thank John Andralojc, my supervisor during my three months-placement in Rothamsted
Research Center. Even if I spent hours in the greenhouses measuring photosynthesis rate on willow
leaves or hours in blooming wheat fields measuring chlorophyll contents, I really appreciated my time
there. I learnt a lot with you and you gave me the « taste » of science and research. I will always be
grateful for this. Thanks also to my aunties (Jo & Marina) who dragged me into science.
Merci à l’équipe de choc, la « Ralsto Team Peï » : Jacques le Yéti, Manu le cerf (tu descends ?), Sisi la
princesse du Sud, Sylvain le nounours des hauts, Jean-Mi le coach, Edith et Marie les tantines des îles,
Cyrill le bout-en-train du matin. Merci à l’excellence de l’équipe technique. Merci Sylvain pour
m’avoir forcé à sourire en fin de thèse, ça aide mine de rien ! Merci coach pour l’entrainement et
l’encadrement des matches de foot ! Merci aussi à Didier, Martial et Jim pour les coups de main
salvateurs lors des manips de fin de cycle. Merci aussi à AG91-25 et à MM738...désolé de vous avoir
tant torturé !
Merci aussi aux stagiaires Anne, Anaïs et Lakshmi qui ont contribué de manière hautement
significative*** (bon ok je sors) à cette thèse. Elles ont fourni un travail de qualité qui m’a été
indispensable au cours de cette thèse. J’espère que leur passage au CIRAD leur aura apporté au moins
autant qu’elles m’ont apportées.
Je tiens à dire un grand merci à Steph’, Mumu, Jean-Jacques, Karine, Lulu, Boubou, Laet, Claudine et
aux deux Véro pour leur aide précieuse, leurs astuces et leurs savoirs-faire qui m’ont fait gagner un
temps précieux ! Merci aussi de m’avoir formé aux ficelles de la µbio et de la bio mol’. Merci Océane
d’avoir participé à mon esclavagisme.
Un grand merci à Caro. Son énergie, sa joie de vivre et sa passion pour la recherche sont
communicatifs. Merci pour tes conseils en science, tes relectures de ce manuscrit et pour tes critiques
constructives et mélioratives. Merci aussi de m’avoir fait découvrir le « Triadventure group », de
m’avoir donné gout au Triathlon et de m’avoir inculqué la philosophie du « let it go » ! Nartrouv’ ça
vite.
Je tiens à saluer et à remercier mes collègues thésard(e)s (et ex-thésard(e)s), compagnons de galère,
avec qui il suffit d’un regard pour savoir ce que l’autre traverse et d’un sourire compatissant pour
donner un peu de baume au cœur. Sans ordre, merci à Alice, Oriane et Maud (Miaou ?), Mané, N-O,
Max et Sisi, Morguen, Noura, Sasa, Alex-Virus, Minichef, Clara, Brice Toko, Sophie, Issa, Alassane,
Carine, Julien, Bastien , Mathilde, Mathieu Gouine et Aline... Bon courage à ceux qui n’ont pas encore
soutenu, on y survit (enfin je crois…) ! Une petite pensée ici pour les thésards (et amis) d’ailleurs qui
sont (ou vont) passés par là : Bobo, Popo, Agathe, Keke, Fabien (le 12 c’est hardcore !), Pauline,
Coupcoup, Lyly, Aurélie, Younes et Andrew.
Merci au trio des Vieilles meufs et à Mané pour les pauses café-toblerone-remontage de moral, les
sessions natations, les discussions (et explications) en genet’ des pop, les dépannages de Script R…
j’en passe, la liste est longue ! Max, je n’oublierai pas tous les noms d’oiseaux divers et variés qui
m’ont fait beaucoup rire (headless chicken, pause-caca, the hobo…), mais je ne me les ferai pas
tatouer pour autant. N-o, notre ambianceur national, merci pour les crises de fou rire que tu m’as
donné, par moments elles étaient salvatrices !
Merci à tous mes amis d’ici et d’ailleurs qui m’ont suivi et supporté tout au long de cette thèse. Sans
ordre : Les loulous du Nord (Alex & Pauline, Agathe & Romy, Bobo), les kinés de la villa palette,
Yvane (+ les bouseux du PB), Nico-koko, Declain bas, Pedro & Sandrine, Ju & Alex, Clément, Mel,
Godet, BadBoy & Justine, Manu & Amandine, Samuel, Marbie & Floppy, Iltaf, Mathoch’, Wawa,
Sharham, Eli, Liz, Nabil, Gilloux, Laura Chef Cougar, Yan & Meeeeeeeeeel, Emilie, Colique &
Emerine, Quentin Baies-roses… Un grand merci à David et sa petite maman Cathy d’être venus (un
peu sans le savoir) à la fin de cette thèse et qui m’ont fait m’aérer pendant mes gros coups de stress.
Désolé de ne pas avoir pu trop me libéré. Merci aussi aux VSC et stagiaires du CIRAD, trop nombreux
pour être cités ici mais je pense bien à vous aussi !
Charlotte, que dire ? J’admire ton courage de m’avoir supporté en cette fin de thèse. Ta présence à mes
côtés a été plus que bienfaitrice. Tu as su m’apaiser avec tes mots et ta tendresse mais tu m’as aussi
motivé à travailler le soir et les weekends, et m’a encouragé à ne rien lâcher malgré une cadence de
travail infernale. Merci pour les relectures de ce manuscrit, Ralsto n’a plus de secrets pour toi
désormais. Merci de m’avoir supporté pendant ces 2 derniers mois de stress, d’indisponibilité et
d’ascenseur émotionnel et d’avoir pris soin de moi en ces moments d’égarement.
Et, bien évidemment, comment ne pas remercier mes colocataires Pierre (Boubou), Isa (l’ignoble) et
Oriane (l’horrible) ? Ces trois personnes ont grandement contribué à cette thèse en me faisant répéter
mes oraux, en me sortant de ma torpeur et en m’aidant à décompresser par des repas presque parfaits,
des câlins colocs, et j’en passe. Parfois, rien que leur présence ou de les savoir pas loin me réconfortait
et m’aidait à tenir le coup. Alors pour tout cela, je vous dis mille mercis (bisoubisounours !). Une fois
cette thèse terminée, nous trinquerons aussi à la meilleure coloc’ du monde !! Et puis Merci Jacquie et
Michel ! Merci pour tout, merci d’avoir été là, merci d’être vous ! Merci aussi aux super coloc’s de
passage : Bricou, Alix, Momo et Nico.
Je remercie également ma famille (tous ne sont pas cités, mais cela ne m’empêche pas de penser à
vous). Merci de votre patience, de vos encouragements et de votre soutien à distance. Merci d’avoir
toujours cru en moi depuis le premier jour. Maman & Franck, Pierre & Auré (mes frères !), Alice,
Papa & Manou, Sophie & Pierre, Papy, Papillon, Jo & Mimi… Serai-je sur la 3e marche du podium ?
Une pensée toute émue à mes deux grands-mères, Nany et Coucoule, parties quelques mois avant la
fin de cette thèse. J’aurai aimé voir la fierté dans vos yeux, votre 1er petit fils vous annonçant qu’il a
(enfin) terminé sa thèse.
Je dédie cette thèse à ma mère, Nathalie, sans qui rien de tout cela n’aurait pu être possible…
Description:de sélection de l'aubergine résistante : approche populationnelle, . Even if I spent hours in the greenhouses measuring photosynthesis rate on
