DNA antico

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DNA antico
Il DNA antico (aDNA)
«Con Il termine DNA antico (ancient DNA = aDNA) si indica
qualsiasi traccia di DNA proveniente da un organismo morto
o da parte di esso, o anche DNA estratto da campioni
biologici non recenti come il DNA contenuto in una goccia di
sangue coagulata, nello sperma, o nelle poche cellule
epiteliali che si possono ritrovare nel mozzicone di una
sigaretta. Quindi se vogliamo essere più precisi si può
considerare antico qualsiasi DNA che è stato sottoposto a
processi autolitici o diagenetici.»
FATTORI CHE DETERMINANO LA
DEGRADAZIONE DEL DNA
 ATTIVITÀ ENZIMATICA CELLULARE
 ATTIVITÀ MICROBICA
 pH
 AZIONE DELL’OSSIGENO
 TEMPERATURA
 RADIAZIONI U.V.
 UMIDITÀ
 STRESS MECCANICO
Caratteristiche del DNA antico
Post morten damages:
- comparsa di siti abasici (depurinazione)
- modificazione di residui glicosidici e di pirimidine
- comparsa di cross-link intermolecolari
filamento indebolito DNA altamente degradato

La deaminazione delle citosina rappresenta il danno più
frequente durante la degradazione del DNA.
Essa determina una misincorporazione durante la replicazione del
DNA che è una sorta di ‘signature’ del DNA antico: C  T
CITOSINA
URACILE
Caratteristiche del DNA antico
• poche molecole
• grande frammentazione
• presenza di siti nucleotidici non identificabili
• presenza di composti chimici ‘inquinanti’
• procedure di determinazione delle sequenze
molto laboriose
• grande attenzione all’autenticità del risultato
La contaminazione
Uno dei principali problemi per lo studio del DNA
antico/degradato è la contaminazione da parte di DNA esogeno
di origine moderna.
Il DNA esogeno può essere di origine batterica (principale),
vegetale, animale o umana, o può anche essere il prodotto di
precedenti esperimenti (DNA amplificato).
Nello studio del DNA antico umano la contaminazione da parte
di DNA umano moderno è una delle principali limitazioni.
La contaminazione

deposizione deposito scavo/museo laboratorio

   
TEMPO
aDNA/ modDNA modDNA
aDNA
modDNA
personale, personale
sepolture microorganismi,
archeologi, del
multiple, piante, animali
antropologi laboratorio
riti funerari,
patogeni
PCR
CAUSE