Development of Real-Time PCR Based Methods for Detection of Viruses and Virus Antibodies

62 Pages·2006·3.88 MB·English

Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations
from the Faculty of Medicine 202
Development of Real-Time PCR
Based Methods for Detection of
Viruses and Virus Antibodies
AMAL ELFAITOURI
ACTA
UNIVERSITATIS
UPSALIENSIS ISSN1651-6206
UPPSALA ISBN91-554-6725-3
2006 urn:nbn:se:uu:diva-7320
(cid:4)(cid:5)(cid:6)(cid:6)(cid:7)(cid:8)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:13)(cid:8)(cid:7)(cid:6)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:10)(cid:9)(cid:15)(cid:13)(cid:13)(cid:6)(cid:10)(cid:16)(cid:10)(cid:15)(cid:12)(cid:5)(cid:17)(cid:7)(cid:8)(cid:6)(cid:5)(cid:9)(cid:18)(cid:9)(cid:11)(cid:19)(cid:7)(cid:13)(cid:20)(cid:19)(cid:16)(cid:5)(cid:21)(cid:16)(cid:18)(cid:7)(cid:22)(cid:10)(cid:23)(cid:5)(cid:12)(cid:7)(cid:14)(cid:5)(cid:12)(cid:24)(cid:25)(cid:8)(cid:6)(cid:10)(cid:16)(cid:7)(cid:12)(cid:26)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:26)(cid:4)(cid:28)(cid:26)
(cid:4)(cid:10)(cid:27)(cid:24)(cid:10)(cid:23)(cid:23)(cid:10)(cid:8)(cid:6)(cid:29)(cid:30)(cid:25)(cid:16)(cid:14)(cid:6)(cid:31)(cid:32)(cid:27)(cid:28)(cid:33)(cid:26)(cid:34)(cid:29)(cid:10)(cid:14)(cid:7)(cid:23)(cid:5)(cid:6)(cid:29)(cid:10)(cid:35)(cid:30)(cid:20)(cid:29)(cid:36)(cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:9)(cid:33)(cid:37)(cid:28)(cid:38)(cid:37)(cid:26)(cid:15)(cid:39)(cid:39)(cid:35)(cid:34)(cid:40)(cid:34)(cid:26)(cid:41)(cid:20)(cid:7)(cid:6)(cid:14)(cid:10)(cid:18)(cid:26)(cid:4)(cid:7)(cid:21)(cid:7)(cid:23)(cid:19)(cid:7)(cid:8)
(cid:28)(cid:42)(cid:26)(cid:42)(cid:43)(cid:43)(cid:44)(cid:10)(cid:9)(cid:28)(cid:45)(cid:46)(cid:28)(cid:37)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:9)(cid:36)(cid:7)(cid:14)(cid:7)(cid:27)(cid:8)(cid:7)(cid:7)(cid:11)(cid:47)(cid:4)(cid:11)(cid:21)(cid:9)(cid:11)(cid:8)(cid:11)(cid:47)(cid:39)(cid:36)(cid:5)(cid:16)(cid:11)(cid:6)(cid:11)(cid:13)(cid:36)(cid:18)(cid:48)(cid:49)(cid:10)(cid:21)(cid:20)(cid:16)(cid:9)(cid:18)(cid:11)(cid:47)(cid:50)(cid:7)(cid:14)(cid:5)(cid:21)(cid:5)(cid:12)(cid:7)(cid:51)(cid:52)(cid:41)(cid:36)(cid:7)
(cid:7)(cid:22)(cid:10)(cid:23)(cid:5)(cid:12)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:53)(cid:5)(cid:16)(cid:16)(cid:19)(cid:7)(cid:21)(cid:11)(cid:12)(cid:14)(cid:20)(cid:21)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:5)(cid:12)(cid:54)(cid:12)(cid:27)(cid:16)(cid:5)(cid:6)(cid:36)(cid:52)
(cid:4)(cid:5)(cid:6)(cid:7)(cid:8)(cid:9)(cid:10)(cid:7)
(cid:54)(cid:16)(cid:47)(cid:10)(cid:5)(cid:9)(cid:11)(cid:20)(cid:8)(cid:5)(cid:26)(cid:34)(cid:52)(cid:42)(cid:43)(cid:43)(cid:44)(cid:52)(cid:4)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:23)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:11)(cid:47)(cid:55)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:41)(cid:5)(cid:23)(cid:7)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:58)(cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:14)(cid:50)(cid:7)(cid:9)(cid:36)(cid:11)(cid:14)(cid:6)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:4)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:11)(cid:47)(cid:31)(cid:5)(cid:8)(cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:6)
(cid:10)(cid:12)(cid:14)(cid:31)(cid:5)(cid:8)(cid:20)(cid:6)(cid:34)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:19)(cid:11)(cid:14)(cid:5)(cid:7)(cid:6)(cid:52)(cid:34)(cid:21)(cid:9)(cid:10)(cid:15)(cid:12)(cid:5)(cid:17)(cid:7)(cid:8)(cid:6)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:6)(cid:15)(cid:13)(cid:6)(cid:10)(cid:16)(cid:5)(cid:7)(cid:12)(cid:6)(cid:5)(cid:6)(cid:52)(cid:4)(cid:5)(cid:6)(cid:5)(cid:7)(cid:8)(cid:9)(cid:10)(cid:11)(cid:12)(cid:13)(cid:14)(cid:15)(cid:16)(cid:15)(cid:17)(cid:18)(cid:5)(cid:19)(cid:15)(cid:20)(cid:21)(cid:12)(cid:12)(cid:8)(cid:14)(cid:5)(cid:15)(cid:18)(cid:11)(cid:22)
(cid:23)(cid:13)(cid:13)(cid:18)(cid:8)(cid:9)(cid:8)(cid:4)(cid:5)(cid:18)(cid:18)(cid:15)(cid:14)(cid:7)(cid:8)(cid:7)(cid:5)(cid:11)(cid:17)(cid:18)(cid:22)(cid:14)(cid:11)(cid:12)(cid:7)(cid:16)(cid:15)(cid:24)(cid:8)(cid:25)(cid:21)(cid:9)(cid:7)(cid:26)(cid:11)(cid:22)(cid:27)(cid:15)(cid:28)(cid:5)(cid:25)(cid:5)(cid:17)(cid:15)(cid:42)(cid:43)(cid:42)(cid:52)(cid:44)(cid:43)(cid:13)(cid:13)(cid:52)(cid:15)(cid:13)(cid:13)(cid:6)(cid:10)(cid:16)(cid:10)(cid:52)
(cid:59)(cid:35)(cid:58)(cid:60)(cid:61)(cid:28)(cid:56)(cid:37)(cid:37)(cid:62)(cid:56)(cid:44)(cid:33)(cid:42)(cid:37)(cid:56)(cid:45)(cid:52)
(cid:63)(cid:20)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7) (cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:9)(cid:5)(cid:23)(cid:7) (cid:39)(cid:57)(cid:55) (cid:48)(cid:63)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:51) (cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:36)(cid:12)(cid:11)(cid:16)(cid:11)(cid:27)(cid:18) (cid:36)(cid:10)(cid:6) (cid:19)(cid:7)(cid:7)(cid:12) (cid:17)(cid:7)(cid:8)(cid:18) (cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:47)(cid:20)(cid:16) (cid:47)(cid:11)(cid:8) (cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:5)(cid:6) (cid:11)(cid:47) (cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16)
(cid:14)(cid:5)(cid:6)(cid:7)(cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:6)(cid:52) (cid:63)(cid:39)(cid:57)(cid:55) (cid:36)(cid:10)(cid:6) (cid:8)(cid:7)(cid:21)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:16)(cid:18) (cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:21)(cid:36)(cid:7)(cid:14) (cid:10) (cid:16)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16) (cid:11)(cid:47) (cid:6)(cid:7)(cid:12)(cid:6)(cid:5)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:5)(cid:9)(cid:18)(cid:26) (cid:6)(cid:5)(cid:23)(cid:13)(cid:16)(cid:5)(cid:21)(cid:5)(cid:9)(cid:18)(cid:26) (cid:10)(cid:12)(cid:14) (cid:8)(cid:7)(cid:13)(cid:8)(cid:11)(cid:14)(cid:20)(cid:21)(cid:5)(cid:19)(cid:5)(cid:16)(cid:5)(cid:9)(cid:18)
(cid:53)(cid:36)(cid:5)(cid:21)(cid:36)(cid:10)(cid:16)(cid:16)(cid:11)(cid:53)(cid:6)(cid:10)(cid:16)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:20)(cid:23)(cid:19)(cid:7)(cid:8)(cid:11)(cid:47)(cid:6)(cid:10)(cid:23)(cid:13)(cid:16)(cid:7)(cid:6)(cid:9)(cid:11)(cid:19)(cid:7)(cid:6)(cid:21)(cid:8)(cid:7)(cid:7)(cid:12)(cid:7)(cid:14)(cid:8)(cid:10)(cid:13)(cid:5)(cid:14)(cid:16)(cid:18)(cid:26)(cid:23)(cid:10)(cid:29)(cid:7)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:6)(cid:20)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:19)(cid:16)(cid:7)(cid:9)(cid:11)(cid:11)(cid:16)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:9)(cid:36)(cid:7)
(cid:21)(cid:16)(cid:5)(cid:12)(cid:5)(cid:21)(cid:10)(cid:16)(cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:11)(cid:16)(cid:11)(cid:27)(cid:18)(cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:9)(cid:5)(cid:21)(cid:6)(cid:52)
(cid:59)(cid:12) (cid:9)(cid:36)(cid:5)(cid:6) (cid:9)(cid:36)(cid:7)(cid:6)(cid:5)(cid:6)(cid:26) (cid:19)(cid:8)(cid:11)(cid:10)(cid:14)(cid:16)(cid:18) (cid:9)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:14) (cid:10)(cid:12)(cid:14) (cid:14)(cid:7)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:7)(cid:14) (cid:64)(cid:20)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7) (cid:63)(cid:39)(cid:57)(cid:55) (cid:10)(cid:6)(cid:6)(cid:10)(cid:18)(cid:6) (cid:53)(cid:7)(cid:8)(cid:7) (cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:34)
(cid:6)(cid:11)(cid:23)(cid:7)(cid:53)(cid:36)(cid:10)(cid:9) (cid:12)(cid:11)(cid:17)(cid:7)(cid:16) (cid:6)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:16)(cid:7)(cid:56)(cid:9)(cid:20)(cid:19)(cid:7) (cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:9)(cid:5)(cid:23)(cid:7) (cid:8)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:8)(cid:6)(cid:7) (cid:9)(cid:8)(cid:10)(cid:12)(cid:6)(cid:21)(cid:8)(cid:5)(cid:13)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:56)(cid:13)(cid:11)(cid:16)(cid:18)(cid:23)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:6)(cid:7) (cid:21)(cid:36)(cid:10)(cid:5)(cid:12) (cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)
(cid:48)(cid:63)(cid:55)(cid:41)(cid:56)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:51)(cid:26) (cid:53)(cid:5)(cid:9)(cid:36) (cid:9)(cid:10)(cid:29)(cid:7)(cid:6) (cid:10)(cid:14)(cid:17)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:10)(cid:27)(cid:7) (cid:11)(cid:47) (cid:10)(cid:19)(cid:5)(cid:16)(cid:5)(cid:9)(cid:18) (cid:11)(cid:47) (cid:8)(cid:29)(cid:7)(cid:16) (cid:4)(cid:60)(cid:34) (cid:13)(cid:11)(cid:16)(cid:18)(cid:23)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:6)(cid:7) (cid:9)(cid:11) (cid:8)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:8)(cid:6)(cid:7) (cid:9)(cid:8)(cid:10)(cid:12)(cid:6)(cid:21)(cid:8)(cid:5)(cid:19)(cid:7)
(cid:55)(cid:60)(cid:34) (cid:5)(cid:12) (cid:9)(cid:36)(cid:7) (cid:13)(cid:8)(cid:7)(cid:6)(cid:7)(cid:12)(cid:21)(cid:7) (cid:11)(cid:47) (cid:50)(cid:12)(cid:42)(cid:65) (cid:10)(cid:9) (cid:7)(cid:16)(cid:7)(cid:17)(cid:10)(cid:9)(cid:7)(cid:14) (cid:9)(cid:7)(cid:23)(cid:13)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:20)(cid:8)(cid:7)(cid:6) (cid:10)(cid:12)(cid:14) (cid:5)(cid:12)(cid:21)(cid:16)(cid:20)(cid:14)(cid:7)(cid:6) (cid:13)(cid:8)(cid:11)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:10)(cid:27)(cid:10)(cid:5)(cid:12)(cid:6)(cid:9)
(cid:10)(cid:23)(cid:13)(cid:16)(cid:5)(cid:23)(cid:7)(cid:8) (cid:21)(cid:11)(cid:12)(cid:9)(cid:10)(cid:23)(cid:5)(cid:12)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:19)(cid:18) (cid:20)(cid:6)(cid:5)(cid:12)(cid:27) (cid:9)(cid:36)(cid:7)(cid:8)(cid:23)(cid:11)(cid:16)(cid:10)(cid:19)(cid:5)(cid:16)(cid:7) (cid:15)(cid:60)(cid:66)(cid:26) (cid:53)(cid:10)(cid:6) (cid:14)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:34) (cid:12)(cid:7)(cid:53) (cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:36)(cid:12)(cid:5)(cid:64)(cid:20)(cid:7) (cid:47)(cid:11)(cid:8)
(cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:9)(cid:5)(cid:21) (cid:11)(cid:47) (cid:8)(cid:7)(cid:21)(cid:7)(cid:12)(cid:9) (cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16) (cid:5)(cid:12)(cid:47)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:19)(cid:18) (cid:14)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:11)(cid:47) (cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16) (cid:5)(cid:23)(cid:23)(cid:20)(cid:12)(cid:11)(cid:27)(cid:16)(cid:11)(cid:19)(cid:20)(cid:16)(cid:5)(cid:12) (cid:50) (cid:48)(cid:59)(cid:27)(cid:50)(cid:51) (cid:53)(cid:10)(cid:6) (cid:10)(cid:16)(cid:6)(cid:11)
(cid:14)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:7)(cid:14)(cid:52)
(cid:30)(cid:17) (cid:7)(cid:16)(cid:15) (cid:22)(cid:5)(cid:14)(cid:18)(cid:7) (cid:13)(cid:8)(cid:13)(cid:15)(cid:14)(cid:31) (cid:10) (cid:6)(cid:7)(cid:12)(cid:6)(cid:5)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7) (cid:6)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:16)(cid:7)(cid:56)(cid:9)(cid:20)(cid:19)(cid:7) (cid:63)(cid:55)(cid:41)(cid:56)(cid:39)(cid:57)(cid:55) (cid:47)(cid:11)(cid:8) (cid:14)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:11)(cid:47) (cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:7)(cid:8)(cid:11)(cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16) (cid:55)(cid:60)(cid:34) (cid:5)(cid:12)
(cid:13)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:6) (cid:53)(cid:5)(cid:9)(cid:36) (cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:13)(cid:9)(cid:5)(cid:21) (cid:23)(cid:7)(cid:12)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:5)(cid:9)(cid:5)(cid:6) (cid:53)(cid:10)(cid:6) (cid:13)(cid:8)(cid:7)(cid:6)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:30)(cid:17) (cid:7)(cid:16)(cid:15) (cid:18)(cid:15)(cid:25)(cid:11)(cid:17)(cid:28) (cid:13)(cid:8)(cid:13)(cid:15)(cid:14)(cid:31) (cid:10) (cid:6)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:16)(cid:7)(cid:56)(cid:6)(cid:7)(cid:8)(cid:20)(cid:23)(cid:56)(cid:14)(cid:5)(cid:16)(cid:20)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)
(cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:9)(cid:5)(cid:23)(cid:7)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:56)(cid:19)(cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:14)(cid:39)(cid:59)(cid:34)(cid:48)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:56)(cid:7)(cid:12)(cid:36)(cid:10)(cid:12)(cid:21)(cid:7)(cid:14)(cid:5)(cid:23)(cid:23)(cid:20)(cid:12)(cid:11)(cid:10)(cid:6)(cid:6)(cid:10)(cid:18)(cid:51)(cid:26)(cid:21)(cid:10)(cid:16)(cid:16)(cid:7)(cid:14)(cid:64)(cid:20)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7)(cid:39)(cid:59)(cid:34)(cid:48)(cid:63)(cid:39)(cid:59)(cid:34)(cid:51)(cid:26)(cid:9)(cid:11)
(cid:14)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:7)(cid:8)(cid:11)(cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:20)(cid:6)(cid:59)(cid:27)(cid:50)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:5)(cid:6)(cid:11)(cid:47)(cid:54)(cid:31)(cid:5)(cid:12)(cid:47)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:5)(cid:12)(cid:13)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:6)(cid:53)(cid:5)(cid:9)(cid:36)(cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:13)(cid:9)(cid:5)(cid:21)(cid:23)(cid:7)(cid:12)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:5)(cid:9)(cid:5)(cid:6)(cid:26)(cid:53)(cid:10)(cid:6)
(cid:10)(cid:16)(cid:6)(cid:11) (cid:14)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:30)(cid:17) (cid:7)(cid:16)(cid:15) (cid:7)(cid:16)(cid:5)(cid:14)(cid:28) (cid:13)(cid:8)(cid:13)(cid:15)(cid:14)(cid:31) (cid:10) (cid:19)(cid:8)(cid:11)(cid:10)(cid:14)(cid:16)(cid:18) (cid:9)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:26) (cid:6)(cid:5)(cid:23)(cid:13)(cid:16)(cid:7)(cid:26) (cid:6)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:16)(cid:7) (cid:9)(cid:20)(cid:19)(cid:7) (cid:14)(cid:7)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:7)(cid:14)
(cid:64)(cid:20)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:9)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7)(cid:63)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:36)(cid:12)(cid:5)(cid:64)(cid:20)(cid:7)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:14)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:11)(cid:47)(cid:67)(cid:57)(cid:31)(cid:26)(cid:58)(cid:68)(cid:31)(cid:10)(cid:12)(cid:14)(cid:35)(cid:31)(cid:62)(cid:43)(cid:4)(cid:60)(cid:34)(cid:53)(cid:10)(cid:6)(cid:14)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:7)(cid:14)(cid:52)(cid:34)
(cid:21)(cid:11)(cid:12)(cid:6)(cid:7)(cid:8)(cid:17)(cid:7)(cid:14) (cid:8)(cid:7)(cid:27)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:11)(cid:47) (cid:9)(cid:36)(cid:7) (cid:31)(cid:39)(cid:42) (cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:7) (cid:11)(cid:47) (cid:67)(cid:57)(cid:31)(cid:26) (cid:58)(cid:68)(cid:31) (cid:10)(cid:12)(cid:14) (cid:35)(cid:31)(cid:62)(cid:43) (cid:53)(cid:10)(cid:6) (cid:9)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:34) (cid:47)(cid:10)(cid:16)(cid:6)(cid:7) (cid:13)(cid:11)(cid:6)(cid:5)(cid:9)(cid:5)(cid:17)(cid:7)
(cid:8)(cid:7)(cid:6)(cid:20)(cid:16)(cid:9) (cid:14)(cid:20)(cid:7) (cid:9)(cid:11) (cid:21)(cid:11)(cid:12)(cid:9)(cid:10)(cid:23)(cid:5)(cid:12)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:53)(cid:5)(cid:9)(cid:36) (cid:21)(cid:11)(cid:23)(cid:23)(cid:11)(cid:12)(cid:16)(cid:18) (cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:14) (cid:35)(cid:31)(cid:62)(cid:43) (cid:41)(cid:56)(cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:27)(cid:7)(cid:12) (cid:13)(cid:16)(cid:10)(cid:6)(cid:23)(cid:5)(cid:14)(cid:6) (cid:53)(cid:10)(cid:6) (cid:9)(cid:36)(cid:7)(cid:8)(cid:7)(cid:47)(cid:11)(cid:8)(cid:7)
(cid:10)(cid:17)(cid:11)(cid:5)(cid:14)(cid:7)(cid:14)(cid:52) (cid:30)(cid:17) (cid:12)(cid:8)(cid:17)(cid:21)(cid:18)(cid:25)(cid:14)(cid:5)(cid:13)(cid:7) (cid:22)(cid:11)(cid:21)(cid:14)(cid:31) (cid:9)(cid:36)(cid:7) (cid:63)(cid:39)(cid:59)(cid:34) (cid:10)(cid:6)(cid:6)(cid:10)(cid:18) (cid:13)(cid:8)(cid:11)(cid:17)(cid:5)(cid:14)(cid:7) (cid:10) (cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:10)(cid:16) (cid:6)(cid:9)(cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:7)(cid:27)(cid:18) (cid:47)(cid:11)(cid:8) (cid:14)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12) (cid:11)(cid:47) (cid:54)(cid:31)
(cid:59)(cid:27)(cid:50)(cid:26) (cid:10)(cid:16)(cid:16)(cid:11)(cid:53)(cid:6) (cid:9)(cid:36)(cid:7) (cid:20)(cid:6)(cid:7) (cid:11)(cid:47) (cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16) (cid:10)(cid:12)(cid:9)(cid:5)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:6) (cid:5)(cid:6)(cid:11)(cid:16)(cid:10)(cid:9)(cid:7) (cid:47)(cid:8)(cid:11)(cid:23) (cid:12)(cid:7)(cid:53)(cid:16)(cid:18) (cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:7)(cid:14) (cid:41)(cid:18)(cid:13)(cid:7) (cid:28) (cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:19)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:6) (cid:13)(cid:10)(cid:9)(cid:5)(cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:6)
(cid:48)(cid:41)(cid:28)(cid:4)(cid:56)(cid:54)(cid:31)(cid:56)(cid:63)(cid:39)(cid:59)(cid:34)(cid:51) (cid:9)(cid:11) (cid:23)(cid:7)(cid:10)(cid:6)(cid:20)(cid:8)(cid:7)(cid:14) (cid:59)(cid:27)(cid:50) (cid:10)(cid:27)(cid:10)(cid:5)(cid:12)(cid:6)(cid:9) (cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:19)(cid:7)(cid:9)(cid:11)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:5)(cid:21) (cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:20)(cid:6)(cid:7)(cid:6) (cid:5)(cid:12) (cid:6)(cid:7)(cid:8)(cid:20)(cid:23) (cid:47)(cid:8)(cid:11)(cid:23) (cid:12)(cid:7)(cid:53)(cid:16)(cid:18)
(cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:7)(cid:14)(cid:41)(cid:28)(cid:4)(cid:21)(cid:36)(cid:5)(cid:16)(cid:14)(cid:8)(cid:7)(cid:12)(cid:26)(cid:6)(cid:5)(cid:19)(cid:16)(cid:5)(cid:12)(cid:27)(cid:6)(cid:26)(cid:10)(cid:12)(cid:14)(cid:36)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:9)(cid:36)(cid:18)(cid:21)(cid:36)(cid:5)(cid:16)(cid:14)(cid:8)(cid:7)(cid:12)(cid:52)
(cid:41)(cid:11) (cid:21)(cid:11)(cid:12)(cid:21)(cid:16)(cid:20)(cid:14)(cid:7)(cid:26) (cid:12)(cid:11)(cid:17)(cid:7)(cid:16) (cid:19)(cid:8)(cid:11)(cid:10)(cid:14)(cid:16)(cid:18) (cid:9)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:14) (cid:8)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:9)(cid:5)(cid:23)(cid:7) (cid:39)(cid:57)(cid:55) (cid:23)(cid:7)(cid:9)(cid:36)(cid:11)(cid:14)(cid:6) (cid:47)(cid:11)(cid:8) (cid:14)(cid:5)(cid:10)(cid:27)(cid:12)(cid:11)(cid:6)(cid:5)(cid:6) (cid:11)(cid:47) (cid:7)(cid:12)(cid:9)(cid:7)(cid:8)(cid:11)(cid:56) (cid:10)(cid:12)(cid:14)
(cid:13)(cid:11)(cid:16)(cid:18)(cid:11)(cid:23)(cid:10)(cid:17)(cid:5)(cid:8)(cid:10)(cid:16)(cid:5)(cid:12)(cid:47)(cid:7)(cid:21)(cid:9)(cid:5)(cid:11)(cid:12)(cid:6)(cid:53)(cid:7)(cid:8)(cid:7)(cid:14)(cid:7)(cid:17)(cid:7)(cid:16)(cid:11)(cid:13)(cid:7)(cid:14)(cid:52)
(cid:32)(cid:15)(cid:26)(cid:33)(cid:11)(cid:14)(cid:28)(cid:18)(cid:34)(cid:55)(cid:7)(cid:10)(cid:16)(cid:56)(cid:9)(cid:5)(cid:23)(cid:7)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:26)(cid:19)(cid:8)(cid:11)(cid:10)(cid:14)(cid:16)(cid:18)(cid:9)(cid:10)(cid:8)(cid:27)(cid:7)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:26)(cid:14)(cid:7)(cid:27)(cid:7)(cid:12)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:9)(cid:7)(cid:14)(cid:39)(cid:57)(cid:55)(cid:26)(cid:8)(cid:41)(cid:9)(cid:36)(cid:4)(cid:60)(cid:34)(cid:13)(cid:11)(cid:16)(cid:18)(cid:23)(cid:7)(cid:8)(cid:10)(cid:6)(cid:7)(cid:26)
(cid:9)(cid:36)(cid:7)(cid:8)(cid:23)(cid:11)(cid:16)(cid:10)(cid:19)(cid:5)(cid:16)(cid:7)(cid:15)(cid:60)(cid:66)(cid:26)(cid:63)(cid:39)(cid:59)(cid:34)(cid:26)(cid:59)(cid:27)(cid:50)
(cid:35)(cid:12)(cid:8)(cid:9)(cid:36)(cid:9)(cid:22)(cid:8)(cid:5)(cid:7)(cid:11)(cid:21)(cid:14)(cid:5)(cid:31)(cid:4)(cid:15)(cid:13)(cid:8)(cid:14)(cid:7)(cid:12)(cid:15)(cid:17)(cid:7)(cid:11)(cid:22)(cid:27)(cid:15)(cid:28)(cid:5)(cid:25)(cid:8)(cid:9)(cid:20)(cid:25)(cid:5)(cid:15)(cid:17)(cid:25)(cid:15)(cid:18)(cid:31)(cid:35)(cid:37)(cid:8)(cid:28)(cid:15)(cid:12)(cid:5)(cid:18)(cid:37)(cid:8)(cid:18)(cid:38)(cid:21)(cid:37)(cid:16)(cid:21)(cid:18)(cid:15)(cid:7)(cid:31)(cid:23)(cid:13)(cid:13)(cid:18)(cid:8)(cid:9)(cid:8)(cid:23)(cid:17)(cid:5)(cid:19)(cid:15)(cid:14)(cid:18)(cid:5)(cid:7)(cid:26)(cid:31)
(cid:20)(cid:36)(cid:39)(cid:40)(cid:41)(cid:42)(cid:43)(cid:41)(cid:23)(cid:13)(cid:13)(cid:18)(cid:8)(cid:9)(cid:8)(cid:31)(cid:20)(cid:33)(cid:15)(cid:28)(cid:15)(cid:17)
(cid:69)(cid:34)(cid:23)(cid:10)(cid:16)(cid:54)(cid:16)(cid:47)(cid:10)(cid:5)(cid:9)(cid:11)(cid:20)(cid:8)(cid:5)(cid:42)(cid:43)(cid:43)(cid:44)
(cid:59)(cid:35)(cid:35)(cid:60)(cid:28)(cid:44)(cid:37)(cid:28)(cid:56)(cid:44)(cid:42)(cid:43)(cid:44)
(cid:59)(cid:35)(cid:58)(cid:60)(cid:61)(cid:28)(cid:56)(cid:37)(cid:37)(cid:62)(cid:56)(cid:44)(cid:33)(cid:42)(cid:37)(cid:56)(cid:45)
(cid:20)(cid:8)(cid:12)(cid:46)(cid:12)(cid:19)(cid:12)(cid:46)(cid:6)(cid:7)(cid:46)(cid:20)(cid:20)(cid:46)(cid:14)(cid:5)(cid:17)(cid:10)(cid:56)(cid:33)(cid:45)(cid:42)(cid:43)(cid:48)(cid:36)(cid:9)(cid:9)(cid:13)(cid:46)(cid:70)(cid:70)(cid:20)(cid:8)(cid:12)(cid:52)(cid:29)(cid:19)(cid:52)(cid:6)(cid:7)(cid:70)(cid:8)(cid:7)(cid:6)(cid:11)(cid:16)(cid:17)(cid:7)(cid:71)(cid:20)(cid:8)(cid:12)(cid:72)(cid:20)(cid:8)(cid:12)(cid:46)(cid:12)(cid:19)(cid:12)(cid:46)(cid:6)(cid:7)(cid:46)(cid:20)(cid:20)(cid:46)(cid:14)(cid:5)(cid:17)(cid:10)(cid:56)(cid:33)(cid:45)(cid:42)(cid:43)(cid:51)
To my husband KKhaled
my daughters RRhma and NNora
my son AAbdulaziz

List of publications
This thesis is based on the following papers, which are referred to in the text
by their Roman numerals:
I Nahla Mohamed, Amal Elfaitouri, Jan Fohlman, Göran Friman,
Jonas Blomberg. A sensitive and quantitative single-tube real
time reverse transcriptase- PCR for detection of enteroviral
RNA. J Clin Virol. 2004 Jun; 30(2): 150-6.
II Amal Elfaitouri, Nahla Mohamed, Jan Fohlman, Robert
Aspholm, Gun Frisk, Göran Friman, Lars Magnius, and Jonas
Blomberg. Quantitative PCR-Enhanced Immunoassay for
Measurement of Enteroviral Immunoglobulin M Antibody and
Diagnosis of Aseptic Meningitis. Clin Diagn Lab Immunol. 2005
Feb; 12(2): 235-241.
III Amal Elfaitouri, Anna-Lena Hammarin, Jonas Blomberg.
Quantitative Real-Time PCR Assay for Detection of Human
Polyomavirus infection. J Virol Methods. 2006 Sep;135 :207-213
IV Amal Elfaitouri, Anna-Karin Berg , Gun Frisk, Hong Yin,
Torsten Tuvemo, Jonas Blomberg. Recent enterovirus infection
in type 1 diabetes(Submitted).
Reprints of paper I, II and III were printed with permission of the publishers.

Contents
Introduction...................................................................................................11
Diagnosis of virus infections....................................................................11
Detection of viral genomes (molecular techniques).................................12
Conventional PCR...............................................................................12
RT (reverse transcription)-PCR...........................................................12
Real-time PCR..........................................................................................13
TaqMan® probes..................................................................................14
Data analysis and interpretation in QPCR................................................17
Target nucleic acid selection relies on sequence conservation.................17
Selection for constant protein structure...............................................18
Selection for constant RNA structure..................................................18
Implications for choice of conserved target sequences for QPCR...........18
Material and methods....................................................................................21
Virus infectivity determination: Karber method (Paper I&II).................21
ELISA: Chessboard or checkerboard titrations (CBTs) (Paper IV).........22
Optimisation of Viral Antigen Dose by ELISA.......................................22
Optimisation of IgM Capture by ELISA..................................................22
Real-time RT (reverse transcription)-PCR (QRT-PCR)..........................23
rTth DNA polymerase properties.........................................................24
Carry-over contamination........................................................................25
HK ™-UNG Thermolabile Uracil N-Glycosylase..............................25
Optimization of QPCR and QRT-PCR....................................................26
Design of primers and probe for QPCR and QRT-PCR......................26
Divalent metal concentration...............................................................28
Degenerate and broadly targeted QPCR..................................................28
QPCR and QRT-PCR controls.................................................................28
Sensitivity and Specificity of the enteroviral and polyomaviral QPCRs.29
Comparison between QPCR and other PCRs...........................................29
QPCR standard.........................................................................................30
Patient samples and nucleic acid extraction.............................................30
Aims of the Study.........................................................................................32
Development of real-time PCR based methods............................................33
Enteroviruses............................................................................................33
The enterovirus capsid and genome....................................................33
Clinical features...................................................................................34
Aseptic meningitis (AM).....................................................................34
Paper I......................................................................................................35
Paper II.....................................................................................................37
Human Polyomavirus and SV40..............................................................41
Structure of the virion of polyomaviruses...........................................41
The viral genome.................................................................................41
Clinical features...................................................................................42
Progressive multifocal leukoencephalopathy (PML)..........................43
Paper III....................................................................................................44
Recent enterovirus infection in type 1 diabetes........................................46
Human enterovirus association with type 1 diabetes...........................46
Detection of anti-EV IgM and EV RNA.............................................47
Mechanisms of EV to induce T1D......................................................47
TNF-(cid:302), IP-10 and development of T1D.............................................47
Paper IV...................................................................................................48
Conclusions and final remarks......................................................................50
Acknowledgements.......................................................................................51
References:....................................................................................................53
Abbreviations
AIDS Acquired Immunodeficiency Syndrome
AM Aseptic Meningitis
BKV BK virus
cDNA Complementary DNA
CPE Cytopathic effect
CSF Cerebrospinal Fluid
Ct Threshold cycle
DABCYL [4-((4-(dimethylamino) phenyl) azo) benzoic acid ester]
DNA Deoxyribonucleic acid
dNTPs Deoxyribonucleotide triphosphate
DUTP deoxyuridine triphosphate
ELISA Enzyme linked immunosorbent assay
EVs Enteroviruses
FAM 6-carboxyfluorescein
IgM Immunoglobulin M
IP-10 Interferon-inducible protein 10
JCV JC virus
PCR Polymerase chain reaction
PML Progressive multifocal leukoencephalopathy
QPCR Real-time PCR
QRT-PCR Real-time RT-PCR
RDDP RNA dependent DNA polymerase
RNA Ribonucleic acid
RT-PCR Reverse transcription PCR
rTth Recombinant Thermus thermophilus polymerase
SV40 Simian virus 40
TAMRA carboxytetramethylrhodamine
TBE Tick Borne Encephalitis
TCID 50% tissue culture infective dose
50
T1D Type 1 diabetes
Tm Melting temperature
TNF-(cid:68). Tumour necrosis factor –(cid:302)
UNG Uracil-N-glycosylase
5´UTR 5´untranslated region