Das Membranproteom halophiler Archaea

211 Pages·2007·4.58 MB·German

by  Birgit Bisle

Das Membranproteom halophiler Archaea -
Identifizierung und Quantifizierung

Birgit Bisle

München 2006

Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades
der Fakultät für Chemie und Pharmazie
der Ludwig-Maximilians-Universität München

Das Membranproteom halophiler Archaea -
Identifizierung und Quantifizierung

Birgit Bisle
aus
Krumbach

2006

Erklärung

Diese Dissertation wurde im Sinne von § 13 Abs. 3 bzw. 4 der Promotionsordnung vom
29. Januar 1998 von Prof. Dr. D. Oesterhelt betreut.

Ehrenwörtliche Versicherung:

Diese Dissertation wurde selbständig, ohne unerlaubte Hilfe angefertigt.

München, am 29.09.2006

Dissertation eingereicht am 29.09.2006

1. Berichterstatter: Prof. Dr. D. Oesterhelt
2. Berichterstatter: Prof. Dr. L. A. Eichacker

Mündliche Prüfung am: 25.01.2007

V

Publikationsliste

Tebbe A., Klein C., Bisle B., Siedler F., Scheffer B., Garcia-Rizo C., Wolfertz J., Hickmann V.,
Pfeiffer F. and Oesterhelt D. (2005) Analysis of the cytosolic proteome of Halobacterium salinarum
and its implication for genome annotation. Proteomics 5, 168-179

Klein C., Garcia-Rizo C., Bisle B., Scheffer B., Zischka H., Pfeiffer F., Siedler F. and Oesterhelt D.
(2005) The membrane proteome of Halobacterium salinarum. Proteomics 5, 180-197

Bisle B., Schmidt A., Scheibe B., Klein C., Tebbe A., Kellermann J., Siedler F., Pfeiffer F., Lottspeich
F. and Oesterhelt D. (2006) Quantitative profiling of the membrane proteome in a halophilic archaeon.
Mol. Cell. Proteomics 5 (9), 1543-1558

Falb M., Aivaliotis M., Garcia-Rizo C., Bisle B., Tebbe A., Klein C., Konstantinidis K., Siedler F.,
Pfeiffer F. and Oesterhelt D. (2006) Archaeal N-terminal protein maturation commonly involves N-
acetylation: a large-scale proteomics survey. J. Mol. Biol. 236 (5), 915-924

Konstantinidis K., Tebbe A., Klein C., Scheffer B., Aivaliotis M., Bisle B., Falb M., Pfeiffer F.,
Siedler F. and Oesterhelt D., Genome-wide proteomics of Natronomonas pharaonis, im Druck

Klein C., Aivaliotis M., van Olsen J., Falb M., Besir H., Scheffer B., Bisle B., Tebbe A.,
Konstantinidis K., Siedler F., Pfeiffer F., Mann M. and Oesterhelt D., Proteome analysis of low
molecular weight proteins in Halobacterium salinarum, eingereicht

Tebbe A., Schmidt A., Konstantinidis K., Falb M., Bisle B., Klein C., Aivaliotis M., Siedler F.,
Pfeiffer F., Kellermann J., Lottspeich F. and Oesterhelt D., Life-Style changes of a Halophilic
Archaeon analyzed by Quantitative Proteomics, in Vorbereitung

Bisle B., Mitterweger S., Siedler F., Pfeiffer F. and Oesterhelt D., What makes Membrane proteins
different: The Membrane Proteome of Natronomonas pharaonis, in Vorbereitung

Aivaliotis M., Gevaert K., Falb M., Tebbe A., Konstantinidis K., Bisle B., Klein C., Martens L., Staes
A., Timmerman E., Van Damme J., Siedler F., Pfeiffer F., Vandekerckhove J. and Oesterhelt D.,
Large scale identification of N-terminal peptides in Archaea: Halobacterium salinarum and
Natronomonas pharaonis, in Vorbereitung
VI
VII
Abkürzungen

16- BAC Benzyldimethyl-n-hexadecyl-ammoniumchlorid
1D eindimensional
2D zweidimensional
2 DE zweidimensionale Gelelektrophorese
Abb. Abbildung
ACA ε- Aminocapronsäure
ACN Acetonitril
APS Ammoniumperoxodisulfat
BCA Bichinconinsäure
Bis N, N´- Methylenbisacrylamid
BN- PAGE Blue Native Polyacrylamidgelelektrophorese
BR Bacteriorhodopsin
BS Basalsalz
BSA bovine serum albumine
CID Collision induced dissociation
DD Dried Droplet
ddHO bidestilliertes Wasser
2
DIGE Differenzielle Gelelektrophorese
DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
DTT 1,4- Dithiothreitol
EDTA Ethylendiamintetraacetat
EtOH Ethanol
FA Ameisensäure
FT Fourrier Transform
h Stunde(n)
H. salinarum Halobacterium salinarum
HCCA a-Cyano-4-Hydroxy-Zimtsäure
HOAc Essigsäure
i.d. Innendurchmesser
IAA Iodacetamid
ICAT Isotope coded affinity tag
ICPL isotope coded protein label
IEF isoelektrische Fokussierung
kbp kilo base pairs
l Liter
LC Flüssigchromatographie (liquid chromatography)
LC-MS/MS Flüssigkeitschormatographei mit anschließender MS/MS-Messung
m/z Massen-Ladungsverhältnis
mA Milli Ampere
MALDI Matrix assisted Laser Desorption/Ionisation
MeOH Methanol
MilliQ Millipore Wasser
min Minuten
M Molekulargewicht
r
MS Massenspektrometrie
VIII
MS/MS Tanden- Massenspektrometrie
N. pharaonis Natronomonas pharaonis
NP- BS Natronomonas Basalsalz
OD Optische Dichte bei 600nm Wellenlänge
600
PAA Polyacrylamid
PAGE Polyacrylamidgelelektrophorese
pI Isoelektrischer Punkt
PMF peptide mass fingerprint
ppm parts per million
Q-TOF Quadrupol-Time of Flight (vgl. TOF)
RP Reversed Phase
rpm rounds per minute
RT Raumtemperatur
SDS Natriumdodecylsulfat
SDS- PAGE SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese
sec Sekunden
TCA Trichloressigsäure
TCEP Tris-(2-carboxyethyl)phosphine, hydrochloride
TEMED N, N, N´, N´-Tetramethylethylendiamin
TFA Trifluoressigsäure
TMD Transmembrandomäne
TOF Time-of-flight (MS-Messungen)
Tris Tris-(Hydroxymethyl)-aminomethan
Tween 20 Polyoxyethylene-Sorbitan Monolaurate
U units
V Volt
v/v Volumen pro Volumen
w/v Gewicht pro Volumen