Caracterización fenotípica y molecular de microorganismos aislados de animales en una granja ...

89 Pages·2016·1.54 MB·Spanish

Caracterización fenotípica y molecular
de microorganismos aislados de
animales en una granja porcícola

Vivian Vanesa Rubio

Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Ciencias
Bogotá, Colombia
2016

Caracterización fenotípica y molecular
de microorganismos aislados de
animales en una granja porcícola

Vivian Vanesa Rubio

Tesis o trabajo de investigación presentada(o) como requisito parcial para optar al título
de:
Magister en Ciencias-Microbiología

Director (a):
Ph.D. María Marcela Camacho Navarro

Línea de Investigación:
Biología molecular de agentes infecciosos Grupo de Investigación:
Grupo de Biofísica y Biología de membranas

Universidad Nacional de Colombia
Facultad de Ciencias
Bogotá, Colombia
2016

A mi “pequeña familia” que me han visto
formarme a lo largo de mi vida y siempre
están presentes, especialmente a mi madre..
y a Edgar al lado de quien viviré mis
siguientes retos….

Agradecimientos
A mi directora de tesis la profe Marcela Camacho por sus enseñanzas, colaboración y
ejemplo de amor por la ciencia.

A Yamile Celis por su compañía, apoyo, conocimientos brindados y amistad, antes y
durante todo el proceso de la maestría.

Al programa Nacional de Jóvenes Investigadores y la Universidad Nacional de Colombia
por la financiación brindada durante el desarrollo de mi maestría, convenio: 0200 de
2014, resolución número 1225.

Al Laboratorio de Salud Pública de la Secretaría Distrital de Salud por permitirme el uso
del laboratorio de Biología Molecular y reactivos suministrados.

A la Maestría en Ciencias-Microbiología, por la financiación para la secuenciación de
genoma completo de un cepa de E. coli y la beca de exención de derechos académicos.

A Juan Pablo y mis compañeros del grupo de biofísica y biología de membranas.

A Pilar Donado y el grupo de resistencia a antimicrobianos de CORPOICA, por su apoyo
en los muestreos realizados.

A Socorrito, quien su nombre fue predestinado, para ayudar a los estudiantes de la
maestría.

A todos aquellos que nos aportaron en conocimientos, papelería, reactivos, cepas…..y
paciencia.

Resumen y Abstract IX

Resumen

La resistencia antibiótica es un problema de magnitud mundial. Si bien la OMS alerta
sobre éste, en Colombia hay poca información del impacto del uso de antibióticos en la
industira agropecuaria y la generación de ésta. Por esta razón este proyecto buscó
caracterizar microorganismos aislados de una granja porcícola en la cual se utilizan
antibióticos para producción animal.

Se llevó a cabo un estudio de corte transversal en una granja porcícola ubicada en
Choachi, Cundinamarca. Se tomaron muestras de hisopado rectal y nasofaíngeo de
porcinos, para identificar Escherichia coli y Staphylococcus aureus respectivamente. Se
aislaron las cepas de interés en medios selectivos, se identificó, y evaluó su perfil de
susceptibilidad a antibióticos por equipos automatizados Vitek y Phoenix. En los
aislamientos con susceptibilidad disminuida a -lactámicos se identificó la presencia de
-lactamasas y con susceptibilidad disminuida a quinolonas se valoró la presencia de
genes plasmídicos, mediante pruebas fenotípicas (método de difusión en agar) y
genotípicas (PCR). Se identificaron relaciones genéticas por medio de la técnica rep-
PCR y análisis por Diversilab. Se determinaron los tipos de plásmidos circulantes en
aislamientos de E. coli mediante PCR. Se seleccionó 1 cepa para secuenciación con el
fin de buscar genes de virulencia, resistencia e identificar tipo de cepa circulante.

Se recuperaron 64/64 asilamientos de E. coli pero sólo 5/241 de S. aureus. Se identificó
sensibilidad disminuida al menos a un antibiótico en 62/64 de E.coli y 5/5 de S. aureus.
Los porcentajes más altos de resistencia en E.coli fueron a ampicilina 28,3% (17/60),
cefalotina 58,3% (35/60), colistina 82,8% (49/64), trimetropim sulfametoxazol 35%
(21/60) y ampicilina/sulbactam 23% (3/13). También se evidenció resistencia a
cefalosporinas de tercera generación como ceftazidima 4,7%, ceftriaxona 6,25% y a las
quinolonas ciprofloxacina 12,5% y levofloxacino 5%. Se identificaron los genes bla , en
TEM
X Caracterización fenotípica y molecular de microorganismos aislados de animales en
una granja porcícola

11/36, qnrB en 7/9, MCR1 en 45/48, int123 en 11/64, sul1 en 5/64, sul2 en 13/64 y qacΔ
en 5/64 de las muestras analizadas. Se identificaron los grupos de incompatibilidad
IncHI1 en 1/9, Inc I1 en 5/9, IncN en 4/9, IncFIB en 4/9, IncFIA en 1/9, IncP en 1/9, IncY
en 1/9, IncA/C en 2/9, IncF en 4/9.
Este estudio muestra la presencia de resistencia antibiótica en la granja porcícola
estudiada y su asociación al uso de antibióticos.

Palabras clave: Resistencia a antibióticos, porcinos, perfil de susceptibilidad, genes de
resistencia.