Bitkilerde nukleus genlerinin anlatımı ve düzenlenmesi

25 Pages·2013·0.7 MB·Turkish

Bitkilerde nukleus genlerinin anlatımı
ve düzenlenmesi
Düzenlemede çok kademe vardır:
1. Transkripsiyon
2. “Capping”şapkalama
3. 3' olgunlaşma, kesim ve poliadenilasyon
4. “Splicing”kırpılma
5. Sitoplazmaya taşınma
6. mRNA’nın stabilizasyonu/destabilizasyonu
Translation
Bir intronlu
bir genden
mRNA
oluşumuna
kadar geçen
aşamalar
Transkripsiyon: 3 DNA-Bağımlı RNA
Polimeraz
1. Pol I - 45S rRNA öncülerini sentezler,
nukleolusta bulunur (45S18S, 28S, 5.8S
rRNAs)
(S sedimentasyon katsayısı hemen hemen
makromolekül büyüklüğüne eşit)
2. Pol II - mRNA öncülerini ve bazı snRNA’ları
sentezler,
3. Pol III- 5S rRNA’ları, tRNA’ları ve küçük
nuklear RNA’ları (snRNAs) sentezler

3 polimeraz da multi-altüniteteye, bazı büyük alt uniteteye
ve 5 küçük ortak altüniteteye (mayada) sahiptir.
Nisbi hücresel RNA yoğunluğu
• Ribosomal RNA (rRNA) ~ % 90
– Transfer RNA (tRNA) ~ % 5
• Mesenger RNA (mRNA ) ~ % 2

kalan (~% 3):
• Signal tanıma partikülğü (SRP) RNA
• Küçük nuklear RNA (snRNA)
• Küçük nukleolar RNA (snoRNA)
• Mikro RNA (miRNA)
RNA Polimeraz II
1. 2 büyük alt ünitesi var ve bu üniteler E. coli
RNAP ß and ß’ alt üniteleri ile homologi
göstermektedir.
2. En büyük alt ünite fosdforlanmış COOH-
terminal domain (CTD) içerir.
– Fosforlanma inisiyasyondan  elongasyaona
geçiş için önemlidir.
– CTD diğer proteinslerle de ilişkiye geçer.
3. DNA ‘ya kendisinin bağlanması için promotötr
önce diğer proteinlerin bağlanmasına
gereksinim duyar
TFII – RNA Pol II
transkripsiyon faktörleri
RNAPII – RNA Pol II
Fig. 6.30, Buchanan et al.
RNAP II Promotörleri
• Sınıf-II promotörler 4 bileşkenlidirler:
1. Upstream element
2. TATA kutusu (–25)
3. Inisiyasyon başlama bölgesi (+1)
4. Downstream element
1. 2. 3. 4.
Biçok sınıf II promotöründe 3 ve 4. bazılarında lack 2. Yoktur.
TATA Kutusuof Class II Promoters
• TATA kutusu = TATAAAA
• Transkripsiyonun başalayacağı bölgeyi
belirler.
• Bazı promotörlerde etkin transkripsiyonu
sağlar.
• TBP – TATA kutusu bağlanma proteini ile
bulunur
Sınıf II Promoterlerde Upstream
Elementler
Çeşitli sınıf II promotörlerde bulunurlar:

1. GC kutuları (GGGCGG ve CCGCCCC)
– Transkripsyionu ve oryantasyonunu uyarırlar.
– Çok kopyalı olabilirler.
– TATA kutusuna yakındırlar.
2. CCAAT box
– Transkripsiyonu uyarır.
– CCAAT-bağlama transkripsiyon faktörüne
bağlanırlar (CTF).
Enhancer ve Silencer
1. Enhancer transkripsiyonu uyarır, Silencer
inhibe eder.
2. Oryantasyonları bağımsızdır.

3. Pozisyon-bağımsızdırlar.
– Promotörden belli bir uzaklıkta çalışabilir.
– Enhancer’lar her yerde bulunurlar.
Bind
regulated transcription factors