AVIS et RAPPORT de l'Anses relatif au danger Salmonella spp. en alimentation animale

180 Pages·2017·5.04 MB·French

Salmonella spp.
en alimentation
animale
Avis de l’Anses
Rapport d’expertise collective
Mai 2018 Édition scientifique

Salmonella spp.
en alimentation
animale
Avis de l’Anses
Rapport d’expertise collective
Mai 2018 Édition scientifique

Avis de l’Anses
Saisine n° 2016-SA-0029

Saisine liée n° 2016-SA-0037

1
Le directeur général 2
3
Maisons-Alfort, le 14 mai 2018 4
5
6
7
8
AVIS
9
de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, 10
de l’environnement et du travail 11
12
relatif au danger Salmonella spp. en alimentation animale 13
14
15
16
L’Anses met en œuvre une expertise scientifique indépendante et pluraliste. 17
L’Anses contribue principalement à assurer la sécurité sanitaire dans les domaines de l’environnement, du travail et de 18
l’alimentation et à évaluer les risques sanitaires qu’ils peuvent comporter. 19
Elle contribue également à assurer d’une part la protection de la santé et du bien-être des animaux et de la santé des 20
végétaux et d’autre part à l’évaluation des propriétés nutritionnelles des aliments. 21
Elle fournit aux autorités compétentes toutes les informations sur ces risques ainsi que l’expertise et l’appui scientifique 22
technique nécessaires à l’élaboration des dispositions législatives et réglementaires et à la mise en œuvre des 23
mesures de gestion du risque (article L.1313-1 du code de la santé publique). 24
Ses avis sont publiés sur son site internet. 25
26
L’Anses a été saisie le 7 Mars 2016, de manière conjointe par la Direction générale de 27
l’alimentation (DGAL) et la Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la 28
répression des fraudes (DGCCRF), d’une demande d’avis relatif au danger salmonelles en 29
alimentation animale pour l’ensemble des filières de production. 30
1. CONTEXTE ET OBJET DE LA SAISINE 31
Les salmonelloses humaines non typhiques sont la deuxième maladie bactérienne d’origine 32
alimentaire la plus fréquemment signalée en Europe, après les campylobactérioses. L’importance 33
relative de la transmission de l’infection à Salmonella spp par la voie alimentaire est estimée à 34
96 %, principalement du fait de la consommation d’aliments contaminés d’origine animale, crus 35
ou insuffisamment cuits. 36
Dans un objectif final de protection de la santé publique, le règlement (CE) n°2160/2003 37
concernant le contrôle des salmonelles (et d’autres agents zoonotiques) présentes dans la 38
chaîne alimentaire prévoit la fixation d’objectifs-cibles pour réduire la prévalence de ces micro- 39
organismes à tous les stades de la chaîne alimentaire, y compris dans l'alimentation animale. 40
Ainsi, il impose aux Etats membres la réalisation d’un plan de surveillance de la contamination 41
par Salmonella spp. devant couvrir les différents maillons de la chaîne alimentaire et notamment 42
le secteur de l’alimentation animale. 43
44

Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail,
14 rue Pierre et Marie Curie, 94701 Maisons-Alfort Cedex
Téléphone : + 33 (0)1 49 77 13 50 - Télécopie : + 33 (0)1 49 77 26 26 - www.anses.fr
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Saisine n° 2016-SA-0029

Saisine liée n° 2016-SA-0037

En France, en application du Règlement (CE) Sna°is 2in1e(6s0) l/i2ée0(0s)3 n,° l’arrêté du 29 Juillet 2013 liste, dans 45
sa version initiale, les cinq sérovars (ou sérotypes) des salmonelles réglementées pour les 46
espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo. Ces derniers sont, au titre de danger sanitaire de 47
catégorie 1, les sérovars S. Enteritidis, S. Typhimurium, S. Hadar, S. Infantis et S. Virchow. Par 48
ailleurs, l’arrêté ministériel du 22 mars 2017 modifiant celui du 29 juillet 2013, répartit les 49
différents sérovars en fonction des espèces avicoles concernées, en cohérence avec les arrêtés 50
ministériels de lutte. Ainsi, les sérovars S. Enteritidis et S. Typhimurium sont visés comme suit : 51
- Meleagris gallopavo, troupeaux reproducteurs et d’engraissement, selon l’arrêté 52
ministériel du 04/12/2009 et celui du 24/04/2013, 53
- Gallus gallus filières chair et ponte d’œufs de consommation selon l’arrêté ministériel du 54
24/04/2013 et celui du 26/02/2008. 55
A ces deux sérovars, s’ajoutent S. Hadar, S. Infantis et S. Virchow pour l'espèce Gallus gallus 56
dans les troupeaux de reproduction en filières chair et ponte, par deux arrêtés ministériels du 57
26/02/2008 pour les deux filières. 58
59
En outre, l’arrêté ministériel du 17 février 2015 modifie celui du 29 juillet 2013 et inscrit 60
temporairement pour 3 ans le sérovar S. Kentucky comme danger sanitaire de catégorie 1 pour 61
les espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo. En effet, ce sérovar constitue un agent 62
infectieux pouvant acquérir de nouveaux caractères d'antibiorésistance, comme décrit pour la 63
souche résistante à haut niveau à la ciprofloxacine (souche CIP-R/ST 198), antibiotique 64
stratégique de dernier recours en médecine humaine. Cette souche a été signalée, depuis 65
quelques années, dans plusieurs autres pays de l’Union européenne (UE), dans des élevages de 66
dindes et de poulets de chair. La France demeure jusqu'à présent épargnée par cette souche, à 67
l'exception d'un épisode survenu en 2012 où deux élevages de dindes d'engraissement ont été 68
contaminés suite au séjour, au Maroc, de l'un des deux éleveurs. 69
Actuellement, les autorités de tutelle (DGAL et DGCCRF) demandent aux professionnels de 70
l’alimentation animale de mettre en œuvre différentes mesures de gestion en cas de présence 71
d'un ou de plusieurs sérovars de Salmonella spp. réglementés : après signalement aux autorités 72
compétentes, les professionnels peuvent procéder soit à une destruction soit à une thermisation 73
des lots contaminés après autorisation par la Direction départementale de la cohésion sociale et 74
de la protection des populations (DDCSPP). De plus, étant donné que seule une partie de la 75
filière des volailles reproductrices est soumise à la réglementation (espèces Gallus gallus et 76
Meleagris gallopavo), les autorités compétentes peuvent, comme indiqué dans le texte de la 77
présente saisine, « procéder à une destination restreinte des lots contaminés vers des usines ne 78
produisant pas d'aliments pour volailles, ou vers des élevages hors filière avicole (porcins et 79
ruminants) ». 80
Par ailleurs, le règlement (CE) n°183/2005, qui établit les exigences en matière d’hygiène des 81
aliments pour animaux afin d’assurer un niveau élevé de protection de la santé des 82
consommateurs, évoque la « nécessité de définir des critères microbiologiques fondés sur des 83
critères de risque scientifiques ». Dans cet esprit, à l’échelle nationale, l’arrêté ministériel du 23 84
avril 2007 vise à définir, dans son annexe IV, un « agrément salmonelles » : celui-ci peut être 85
délivré aux établissements de fabrication d'aliments composés destinés aux troupeaux de 86
reproduction de plus de 250 animaux des espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo. Il stipule 87
que « les aliments composés destinés aux reproducteurs de l’espèce Gallus gallus ou de 88
l’espèce Meleagris gallopavo doivent subir un traitement validé comme garantissant une 89
réduction minimale de la contamination microbienne en entérobactéries de 3 log ». De plus, « le 90

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plan HACCP de l’établissement fixe comme liSmaiitsein em(sa) xliéime(sa) lne° (seuil de non-conformité) applicable 91
aux aliments composés destinés aux troupeaux de reproduction de l’espèce Gallus gallus ou de 92
l’espèce Meleagris gallopavo, une contamination en entérobactéries (30 °C)1 de 103 UFC/g d’un 93
échantillon homogène de 100 g de l’aliment fini, prélevé au chargement des camions de 94
distribution. Pour ces mêmes aliments, un seuil d’intervention donnant lieu à des actions 95
correctives, mais sans pour autant que l’aliment soit déclaré non conforme, est fixé pour une 96
contamination en entérobactéries (30 °C) supérieure à 102 UFC/g d’un échantillon homogène de 97
100 g de l’aliment fini prélevé au chargement des camions de distribution ». 98
99
Rappelons que, pour les matières premières d’origine animale, les critères microbiologiques 100
définis dans l’Annexe X du Règlement (UE) n°142/2011 sont directement appliqués. Pour les 101
matières premières d’origine végétale ainsi que pour les aliments composés destinés aux 102
animaux producteurs de denrées alimentaires (autres que les volailles reproductrices des 103
espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo), aucun critère microbiologique n’est actuellement 104
défini. 105
106
Dans cette saisine, les questions posées à l’Anses sont récapitulées ci - dessous, en fonction 107
des trois thématiques dégagées par les experts : 108
109
Thématique 1 : Rôle de l’alimentation animale comme source d’introduction de Salmonella spp. 110
dans la chaîne alimentaire. 111
 Concernant les filières avicoles, porcines et ruminants : 112
- Evaluer, au regard de la situation épidémiologique actuelle dans les élevages français, 113
le rôle de l'alimentation animale comme source d'introduction de Salmonella spp., quel 114
que soit le sérovar, dans les élevages avicoles, porcins et ruminants et, par voie de 115
conséquence, comme source de contamination des denrées alimentaires. Dans le cas 116
particulier des départements et régions d’outre-mer (DROM), déterminer s’il existe un 117
risque particulier de transmission de Salmonella spp. aux élevages avicoles à partir de 118
l'aliment ; 119
- Indiquer si le risque pour la santé animale et humaine lié à la présence de Salmonella 120
spp. dans les aliments pour animaux présente une variation significative selon les 121
sérovars concernés. En cas de réponse positive, il est demandé à l'Agence d'indiquer 122
quels sont les sérovars prioritaires au regard du risque pour la santé animale et humaine, 123
pour les filières avicoles, porcines et ruminants ; 124
 Concernant les filières avicoles réglementées : 125
- Evaluer le rôle de l’alimentation animale dans l’introduction des 5 sérovars réglementés 126
S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Virchow, S. Hadar et S. Infantis dans les élevages des 127
espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo. Serait-il pertinent de mettre en exergue 128
d’autres sérovars de Salmonella spp. dans le cadre de la source alimentation animale 129
pour Gallus gallus et Meleagris gallopavo ? Quel est le risque de ces 5 sérovars pour les 130
autres espèces animales dans le cas où les lots contaminés seraient réorientés vers leurs 131

1 Dénombrement des entérobactéries à 30°C par la méthode normalisée ISO 21528-2 : 2017

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filières ? La réglementation sur les sérSoavisainrse( sd) eli éSe(as)l mn°onella spp. devrait-elle être étendue 132
à d’autres filières de production ? Si oui, pour quels sérovars ? 133
 Concernant S. Kentucky : 134
- Réaliser pour S. Kentucky (souches CIP-R2 et WT3) un bilan de la surveillance en 135
France de la contamination des aliments pour animaux des filières de production sur les 5 136
dernières années ; 137
- Indiquer quelles données seraient nécessaires pour évaluer l'impact de S. Kentucky 138
dans les filières de production ; 139
- Évaluer les risques liés à la commercialisation de denrées issues d'élevages détectés 140
positifs vis-à-vis de la souche S. Kentucky CIP-R, résistante à la ciprofloxacine, en 141
particulier en filières avicoles « chair » et « ponte ». Déterminer le devenir de ces denrées 142
à partir du risque estimé. 143
144
Thématique 2 : Procédés de décontamination de Salmonella spp. en alimentation animale. 145
146
 Evaluer l’efficacité du traitement thermique (couple temps/température) et de la 147
granulation (temps/température/pression) sur la contamination par Salmonella spp. des 148
aliments pour animaux ; 149
150
 Evaluer l'efficacité des différents scénarios pour assainir un lot d'aliment contaminé : 151
réorientation des lots ou non, avec ou sans traitement thermique et/ou chimique. 152
153
Thématique 3 : Critères microbiologiques en alimentation animale. 154
155
 Evaluer la pertinence des critères réglementaires relatifs à la maîtrise microbiologique des 156
aliments composés destinés aux reproducteurs de l'espèce Gallus gallus ou de l'espèce 157
Meleagris gallopavo, notamment le critère de 103 UFC/g d'entérobactéries dans 100 g 158
d'aliment composé. Ce seuil doit-il être maintenu comme un critère de sécurité ou un 159
critère d'hygiène des procédés ? 160
161
Par ailleurs, du fait de l’écologie et du caractère ubiquitaire des salmonelles dans 162
l’environnement, leurs voies d’entrée potentielles dans un élevage, mentionnées dans le rapport 163
(cf. partie 3.1), sont multiples. L’alimentation animale n’est donc pas la seule source 164
d’introduction de cette bactérie dans les filières de production. 165
166

2 Ciprofloxacine Résistante
3 Wild Type

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Saisine(s) liée(s) n° 167
2. ORGANISATION DE L’EXPERTISE 168
L’expertise a été réalisée dans le respect de la norme NF X 50-110 « Qualité en expertise - 169
Prescriptions générales de compétence pour une expertise (Mai 2003) ». 170
L’expertise relève du domaine de compétences des comités d’experts spécialisés (CES) 171
« alimentation animale » (ALAN), « risques biologiques en alimentation humaine » (BioRisk) et 172
« santé et bien-être des animaux » (SABA), le CES « Alimentation animale » étant pilote de cette 173
saisine. 174
L’Anses a confié au groupe de travail (GT) SALAN « Salmonelles en alimentation animale », 175
rattaché au Comité d’Experts Spécialisé (CES) ALAN « alimentation animale », l’instruction de 176
cette saisine. Au vu des trois thématiques dégagées de la saisine, trois sous-groupes ont été 177
constitués afin d’assurer un avancement optimal des travaux. La mise en commun des 178
contributions des trois sous-groupes et les débats collectifs se sont tenus en réunion plénière du 179
GT. 180
Les travaux d’expertise du groupe de travail ont été soumis régulièrement aux CES, tant sur les 181
aspects méthodologiques que scientifiques. Ils ont été adoptés par le CES « alimentation 182
animale » réuni le 10 avril 2018. 183
L’Anses analyse les liens d’intérêts déclarés par les experts avant leur nomination et tout au long 184
des travaux, afin d’éviter les risques de conflits d’intérêts au regard des points traités dans le 185
cadre de l’expertise. Les déclarations d’intérêts des experts sont publiées sur le site internet de 186
l’Anses (www.anses.fr). 187
188
2.1. Limites du champ d’expertise 189
D’après le règlement (CE) n° 767/2009, l’eau d’abreuvement n’est pas explicitement incluse dans 190
la définition d’un aliment pour animaux. Elle n’a donc pas été prise en compte dans cet avis. 191
Après échange avec les tutelles il a été convenu que seules les matières premières d’origine 192
végétale entrant dans la composition des aliments pour animaux fabriqués en usine seraient 193
considérées dans cette saisine. L’alimentation des animaux par fourrages (verts ou conservés), 194
qui concerne notamment les ruminants, a été exclue du champ de cette expertise car prise en 195
compte dans la saisine 2015-SA-01914, en cours d’expertise. Concernant la fabrication 196
d’aliments à la ferme (FAF), ce secteur n’a pas été considéré dans l’expertise, même si ce 197
dernier constitue une part non négligeable de l’alimentation des animaux, notamment en filière 198
porcine. Cette activité sera incluse dans la saisine 2016-SA-00375. De plus, la présente saisine 199
portant sur les aliments destinés aux animaux de production, les aliments destinés aux animaux 200
de compagnie (« pet food ») ont donc été écartés du champ d’expertise. De même, les filières de 201
productions aquacoles (poissons, mollusques et crustacés) n’ont pas été prises en considération 202
dans ce travail, par manque de données disponibles. De plus, les denrées alimentaires, 203
initialement destinées à l’alimentation humaine, n’ont pas été considérées : en effet, les 204
éventuels dangers sanitaires liés à cette source de matières premières pour l’alimentation 205

4 Demande d’avis à l’évaluation des dangers microbiologiques en alimentation animale
5 Demande d’avis sur les mesures de maîtrise de Salmonella spp. dans la filière porcine

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animale, actuellement en émergence, nécSeasissinitee(sr)a liieéen(st ) nd°’abord d’être mieux caractérisés. 206
Finalement, l’effet de l'ajout d'additifs ou d’antibiotiques dans les aliments composés, sur le 207
portage intestinal et la dissémination de Salmonella spp. dans les élevages et dans les produits 208
qui en sont issus, a été considéré comme étant hors champ de la saisine. 209
210
2.2. Moyens mis en œuvre 211
212
 Collecte et analyse des données de sérovars Salmonella spp et des entérobactéries, 213
mises en évidence sur toute la chaîne de production des filières animales 214
215
En premier lieu, les données de détection de sérovars de Salmonella spp, en France 216
métropolitaine, pour les matières premières d’origine végétale et les aliments composés pour les 217
filières avicoles, porcines et ruminants ont été transmises au GT par Oqualim (plan collectif des 218
autocontrôles des industriels de la nutrition animale), par la DGAL et la DGCCRF (plans de 219
surveillance et plans de contrôle [PS/PC]) et par le Réseau Salmonella. Ces données ont 220
concerné majoritairement les aliments fabriqués dans des usines pendant la période 2009-2015. 221
Les autorités compétentes ont également fourni les données de contamination par Salmonella 222
spp. pour les matières premières et les aliments composés destinés à la filière avicole pour la 223
Guadeloupe, la Martinique, la Guyane et la Réunion. Le traitement et l’analyse de l’ensemble de 224
ces données ont été menés par l’unité « Méthodologies et études » (UME) de la Direction 225
d’évaluation des risques (DER) de l’Anses. 226
Afin d’appréhender la problématique Salmonella sur l’ensemble de la chaîne alimentaire, le 227
Réseau Salmonella a également transmis les données de détection de sérovars de salmonelles 228
obtenues pour les secteurs d’activités « santé et productions animales » (animaux de rente et 229
environnement d’élevage) et « alimentation humaine » (carcasses et produits de transformation 230
pour la consommation humaine), pour les filières avicoles, porcines et ruminants. Un bilan des 231
sérovars isolés des élevages avicoles réglementés6 a été également réalisé par le Laboratoire 232
National de Référence (LNR) « Salmonelloses aviaires » de l’Anses de Ploufragan-Plouzané. Le 233
LNR a pu également fournir les résultats d’enquêtes, européennes et nationales, réalisées, entre 234
2004 et 2010, dans des élevages, abattoirs et produits transformés des filières avicoles. 235
Concernant les données de surveillance Salmonella spp. chez l’Homme, le Centre National de 236
Référence (CNR) des E. coli, Shigella et Salmonella spp., situé à l’Institut Pasteur, a transmis les 237
données relatives aux salmonelloses humaines pour la période 2009-2015. 238
Enfin, des données de contamination d’aliments composés par les entérobactéries ont été 239
fournies par la DGCCRF pour la période 2008-2016, et le SNIA pour la période 2014-2017. 240
241
242
 Recherche bibliographique 243
244
Des recherches bibliographiques ont été menées afin de recenser, de manière la plus exhaustive 245
possible, les connaissances scientifiques sur ces sujets. Des données complémentaires 246
concernant les barèmes de traitements thermiques appliqués aux aliments pour animaux ont été 247

6 Reproducteurs Gallus gallus et dindes, poulettes, poules pondeuses, poulets et dindes de chair

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