Table Of ContentEcología molecular
Ecología molecular
Luis E. Eguiarte, Valeria Souza
y Xitlali Aguirre
(Compiladores)
Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales
Instituto Nacional de Ecología
Universidad Nacional Autónoma de México
Comisión Nacional para el Conocimiento
y Uso de la Biodiversidad
Primera edición: abril de 2007
D.R. © Instituto Nacional de Ecología, Semarnat
Periférico sur 500, col. Insurgentes Cuicuilco, 04530
Delegación Coyoacán, México, D.F.
www.ine.gob.mx
Comisión Nacional para el Conocimiento
y Uso de la Biodiversidad (Conabio)
Ave. Liga Periférico-Insurgentes Sur 4903,
col. Parques del Pedregal, 14010
Delegación Tlalpan, México, D.F.
www.conabio.gob.mx
Coordinación editorial, diseño de interiores
y tipografía: Raúl Marcó del Pont Lalli
Diseño de la portada: Álvaro Figueroa
Foto de la portada: Claudio Contreras Koob
ISBN 978-968-817-839-3
ISBN 968-817-839-X
Impreso y hecho en México
Índice
Introducción a la Ecología Molecular 1
Luis E. Eguiarte y Valeria Souza
Agradecimientos 7
Primera parte. Teoría 9
Capítulo 1. La selección natural a nivel molecular 11
Amanda Castillo Cobián
Tipos de selección 12
The neutral expectation 13
Adaptación a nivel molecular 14
La selección a nivel genómico 37
Bibliografía 43
Capítulo 2. Flujo génico: métodos para estimarlo 49
y marcadores moleculares
Erika Aguirre Planter
Métodos directos 50
Métodos indirectos 51
Métodos genealógicos 56
Bibliografía 59
Capítulo 3. Tamaño efectivo de la población 63
Alejandra Moreno Letelier
¿Qué significa el tamaño efectivo? 64
Métodos de estimación directos 65
Métodos ecológicos y demográficos 66
Métodos indirectos 71
Métodos de máxima verosimilitud y coalescencia 73
Aplicaciones 81
Conclusión 83
Bibliografía 84
Capítulo 4. Reconstrucción de la historia de cambio de los caracteres 87
León Martínez Castilla
Árboles, genes y organismos 89
Homología y alineación 104
Modelos de sustitución 112
Secuencias no alineables y métodos que no requieren alineación 123
Métodos de estimación de filogenias 127
Evaluación estadística de árboles 145
Métodos que pueden colocar OTUs contemporáneos en nodos internos 148
y otras novedades
Bibliografía 152
Segunda parte. Temas fundamentales de la ecología 161
molecular
Capítulo 5. Los análisis de paternidad, ¿para qué nos sirven? 163
Jordan Golubov y Jorge Ortega
La teoría y los métodos 165
Aplicación en animales 171
Aplicación en plantas 173
Conclusión 174
Bibliografía 178
Capítulo 6. La estimación de la endogamia y la relación 183
entre la tasa de fecundación cruzada y los sistemas reproductivos
en plantas con flores: una interpretación de su significado evolutivo
César A. Abarca García y Adriana López Villalobos
Las distintas formas de medir la endogamia 185
Estimaciones de la tasa de fecundación cruzada en poblaciones
naturales de angiospermas 193
Bibliografía 204
Capítulo 7. La clonalidad y sus efectos en la biología de poblaciones 215
María C. Mandujano Sánchez
Organización jerárquica en plantas clonales y definiciones operativas 217
Tipos de clonación y frecuencia de clonalidad en las plantas 220
Ventajas y desventajas de la clonalidad 223
Demografía: estructura y dinámica 224
Distribución espacial de individuos en especies clonales 228
y frecuencia de reclutamiento clonal en las poblaciones
Adecuación en plantas clonales 230
Estructura y variación genética en especies de plantas clonales 234
Análisis demográfico-genético 240
Discusión y consideraciones finales 242
Bibliografía 244
Capítulo 8. Ecología molecular de la conservación 251
Martha Rocha y Jaime Gasca
Un poco de historia 252
Pero, ¿qué relación guardan la genética y la conservación? 253
Especies en peligro, ¿a quién hay que proteger? 254
Principios básicos en genética de la conservación 254
Los enfoques actuales de la genética de la conservación 266
Conclusiones y perspectivas 271
Bibliografía 272
Tercera parte. La ecología molecular 279
de los microorganismos
Capítulo 9. La recombinación: relevancia evolutiva y métodos 281
de estimación, con énfasis en microorganismos
Rodolfo Salas Lizana
Mecanismos de la recombinación en eucariontes 282
Mecanismos de la recombinación en procariontes 284
Consecuencias de la recombinación 286
Las poblaciones microbianas: clonalidad vs. panmixia 288
Ejemplos de recombinación en bacterias 289
Ejemplos de recombinación en hongos filamentosos 291
Detectores y estimadores de la recombinación 292
Estimación de la recombinación 305
Consideraciones finales 310
Bibliografía 311
Capítulo 10. La especie como unidad evolutiva: uso de marcadores 325
moleculares para su reconocimiento y delimitación, con especial
énfasis en microorganismos
René Cerritos Flores
De lo natural a lo artificial y de lo universal a lo particular 326
Limitaciones de cada método para reconocer y delimitar 331
unidades evolutivas
El concepto de especie en microorganismos, un problema aún no resuelto 337
Consideraciones finales 342
Bibliografía 343
Capítulo 11. Ecología evolutiva de bacterias y el concepto 351
de especie: el caso de los rizobios
Claudia Silva y Pablo Vinuesa
La interacción rizobios-leguminosas 351
Genética de poblaciones y evolución en bacterias 355
Tres estudios de caso con rizobios 368
Conclusiones 377
Bibliografía 380
