David Akbar

126 Pages·2011·2.93 MB·French

Plateau d’imagerie de
MRI-IGH
Automatisation des plugins MétroloJ
AKBAR David
Master Imagerie spécialité imagerie Pour la biologie
Promotion 2010/2011

Résumé

Le stage a été réalisé au sein de la plateforme d’imagerie MRI à Montpellier, au plateau
d’imagerie IGH-optique sous la direction du Dr Julien Cau.
Il avait pour objectif de mettre en place des outils informatiques afin d’automatiser les
analyses des visites de maintenance. Cette automatisation optimise la réactivité du personnel,
lui fait gagner du temps et renforce la valeur statistique des mesures effectuées.
Les greffons (plug-ins) du logiciel ImageJ qui ont fait l'objet d'une automatisation sont :
‐ Generate PSF Report : ce plugin permet la mesure de la résolution à partir de PSF
(Point Spread Function). Le profil d’intensité X, Y et Z de la PSF est tracé et la
FWHM des profils pour chaque direction est mesurée. La version automatisée (Macro
« Automatic PSF Report ») permet d’identifier des billes dans une pile d’images n
canaux sélectionnée par l'utilisateur ou à partir de toute pile identifiée
automatiquement sur la base d’un nom contenant un élément/TAG donné.
‐ Generate Field Illumination Report : ce plugin permet l’analyse d’une image d’une
lame contenant de façon homogène un fluorochrome. La Macro permettant son
automatisation est « Automatic Field Illumination Report » et permet de lancer une
analyse sur un set d’image donné ou sur toute image contenant différents TAGs dans
son nom (100x, GFP, etc…).
‐ Generate Coalignment Report : ce plugin permet de contrôler le coalignement des
différents canaux d’une bille multimarquée. Son automatisation a porté sur un set
d’image sélectionné par l'utilisateur.
En parallèle, des tests métrologiques mensuels et annuels ont été effectués et les
données produites ont permis de valider ces macros.
En dehors de l’aspect métrologie, J’ai eu le plaisir de travailler dans un domaine qui me
passionne, au sein d’une équipe très professionnelle. Au terme de cette expérience
professionnelle, je peux affirmer avoir approfondi mes connaissances théoriques et pratiques,
ce qui sera un atout important pour la poursuite de mon activité.

Remerciements

Avant d’effectuer tout développement sur mon expérience professionnelle, il me
semble opportun de commencer ce rapport de stage, en faisant part de ma
reconnaissance auprès des personnes qui m’ont beaucoup appris, et qui ont eu la
gentillesse de faire de cette expérience un moment agréable et profitable, aussi bien au
niveau professionnel que personnel.

Je tiens tout d’abord à faire-part de ma gratitude auprès de Dr Julien Cau mon
responsable de stage qui m’a accueilli au sein du plateau MRI-IGH, qui m’a formé et
accompagné tout au long de cette expérience professionnelle avec beaucoup de patience
et de pédagogie.

En second lieu, je tiens à remercier Dr Julio Mateos-Langerak et Nicole
Lautredou-Audouy pour les conseils ainsi que l’aide qu’ils ont pu m’apporter au cours
de ces six mois de stage.

Il me semble également opportun de remercier ma responsable de master Mme
Delphine Burel et l’ensemble de mes professeurs, qui nous ont accompagnés durant ces deux
dernières années, et sans laquelle nous n’aurions point été là où nous sommes.
Pour finir je tiens à remercier mes camarades de promotion 2009-2010 et de 2010-2011.

Plateau d’imagerie de
MRI-IGH
Automatisation des plugins MétroloJ
AKBAR David
Master Imagerie spécialité imagerie Pour la biologie
Promotion 2010/2011

Liste d’abréviations
ROI = « Region Of Interest » région d’intérêt délimitée dans une image
MRI = « Montpellier RIO Imaging » plate-forme Régionale d'Imagerie du Languedoc -
Roussillon. C'est une Plate - Forme Technologique (PFT), labellisée IBiSA.
IGH = L'Institut de Génétique Humaine
Dapi = combinaison de filtres dans le trajet optique pour avoir une lumière d’excitation dans
l’UV et une émission dans le bleu (pic d’excitation du fluorophore = 365nm ; pic d’émission
> 397nm).
FITC/GFP = combinaison de filtres dans le trajet optique pour obtenir une lumière
d’excitation dans le bleu et une émission dans le vert (pic d’excitation du fluorophore =
470nm ; pic d’émission = 535nm).
Rhodamine = combinaison de filtres dans le trajet optique pour avoir une lumière
d’excitation dans le vert et une émission dans le rouge (pic d’excitation du fluorophore =
546nm ; pic d’émission > 590nm).
CV = Coefficient de Variation. Le CV correspond au rapport de l’écart type sur la moyenne
pour une ROI d’une image. Cet indicateur permet d’évaluer la qualité d’une image dans le
rapport signal sur bruit.
PSF = « Point Spread Function » fonction de dispersion optique d’un système.
Stack = pile d’images. Le stack désigne une suite d’acquisitions successives dans une même
dimension comme une pile d’images dans l’axe Z.
Plugin MetroloJ = Plugin fonctionnant sous Image J qui permet l’analyse de certains test
métrologiques (homogénéité du champ d’illumination, mesure de la PSF, coalignement, …)
développé par M. Fabrice P. Cordelières et M. Cédric Matthews