çilek fidelerinde toprak kaynaklı fungal etmenlerin saptanması üzerinde araştırmalar

190 Pages·2014·3.36 MB·Turkish

ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BİTKİ KORUMA ANABİLİMDALI
2014-DR-005

ÇİLEK FİDELERİNDE TOPRAK KAYNAKLI FUNGAL
ETMENLERİN SAPTANMASI ÜZERİNDE
ARAŞTIRMALAR

Havva DİNLER

Tez Danışmanları:
Prof. Dr. Seher BENLİOĞLU
Prof. Dr. Kemal BENLİOĞLU

AYDIN

iii
ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ MÜDÜRLÜĞÜNE
AYDIN

Bitki Koruma Anabilim Dalı Doktora Programı öğrencisi Havva DİNLER
tarafından hazırlanan ʽʽÇilek Fidelerinde Toprak Kaynaklı Fungal Etmenlerin
Saptanması Üzerinde Araştırmalarʼʼ başlıklı tez, 13/03/2014 tarihinde yapılan
savunma sonucunda aşağıda isimleri bulunan jüri üyelerince kabul edilmiştir.

Ünvanı, Adı Soyadı Kurumu İmzası
Başkan Prof. Dr. Seher BENLİOĞLU ADÜ ....................
Üye Prof. Dr. Kemal BENLİOĞLU ADÜ ....................
Üye Prof. Dr. Gülay TURHAN EGE ....................
Üye Prof. Dr. Pervin KINAY TEKSÜR EGE ....................
Üye Doç. Dr. Ayhan YILDIZ ADÜ ....................
Üye Doç. Dr. Ömer ERİNCİK ADÜ .....................

Jüri üyeleri tarafından kabul edilen bu Doktora Tezi, Enstitü Yönetim Kurulunun
………Sayılı kararıyla ………………. tarihinde onaylanmıştır.

Prof. Dr. Cengiz ÖZARSLAN
Enstitü Müdürü
iv
v
ADNAN MENDERES ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ MÜDÜRLÜĞÜNE
AYDIN

Bu tezde sunulan tüm bilgi ve sonuçların, bilimsel yöntemlerle yürütülen gerçek
deney ve gözlemler çerçevesinde tarafımdan elde edildiğini, çalışmada bana ait
olmayan tüm veri, düşünce, sonuç ve bilgilere bilimsel etik kuralların gereği
olarak eksiksiz şekilde uygun atıf yaptığımı ve kaynak göstererek belirttiğimi
beyan ederim.

..…/…../20…
Havva DİNLER
vi
vii
ÖZET
ÇİLEK FİDELERİNDE TOPRAK KAYNAKLI FUNGAL ETMENLERİN
SAPTANMASI ÜZERİNDE ARAŞTIRMALAR
Havva DİNLER
Doktora Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı
Tez Danışmanları: Prof. Dr. Seher BENLİOĞLU
Prof. Dr. Kemal BENLİOĞLU
2014, 162 sayfa
Çalışma; Aydın İli’nde çilek fidelerinde bulunan fungal hastalık etmenlerini
saptamak, bulunma oranlarını belirlemek, klasik ve moleküler yöntemlerle
tanılamak ve çilek fidelerinde bulunma oranı en yüksek olan patojenlere karşı çeşit
duyarlılıklarını belirlemek amacıyla ele alınmıştır. 2009-2010 ve 2010-2011
üretim sezonunda Sultanhisar ve Köşk ilçelerinden dikim öncesi toplam 2366 adet
çilek fidesi alınmış, kök ve taçlarından izolasyonlar yapılmış ve toplam 1014
izolat elde edilmiştir. Stolonlarda yapılan patojenisite çalışmaları sonucunda 291
adet Fusarium spp., 153 Rhizoctonia spp., 4 Macrophomina sp., 9 Cylindrocarpon
sp. izolatının patojen olduğu saptanmıştır. Her iki üretim sezonunda taçta ana
patojenin Fusarium spp. (bulunma oranı ilk yıl % 2,1, ikinci yıl % 1,1) olduğu,
Rhizoctonia spp.’nin taçtaki bulunma oranının ise her iki üretim sezonunda
sırasıyla % 0,48 ve % 0,1 olduğu belirlenmiştir. Kökteki bulunma oranları
açısından değerlendirildiğinde, Fusarium spp.’nin ilk yıl % 11,6, ikinci yıl %
4,8’lik bulunma oranıyla yine ana patojen olduğu dikkati çekmektedir. Köklerde
Rhizoctonia spp. açısından her iki üretim sezonu için bulunma oranları sırasıyla %
8,96 ve % 4,8 olarak bulunmuştur. Patojenler morfolojik özellikleri esas alınarak
klasik ve moleküler yöntemlerle tanılanmıştır. Tranlation Elongation Factor (TEF)
1α genine ait baz dizilerinin BLAST analizi sonrası Fusarium oxysporum, F.o.
f.sp. fragariae, F. solani, F. arthrosporioides, F. verticilloides ve F. proliferatum,
F. acuminatum, F. avenaceum, F. redolens ve F. lateritium türleri saptanmıştır.
Rhizoctonia izolatları çekirdek boyama yöntemi ile çok ve çift çekirdekli olarak
belirlenmiş, moleküler analiz sonrası çift çekirdekli olarak belirlenenlerin % 47,5’i
AG-G, % 18,6’sı AG-A ve % 1,7’si hem AG-A hem de AG-K’da, çok çekirdekli
olanların ise % 1,7’si AG-4 anastomozis grubunda yer almıştır. Çilek fidelerinden
ayrıca Macrophomia phaseolina, Neonectria (Ilyonectria) macrodidyma ve
Neonectria (Ilyonectria) radicicola türleri saptanmıştır. F. oxysporum ’a karşı in
vitro koşullarda stolonlarda yapılan çeşit reaksiyon çalışmalarında Fortuna,
Rubygem, Camarosa ve Festival’ in en duyarlı ve Sabrina’nın ise tolerant olduğu
bulunmuştur. Rhizoctonia spp.’e karşı ise Fortuna ve Camarosa duyarlı olarak
bulunurken, Sabrina, Rubygem ve Festival çeşitlerinin daha az duyarlı olduğu
belirlenmiştir.
Anahtar sözcükler: Çilek, fide, Fusarium oxysporum f.sp. fragariae, Rhizoctonia
spp., Neonectria spp.( Ilyonectria spp.), Macrophomina phaseolina.
viii
ix
ABSTRACT
STUDIES ON THE DETERMINATION OF SOIL-BORNE FUNGAL
PATHOGENS IN STRAWBERRY SEEDLINGS
Havva DİNLER
Ph.D Thesis, Department of Plant Protection
Supervisors: Prof. Dr. Seher BENLİOĞLU
Prof. Dr. Kemal BENLİOĞLU
2014, 162 pages
The study was conducted in order to determine the precence and incidence of
fungal pathogens in strawberry seedlings of Aydın Province, to identify them by
conventional and molecular methods, and to determine the sensitivity of some
strawberry cultivars to the most important pathogens found in the seedlings.
Isolations were made from the crown and root of totally 2366 strawberry seedlings
before plantings in the strawberry growing areas of Sultanhisar and Köşk during
2009-2010 and 2010-2011 cropping season. A total of 1014 isolates were
obtained. Pathogenicity tests made by on stolons indicated that 291 Fusarium
spp.,153 Rhizoctonia spp., 4 Macrophomina sp., and 9 Cylindrocarpon sp. isolates
were pathogenic. Fusarium spp was found to be the major pathogen of the crown
(the incidence 2,1% in first year and 1,1% in second year) and the incidence of
Rhizoctonia spp. in the crown was 0,48% and 0,1%, respectively in both
production seasons. The incidence of Fusarium spp was also the highest rate in the
roots of seedling with 11,6% and 4,6% while the incidence of Rhizoctonia spp was
8,96% and 4,8%, respectively in two growing season. Pathogens were identified
based on morphological features in conventional and molecular techniques. As a
results of BLAST analysis of Tranlation Elongation Factor (TEF) 1α gene
Fusarium oxysporum, , F.o. f.sp. fragariae, F. solani, F. arthrosporioides, F.
verticilloides and F. proliferatum, F. acuminatum, F. avenaceum, F. redolens and
F. lateritium were identified. Rhizoctonia isolates were also classified into two
groups, multinucleate and binucleate by using nuclei staining technique. Molecular
analaysis indicated that the 47,5% of binucleates belonged to AG-G, 18,6% to
AG-A, 1,7% to both AG-A and AG-K, multinucleates belonged to 1,7% AG-4
anastomosis groups. Macrophomia phaseolina ve Neonectria (Ilyonectria)
macrodidyma and Neonectria (Ilyonectria) radicicola were also determined from
strawberry seedlings. In cultivar reaction studies performed in vitro on stolons
showed that Fortuna, Rubygem, Camarosa and Festival were the most sensitive
cultivars to F. oxysporum while Sabrina was tolerant. Fortuna and Camarosa were
found to be more sensitive to Rhizoctonia spp., the cultivars of Sabrina, Rubygem
and Festival were determined to be less sensitive.
Keywords: Strawberry, seedling, Fusarium oxysporum f.sp. fragariae,
Rhizoctonia spp., Neonectria spp. (Ilyonectria spp.), Macrophomina phaseolina.
x